V programski skupini podzemne vode in geokemija so združene različne veje geologije s ciljem poglobljenega razumevanja geoloških pojavov ter njihovega vpliva na posledice človekove dejavnosti v okolju. Geološko okolje in procesi, ki nastopajo v njem so zelo kompleksni in obsežni. Zaradi tega njihovo razumevanje in preučevanje terja sinergetsko delovanje strokovnjakov različnih geoloških vej, združenih v eni programski skupini. Osnovni namen programske skupine je bil proučevanje antropogenih in naravnih vplivov na okolje v odvisnosti od geološke sestave, saj kemična in mineralna sestava, fizikalne lastnosti in zgradba kamnin ter njihovih produktov preperevanja določajo različne lastnosti pokrajine: njeno obstojnost do naravnih ujm, oskrbo z vodo, rodovitnost, ranljivost, potresno ogroženost, topografsko oblikovanost, stabilnost pobočij in dovzetnost za odnašanje, pa tudi toksičnost ali nevtralizacijske sposobnosti. Program se je vključil v študije naravnih in antropogenih procesov v Zemljinem površju. Prispeval je k temeljnem poznavanju geološkega okolja, obenem pa uspešno rešuje metodološke probleme raziskav in praktičnega dela na področju varovanja okolja in preskrbe z vodo. Podzemna voda je podsistem hidrološkega kroga, ki je zelo zapleten in med vsemi podsistemi tudi najtežje dosegljiv. Zato se veliko napora vlaga prav v karakterizacijo toka podzemne vode, tako v nezasičenem območju, kot tudi v zasičenem območju vodonosnikov. To potrjuje tudi ustrezna literatura. Karakterizaciji toka v zasičenem območju vodonosnikov smo se posvetili predvsem z izvedbo sledilnih poizkusov, ki so bili namenjeni simulaciji širjenja morebitnih onesnaževal skozi vodonosnik. Še večjo težo pa smo posvetili karakterizaciji toka podzemne vode skozi nezasičeno območje vodonosnika. Delo je bilo razdeljeno na dva segmenta. Na medzrnske vodonosnike in na kraško razpoklinske vodonosnike. V medzrnskih vodonosnikih je delo potekalo na eksperimentalnem poligonu, pri kraški vodonosnikih pa je delo potekalo preko posrednih analiz in sicer z analizo večjih kraških izvirov. Z opravljenimi raziskavami smo izboljšali poznavanje odziva vodonosnikov na napajanje in infiltracijo, predvsem z vidika kratkočasovnih odzivov. Poleg karakterizacije toka podzemne vode predstavlja pomemben delež raziskav tudi problematika zaščite podzemne vode. V okviru teh raziskav smo preučevali interakcije med virom onesnaženja (npr. odlagališčem odpadkov, avtocesto) in sistemom podzemne vode. V okviru teh raziskav je bilo doseženo izboljšanje poznavanje tokovnih poti onesnaževal skozi vodonosnik ter njihova interakcija z materiali, ki tvorijo vodonosnik, s tem pa je omogočena tudi podrobnejša izvedba analiz tveganja in presoj vplivov na okolje. Posebej intenzivno se vključujemo v mednarodnem merilu v geokemične raziskave zemlje (Projekt IGCP 360 - Globalne geokemične osnove), kjer nastajajo novi principi in navodila za metodologijo sodobnih geokemičnih raziskav regionalnega in detaljnega merila, namenjenih predvsem ugotavljanju sedanjega geokemičnega stanja in predcivilizacijskega, naravnega stanja. Glavni prispevki programske skupine za razvoj znanosti so: 1.) ocena sedanjega stanja kemičnih in fizikalnih lastnosti geološkega okolja, 2.) ocena ranljivosti in ogroženosti okolja zaradi onesnaževanj naravnega izvora, sedanjih in zgodovinskih antropogenih dejavnosti, 3.) ugotavljanje mehanizmov pretakanja podzemnih vod v vodonosnih strukturah v odvisnosti od različnih naravnih dejavnikov (hidrološke razmere, hidrogeološka zgradba območja, klimatske in vegetacijske značilnosti ipd.) in 4.) preučevanje hidrodinamičnih procesov v zasičeni in nezasičeni coni.