V obdobju 1999- 2003 so bile glavne smeri raziskav Oddelka za rastlinsko fiziologijo in biotehnologijo: 1. študij mehanizma interakcij gostitelj-povzročitelj bolezni 2. vzgoja rastlin odpornih na patogene mikroorganizme (s pomočjo transformacije rastlin) 3. raziskave rastlinskih povzročiteljev bolezni in razvoj fito- diagnostičnih laboratorijskih metod 4. študij produkcije farmacevtskih učinkovin v tkivni kulturi 5. ugotavljanje vloge jasmonske kisline kot rastnega regulatorja Kot eksperimentalni sistem za študij mehanizma interakcij gostitelj-povzročitelj bolezni smo uporabili rastline krompirja (Solanum tuberosum L.) in izredno agresiven virus PVYNTN, ki povzroča bolezen imenovano prstanasta nekroza gomoljev krompirja. Razvoj bolezni smo raziskovali kompleksno s citološkimi, biokemijskimi in molekularnimi metodami. Rezultati raziskav fiziološke vloge cisteinskih proteinaz v krompirju kažejo na vključenost cisteinskih proteinaz v sintezo in transport metabolitov ter v procese, ki vodijo v organogenezo. Ugotovili smo, da ima možno vlogo pri odpornosti krompirja na virus konstitutivni protein z molekulsko maso 43000, katerega je bilo značilno več v listih odpornih sort kot v listih dovzetnih sort krompirja. Proučevali smo tudi vpliv virusne okužbe na peroksidaze in metabolizem fotosintetskih pigmentov. Pokazalo se je, da se procesi propadanja listov pri okuženih rastlinah razlikujejo od procesov, ki so posledica naravnega staranja.Virusna okužba je vplivala tudi na ultrastrukturo kloroplastov. Uvedli smo metodi za analize endogene jasmonske in salicilne kisline, ki sta pomembni signalni molekuli pri odzivu rastlin na napad patogenih mikroorganizmov. Ugotavljali smo adaptacijo insektov na obrambne proteine krompirja s tehniko mikromrež, ki smo jo razvili za uporabo na insektih in na rastlinah. V rastline krompirja slovenske sorte 'Igor' smo vnesli gene plaščnega proteina virusa PVYNTN. Tako smo pridobili različne transgene linije od katerih so bile nekatere odporne na virus. Določili smo tudi nukleotidno zaporedje celotnega genoma slovenskega izolata virusa PVYNTN. Vse omenjene raziskave spremljajo raziskave biologije bolezni in razvoj najnovejših metod za detekcijo patogenih mikroorganizmov kot so virusi, bakterije in fitoplazme. V okviru raziskav virusov smo z uporabo rekombinatnih protiteles in elektronsko mikroskopijo, prvi uspeli opazovati morfologijo virusa, ki ga povezujejo z boleznijo razbrazdanja lesa vinske trte (RuSPaV). Tekom raziskav virusov na rastlinah iz rodu Allium smo v okolici Nove Gorice na poru ugotovili prvo okužbo s tospovirusom v Sloveniji. Ugotovili smo spekter gostiteljskih rastlin za virus in ga identificirali kot virus rumene pegavosti irisa (IYSV). V okviru raziskav bakterij, smo ugotavljali pomen molekularnih metod za določanje karantenskih bakterij Erwinia amylovora, povzročiteljice hruševega ožiga, ter Ralstonie solanacearum, povzročiteljice rjave gnilobe gomoljev krompirja. Študij produkcije farmacevtskih učinkovin v tkivni kulturi je potekal na farmacevtsko pomembnih rastlinah: jegliču (Primula veris), ki sinetizira farmacevtsko aktivne substance saponine, rastlini Solanum laciniatum, ki vsebuje steroidni glikoalkaloid solasonin ter tisi (Taxus x media Rehd.), ki vsebuje citostatike taksane. Poleg tega smo v tkivno kulturo vnesli rastline bolhača (Chrisanthemum cinerariefolium), ki vsebuje insekticidne snovi piretrine. Raziskave o vlogi jasmonske kilsine (JA) na rast in razvoj rastlin prispevajo k poznavanju vloge tega ne tako dolgo odkritega rastlinskega hormona. Izkazalo se je, da je praprot Platycerium bifurcatum izredno primerna modelna rastlina za proučevanje vpliva JA na morfogenezo. Raziskave smo izvajali v povezavi z različnimi raziskovalnimi inštitucajami doma in v tujini.