Program je usmerjen v uporabo sodobnih metod molekularne biologije in imunologije za pridobivanje temeljnega znanja na širokem področju genetike domačih živali. Sestava raiskovalnega programa je modularna in omogoča racionalno izkoriščanje metodoloških pristopov in infrastrukture znotraj programske skupine. Na področju proučevanja izražanja laktoproteinskih genov smo izvedli analizo promotorskih regij genov za beta in kapa kazein ter preverili funkcionalnost vezavnih mest za transkripcijske faktorje. Vzpostavili smo celični model za študij uravnavanja izražanja laktoproteinskih genov, identificirali številne polimorfizme v nekodogenih regijah in sekvencirali cDNA za alfa s1, beta in kapa kazein pri konju. Najpomembnejši rezultat tega sklopa je opis alternativnega izrezovanja eksonov v prepisih beta- in kapa kazeinskih genov pri konju. Predlagali smo model kotranskripcijskega izrezovanja intronov in opisali vlogo promotorskih regij pri tem. Na področju proučevanja molekularnih mehanizmov uravnavanja rasti smo karakterizirali učinek delecije hg lokusa pri miškah, pokazali povezavo med alelnimi variantami PGC1 in parametri rasti pri prašiču ter identificirali QTL regijo za zamaščevanje pri miškah. Znotraj modula, ki je usmerjen v proučevanje genetske pestrosti prosto živečih populacij smo razvili številne molekularne markerje za proučevanje salmonidnih populacij, pojasnili razmerja med nekaterimi populacijami na območju Balkana in odkrili obstoj nekaterih, za to področje specifičnih, populacij, zakatere predlagamo, da se jih zaščiti bodisi kot signifkantne evolucijske ali upravljalske enote. Tako smo opisali avtohtoni tip lipana, za katerega predlagamo delovno ime jadranski lipan, skušali smo pojasniti izvor postrvi, ki se občasno pojavljajo v severnem Jadranskem morju in osvetlili razmerja med tako imenovanimi arhaičnimi vrstami postrvi v porečju Neretve, ki so že dlje zaposlovala raziskovalce salmonidov. Molekularno genetska karakterizacija konj lipicanske pasme, ki je bila opravljena v okviru programa, predstavlja eno prvih tovrstnih študij v svetu. Raziskave na področju antigenske variabilnosti aviarnih mikoplazem so pokazale, da gre pri generiranju antigenskih variant za zelo kompleksne mehanizme, ki vključujejo velike genske družine, v katerih prihaja do rekombinacij, konverzije genov in preklapljanja genske ekspresije, kar ima vse za cilj izogibanje imunskemu odgovoru gostitelja. Opisali smo strukturo genskega kompleksa vlhA pri M. synoviae in številne variante znotraj genske družine pMGA pri M. gallisepticum. Rezultati tega dela pojasnjujejo molekularno ozadje antigenske variabilnosti aviarnih mikoplazem in odpirajo možnosti za razvoj učinkovitejših diagnostičnih postopkov in za proizvodnjo nove generacije vakcin.