Na poskusnem polju s kontroliranim nivojem podtalnice in različnimi načini rabe tal na Ljubljanskem barju smo opredelili vpliv dejavnikov okolja (vsebnost organske snovi, nivo podtalnice, vodni in redoks potencial, temperatura v tleh), na mineralizacijo, potencialno denitrifikacijo, imobilizacijo dušika in fosforja v mikrobno in rastlinsko biomaso ter koncentracijo nitrata in fosfata v talni raztopini in talni vodi. Ugotovili smo, da je tako mikrobna biomasa kot mineralizacija in potencialna denitrifikacija direktno proporcionalna vsebnosti organske snovi v tleh. Tudi koncetracija fosfata v talni vodi je precej višja v tleh bogatih z organsko snovjo, kar kaže na nizko sorbcijsko kapaciteto šotnih tal za fosfor. Razvili smo molekulska orodja za odkrivanje in kvantifikacijo predstavnikov rodu Pseudomonas v vzorcih iz okolja s c-PCR. Meritve populacijske dinamike predstavnikov tega rodu v zemlji, hrani, prebavilih in izločkih kopenskega izopodnega raka Porcellio scaber so pokazale, da se število pseudomonad med prehodom skozi prebavni trakt zmanjša za 99% . V sodelovanju s prof.dr. J. M.Tiedje-jem na univerzi Michigan State je bila opravljena obsežna analiza vpliva dolgotrajnega intenzivnega kmetovanja (oranje, gnojenje, kemični pripravki, kolobarjenje kultur) na sestavo in raznolikost združbe eubakterij in arhej preko markerskega gena 16S rRNA ter denitrifikacijske mikrobne združbe preko funkcionalnega gena nosZ. Ugotovili smo, da obstaja povezava med rabo tal, raznolikostjo in filogenetskim položajem sekvenc nosZ, kar kaže da je kmetijska raba tal povzročila premik k bolj raznoliki denitrifikacijski združbi. V sodelovanju z dr. D. Dubnau-vom (PHRI- ZDA) smo proučevali regulacijo in vlogo genetske kompetence pri bakteriji B. subtilis: - s pomočjo tehnologije mikromrež smo opredelili regulon transkripcijskega dejavnika ComK in postavili hipotezo, da indukcija tega regulona predstavlja posebno adaptacijo na stresne razmere, pri kateri je razvoj kompetence za transformacijo le ena od lastnosti tako imenovanega "K-stanja" celice. - proučevali smo domensko strukturo in funkcijo proteina MecA in pomembno razširili spoznanja o vlogi MecA kot adaptorskega proteina, ki poveže ComK z ATPazo ClpC in ga tako predstavi proteazi ClpP, ki ComK razgradi. N-končna domena MecA se veže na ComS, ki izpodrine ComK z MecA, kar pripelje do stabilizacije ComK in indukcije kompetenčnega stanja. - očistili smo paralog MecA, YpbH in ugotovili, da uravnava razvoja kompetence in sporulacije. - pri ozkosorodnih izolatih Rodu Bacillus smo ugotovili obstoj visokega polimorfizma lokusa za zaznavanje celične gostote, comQXP. Izolate smo filogenetsko opredelili ter ugotovili, da evolucija lokusa comQXP ne sovpada z filogenijo izolatov, da je v lokusu prišlo do horizontalnih prenosov in da polimorfizem določa specifičnost komuniciranja med proučevanimi izolati. - Ugotovili smo, da kvaliteta in kvantiteta gostiteljskih celic vpliva na optimizacijo trajanja latentne dobe fagov - Postavili smo matematični model za simulacijo spinsko označenih membranskih proteinov - Določili smo strukturne intermediate pri razstavljanju bakteriofaga M13 - Določili smo vpliv virusa na metabolizem fosforja in ogljika gostitelja