Rastlinska fiziologija in biotehnologija sta področji, ki se medsebojno učinkovito dopolnjujeta. Poznavanje procesov v rastlinah in njihovega odziva na zunanje dejavnike, kot so patogeni mikroorganizmi, pomeni lažje in učinkovitejše reševanje problemov pri proizvodnji gospodarsko pomembnih rastlin. Poznavanje odziva rastlin na biotski stres je nujen za vzgojo odpornih kmetijsko pomembnih sort, kar omogoča zmanjševanje uporabe kemičnih sredstev in povečuje pridelek. K istemu cilju pripomore vzgoja transgenih rastlin, odpornih na povzročitelje bolezni. V naše raziskave so vključene slovenske sorte rastlin, kar povečuje pomen rezultatov za Slovenijo. Vse več proizvodov pomembnih za farmacevtsko industrijo se pridobiva s pomočjo biotehnoloških metod. V naših raziskavah smo z različnimi raziskovalnimi pristopi povečevali produkcijo rastlinskih metabolitov in razvili različne analitske tehnike za katere je zainteresirana naša industrija. Ob raziskavah poteka intenzivno izobraževanje študentov na do in podiplomski stopnji različnih študijev, predvsem biologije, mikrobiologije, agronomije in biotehnologije in pretok raziskovalcev k uporabnikom, predvsem v tovarno zdravil KRKA, Semenarno, Omega, BIA Separations, Educell, kakor tudi na slovenske univerze, državno upravo in druge inštitucije. Razvoj in vpeljevanje modernih metod za detekcijo rastlinskih povzročiteljev bolezni uporabljamo pri izvajanju analiz za potrebe pridelovalcev, trgovcev in inšpekcijskijske službe. V zadnjih letih je bilo izdelanih veliko postopkov za storitveno fitodiagnostiko z najnaprednejšimi laboratorijskimi tehnikami, ki služijo tako direktno gospodarstvu (kontrola zdravstvenega stanja rastlin iz uvoza, kakor tudi domače proizvodnje), kot Republiškemu inšpektoratu za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, ter Fitosanitarni upravi na Ministrstvu za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano. V prihodnje pa se bo ta dejavnost še intenzivirala, saj z vstopom v Evropsko unijo potrebujemo še širše znanje na področju varstva rastlin, ki ga bo možno uporabiti za izpeljavo vseh zahtev Evropske unije. Svoje znanje na področju molekularne biologije posredujemo kot ekspertize za potrebe državne uprave, zlasti na Minsitrstva za okolje, prostor in energijo ter Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, s pomočjo pri pripravi zakonodaje in podrejenih predpisov na področju varstva rastlin in gensko spremenjenih organizmov. Od leta 2002 naš oddelek aktivno sodeluje pri razvoju sistema biološke varnosti v Sloveniji. Predvsem nudimo strokovno podporo Ministrstvu za okolje, prostor in energijo in drugim pristojnim vladnim telesom preko različnih domačih in mednarodnih projektov (UNEP). Člani oddelka so vključeni v znanstvena odbore za oceno tveganja za gensko spremenjene organizme. Poznavanje tehnologije transformacije rastlin je bilo osnova za razvoj akreditiranega laboratorija za določanje gensko spremenjenih organizmov, katerega dejavnost služi tako inšpekcijskemu nadzoru kot različnim podjetjem. Nacionalni inštitut za biologijo (NIB), Oddelek za rastlinsko fiziologijo in biotehnologijo je 22.8. 2003 akreditirala Slovenska akreditacija za področje kvalitativnega in kvantitativnega preskušanja gensko spremenjenih organizmov pod številko L-051. Akreditacija je podeljena za gensko spremenjene organizme in njihove produkte v semenu, zrnju, rastlinah, surovinah, živilih in krmi. Slovenska akreditacija je podpisala multilateralni sporazum z Evropsko akreditacijo in je tako mednarodno priznana.