Čeprav je vezikulacija celičnih membran konstitutiven proces, jo lahko sprožimo z različnimi zunanjimi fizikalno-kemijskimi dejavniki. V študiji smo podrobno raziskali proces vezikulacije ledvičnih epitelijskih pasjih celic (celice MDCK), v prisotnosti fluorescenčno označenega egerolizina, OlyA-mCherry. V raziskavi smo pokazali, da vezikulacija celic MDCK, ki je bila sprožena z OlyA-mCherry ni odvisna od temperature ali povišane koncentracije Ca2+ ionov. Proteomske analize so pokazale, da izolirani zunajcelični vezikli (ZV) vsebujejo 71 vrst proteinov. Proteini so bili po izvoru predvsem iz citosola in jedra in le nekaj proteinov je bilo membranskega izvora. Lipidom celic in ZV smo analizirali s tekočinsko kromatografijo v povezavi z masno spektrometrijo in visokoločljivostno nuklearno magnetno resonanco, s pomočjo katerih smo lahko določili fosfolipide in glikosfingolipide s ceramidnim ogrodjem. V celicah smo identificirali 218 različnih lipidnih zvrsti, medtem ko smo v ZV določili 84 lipidnih vrst. V publikaciji smo tako pridobljene ZV predlagali kot nov model za biofizikalne in študije celičnih membran in kot biokemijsko orodje za ne-invazivno vzorčenje citosolnih proteinov iz celice.
COBISS.SI-ID: 3971151
V raziskavi smo želeli opredeliti razlike v lipidnih profilih urotelijskih celičnih modelov v povezavi z njihovo invazivnostjo. Primerjalne lipidomske študije so bile narejene na celičnih linijah RT4 in T24, ki sta celična modela za preučevanje neinvazivne urotelijske papilarne neoplazije in invazivne urotelijske neoplazije. Naši rezultati kažejo na to, da se oba rakava celična modela zelo razlikujeta v celičnih membranah in njenih lipidnih sestavah. Razlike med celičnima linijama RT4 in T24 kažejo na to, da imata obe celični vrsti različni organizaciji membran, kar vpliva na fluidnost in funkcije membran, ki so s tem povezane. Membrane karcinomskih celic T24 so manj toge in oblikujejo manj medceličnih stikov, ki so ključni za premikanje, invazijo in večji metastaski potencial te celične linije. Razlike v lipidnem profilu med obema celičnima linijama smo še dodatno potrdili z uporabo fluorescenčno označenega egerolizina, OlyA-mCherry, ki smo ga razvili v naših laboratorijih.
COBISS.SI-ID: 3968591
Glive iz rodu Aspergillus so izjemnega pomena za ljudi, saj se lahko uporabljajo v industriji (produkcija metabolitov in encimov), ter kot genetski model, ki je omogočil nekatera od temeljnih odkritij v biotehnologiji. V tem rodu se razen tega nahajajo tudi humani, živalski in fitopatogeni. V okviru raziskave so bili sekvencirani genomi desetih novih, zelo različnih vrst gliv rodu Aspergillus. Na osnovi pridobljenih genomov so bile narejene podrobne primerjalne raziskave biologije, primarnega in sekundarnega metabolizma, degradacije biomase ter prenosa signalov. Rezultati so pokazali tako ohranjenosti, kot tudi razlike med vrstami. Primerjalne raziskave genomov smo dopolnili z eksperimentalnimi raziskavami, ki so pokazale številne zanimivosti, npr. potencial za spolne in nespolne vrste; gene za produkcijo organskih spojin kot glavno lastnost črnih vrst rodu Aspergillus; alternativne mehanizme za razgradnjo rastlinske biomase; ter genetsko osnovo stresnega odziva. Filogenetska analiza genomov je pomagala definirati odnose med novo sekvenciranimi in že znanimi genomi gliv Aspergillus. Številnih aspektov biološke raznolikosti med glivnimi vrstami ne moremo razložiti samo na osnovi genomskih sekvenc, zato komparativna genomika podprta z eksperimentalnimi dokazi, kot v tem delu, omogoča bistveno boljši vpogled v biološko raznolikost gliv rodu Aspergillus, kakor tudi povezovanje genomskih značilnosti s fenotipom. Rezultati raziskave predstavljajo izhodišče za številne nadaljnje raziskave evolucije in prilagoditev posameznih vrst, ter so lahko uporabni v cilju biotehnološke in biomedicinske uporabe teh gliv, npr. pri izboljšanju produkcije encimov in metabolitov ter pri razvoju novih protiglivnih pristopov.
COBISS.SI-ID: 4239951