V okviru programa je bilo opravljenih več sklopov raziskav. Proučevali smo prisotnost in značilnosti vrst rodu Bacillus v mleku in izdelkih. Pri vseh sevih B. cereus smo ugotovili enaka fragmenta 16S-ITS-23S rDNK (720 bp in 960 bp). S kombinacijo rezultatov restrikcijskih analiz cerAB in hblA genskih fragmentov smo dobili 30 skupin, kar kaže na veliko variabilnost regij, ki kodirajo toksin in smiselnost PCR-RFLP tipizacije sevov na bazi teh sekvenc. Izbor in študija metod za detekcijo in sledenje toksinogenih sevov B. cereus v mleku in mlečnih izdelkih prispeva k poznavanju toksikologije, razširjenosti in možnega prenosa te bakterije s hrano. Proučevali smo možne načine modulacije maščobno kislinske sestave mlečne maščobe in rekombinantni ovčji kimozin, ki se je izkazal posebno zanimiv za proizvodnjo ovčjih sirov, saj ima ugodne tehnološke lastnosti ter specifično proteolitično aktivnost. To je prvi opis rekombinantnega ovčjega kimozina kot alternativnega koagulacijskega encima za izdelavo sira. V dvo-letnem obdobju smo iz sirotke izolirali trinajst laktokoknih fagov. Fage smo opisali po morfoloških lastnostih, spektru gostiteljev, restrikcijskem vzorcu, velikosti genoma in podobnosti proteinskih genov. Vsi fagi so pripadali družini Siphoviridae. Pet fagov je imelo prolatno glavo in dolg nekrčljiv rep, osem pa majhne izometrične glave in dolg nekrčljiv rep. Fagi s prolatnimi glavami so imeli širši spekter gostiteljev. Pri proučevanju laktokokov z naravnimi obrambnimi mehanizmi proti fagni okužbi smo odkrili celice, odporne proti širokemu spektru fagov. Najbolj pogosta obrambna mehanizma sta maskiranje receptorja in mehanizem abortivne infekcije. V zbirki imamo tako tipične fage kot celice, primerne za rotacijske strategije v sirarskih obratih. Rezultati predstavljajo prispevek k epidemiologiji laktokoknih fagov in proučevanju naravnih obrambnih mehanizmov celic gostiteljic. Najpomembnejši del raziskav so bile študije črevesnih izolatov Lactobacillus gasseri LF221 in K7. Odkrili smo nov dvo peptidni bakteriocin s širokim spektrom delovanja. In vitro in in vivo študije na konvencionalnih in gnotobiotičnih pujskih so pokazale, da imata seva probiotične lastnosti. Mehanizmi uravnavanja črevesne mikroflore so kompetitivno izključevanje, produkcija organskih kislin in bakteriocinov ter stimulacija imunskega odziva. Seva sta primerna za gojitev in ohranita probiotično aktivnost po sušenju in liofilizaciji. Primerjava nukleotidnih zaporedij genskih zapisov za tvorbo bakteriocinov seva K7 z nukleotidnim zaporedjem bakteriocinov seva LF221 je odkrila ujemanje bakteriocinskih kompleksov obeh sevov. Rezultat je zanimiv, saj se seva ob podobnem spektru protimikrobnega delovanja razlikujeta v nivoju in optimalnih pogojih za rast in tvorbo bakteriocinov, v RAPD in plazmidnem profilu ter stopnji vezave na celice Caco-2. Raziskava je prispevala nova znanja na področju bakteriocinogenih mlečno kislinskih bakterij s probiotičnimi lastnostmi.