Vodja projekta je bila mentorica pri štirih zaključenih magistrskih ali diplomskih delih treh študentov Biotehniške fakultete UL ter študentke biotehnologije z Univerze v Rijeki [COBISS.SI-ID 4033103], [COBISS.SI-ID 4090191], [COBISS.SI-ID 4065615], [COBISS.SI-ID 3993935]. Vsebina vseh del se tesno navezuje na tematiko projekta J4-7162 ter obravnava interakcije egerolizinskih proteinov iz gliv in bakterij z umetnimi lipidnimi sistemi v odvisnosti od lipidne sestave membran (vezava na membrane in njihova permeabilizacija s kompleksi egerolizinov in njihovih partnerskih proteinov z domeno MACPF).
D.10 Pedagoško delo
Vodja projekta je bila mentorica pri dveh zaključenih doktoratih, katerih vsebina se tesno navezuje na tematiko projekta J4-7162. V doktorski disertaciji z naslovom "Interakcija fuzijskega fluorescenčnega proteina ostreolizina A in lizofosfolipidov z lipidnimi membranami in membranskimi domenami" [COBISS.SI-ID 871031] je dr. Maja Grundner ovrednotila interakcije fluorescenčno označenega egerolizinskega proteina ostreolizina A (OlyA-mCherry) z lipidnimi membranami in membranskimi domenami ter vpliv lizofosfatidilholina na vezavo omenjenega proteina. Z uporabo mikrofluidične difuzijske komore je pokazala, da se OlyA-mCherry veže na celotno površino tekoče urejene domene dvofaznih orjaških unilamelarnih veziklov. S poskusi površinske plazmonske resonance je ugotovila, da se OlyA-mCherry z večjo afiniteto veže na lipidni dvosloj kot na monosloj. Vezava je reverzibilna, dodatno pa interakcijo z membrano oslabi prisotnost lizofosfatidilholina. S poskusi na lipidnih monoslojih z Lagmuirjevo tehnico je pokazala, da se OlyA-mCherry zgolj površinsko veže na lipidni monosloj, saj vgraditve med lipidne molekule ni zaznala. Za vezavo proteina je pomembna dostopnost holesterola, kar je pokazala s poskusi oksidacije holesterola. V drugem delu raziskave je preučevala interakcijo OlyA-mCherry z membranskimi domenami živih celic. S poskusi vlečenja tetrov iz plazemske membrane CHO celic je pokazala, da porušitev posameznih elementov citoskeleta, zmanjšanje vsebnosti holesterola v membrani in dodatek lizofosfatidilholina vplivajo na napetost na membrani ter na vezavo proteina. V doktorski disertaciji z naslovom "Biološka vloga ter lastnosti egerolizinov in proteinov z domeno MACPF v nitasti glivi Aspergillus niger" [COBISS.SI-ID 285156096] je dr. Maruša Novak podrobno preučila do sedaj še nezadostno raziskano biološko vlogo ter nekatere značilnosti proteinov iz družine egerolizinov in proteinov z domeno MACPF v nitasti glivi A. niger. Sistematično je proučila izražanje genov z zapisi za omenjene proteine glive A. niger. Pokazala je, da je izražanje genov, in posledično produkcija proteinov, odvisno od rasti in razvoja glive, in da je razvojna faza sporulacije ključna za aktivacijo izražanja. Poleg procesa sporulacije pa lahko na izražanje genov vplivajo tudi drugi dejavniki rasti in prisotnost drugih organizmov, zlasti nekaterih talnih bakterij, kar nakazuje na obrambno ali sporočevalno funkcijo teh proteinov. Maruša Novak je poleg tega pokazala, da egerolizinski proteini iz proučevane glive specifično prepoznavajo in se vežejo na ceramid fosfoetanolamin, lipid prisoten v membranah nevretenčarjev in nekaterih patogenih bakterij. Fluorescenčno označeni egerolizini so se specifično vezali na membrane žuželčjih, ne pa tudi sesalskih celic. Vse to nakazuje na možnost uporabe egerolizinov kot označevalcev membran s ceramid fosfoetanolaminom in posledično biomarkerjev za detekcijo patogenih mikroorganizmov. V kombinaciji z morebitnim partnerskim proteinom, s katerim bi tvorili litične komplekse, bi se egerolizini proučevane glive lahko uporabljali tudi kot sredstva za tarčno uničevanje različnih rastlinskih škodljivcev, predvsem žuželk.
D.09 Mentorstvo doktorandom
Dr. Maja Grundner je bila izbrana kot udeleženka mednarodne poletne šole "Cell Model systems" za doktorske študente v Rimu (Italija), kjer je predstavila rezultate svoje doktorske disertacije (opisane v prejšnji točki).
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 4110159