Z gvanini bogato zaporedje iz regulatorne regije gena RANKL, ki igra pomembno vlogo pri pojavnosti osteoporoze, se lahko zvije v G-kvadrupleksno strukturo in s tem vpliva na izražanje gena. Zaporedje 20 nukleotidov se zvije v antiparalelen dvo-kvartetni G-kvadrupleks stabiliziran z A-G-A in G-G-G baznima triadama, čeprav bi se glede na štiri G-trakte s po tremi zaporednimi gvanini lahko zvilo v G-kvadrupleks s tremi G-kvarteti. Z NMR spektroskopijo smo določili prostorsko strukturo RAN4 in pokazali, da je struktura z dvema G-kvartetoma odvisna od adenina A5 iz A-G-A bazne triade. Poznavanje mehanizma preklopa med dvema strukturama prispeva k razumevanju vpliva ostankov iz zank na stabilnost in zvijanje G-kvadrupleksov, kar lahko izkoristimo na področju predikcij struktur, ki jih tvorijo z gvanini bogata zaporedja ter za izboljšanje načrtovanja malih molekul, ki bi vezale G-kvadruplekse in s tem vplivale na njihovo celično funkcijo.
COBISS.SI-ID: 6525722
Kompleksnost celičnega okolja je razlog, da se pri raziskovanju bioloških makromolekul pogosto uporabljajo modelni sistemi, ki simulirajo molekulsko nagnetenje (molecular crowding). Pri tem se za študij nekanoničnih struktur DNK imenovanih G-kvadrupleksi največkrat uporabljajo (poli)etilen glikoli različnih molekulskih mas in pri različnem razmerju glede na vodni delež. Tovrsten pristop je omogočil pomembna odkritja v kontekstu bioloških vlog G-kvadrupleksov in razvoja novih terapevtskih strategij, a so se nedavne pojavili dvomi o njegovi primernosti. Namreč, izkazalo se je, da se polietilen glikoli morda selektivno veže na zunanje G-kvartete G-kvadrupleksov in s tem med vrsto različnih struktur promovirajo G-kvadruplekse s paralelno topologijo zvitja, ki v celičnem okolju morda ni najbolj zastopana. V odgovor na pomanjkanje eksperimentalnih podatkov v literaturi smo zasnovali študijo temeljnih sil interakciji z namenom pojasniti obstoj oziroma omogočiti podrobnejši vpogled v specifičnost vezave polietilen glikolov na določene strukturne motive G-kvadrupleksov. Z uporabo komplementarnih spektroskopskih metod (CD, NMR in UV) smo strukturno in termodinamsko okarakterizirali DNK G-kvadrupleksa v prisotnosti najmanjšega in enega od največjih (poli)etilen glikolov. Naši rezultati so pokazali, da se termodinamska stabilnost paralelnega G-kvadrupleksa v prisotnosti etilen glikola poveča zaradi de-hidratacijskega efekt. V primeru polietilen glikola z večjo molekulsko maso prihaja do stabilizacije paralelne topologije zlasti zaradi šibkih, a direktnih in specifičnih interakcij z G-kvadrupleksom, in sicer preko vezave na zunanji G-kvartet.
COBISS.SI-ID: 6389786
Epigenetski mehanizmi, ki vključujejo posttranslacijske modifikacije histonov in metilacijo DNA, Epigenetski mehanizmi, vključno s posttranslacijskimi modifikacijami histonov in metilacijo DNA, bi lahko predstavljali pomembne dejavnike v kostni homeostazi. Z našo študijo smo želeli ugotoviti, kateri izmed epigenetskih encimov, ki so pod vplivom estrogenov, oksidativnega stresa in hipoksije, bi lahko sodelovali pri nastanku pomenopavzne osteoporoze in osteoartroze. V celični liniji osteoblastov smo z metodo qPCR izmerili diferencialno izražene gene po izpostavitvi hipoksiji in oksidativnemu stresu. Te gene: HAT1, KAT5, HDAC6, MBD1 in DNMT3A, smo izmerili v vzorcih trabekularnega kostnega tkiva 96 bolnikov. Njihova ekspresija je bila bistveno nižja pri bolnikih s pomenopavzno osteoporozo in osteoartrozo v primerjavi s kontrolami in je pomembno korelirala z mineralno gostoto kosti in večimi s kostno histomorfometrijo pridobljenimi parametri kostne kvalitete in kvantitete. Prav tako smo dokazali korelacijo s kazalniki oksidativnega stresa, sistemom RANK / RANKL / OPG in angiogenezo. Poleg tega je oksidativni stres zvišal nivoje metilacije DNA promotorjev RANKL in OPG, obenem pa znižal ravni histonske acetilacije teh dveh genov. Naša študija je prva, ki je pokazala, da je višja ekspresija HAT1, HDAC6 in MBD1 povezana z boljšo kvantiteto in kvaliteto kostnega tkiva, ki ima boljšo trabekularno strukturo.
COBISS.SI-ID: 4627057
Cilj naše raziskave je bil ugotoviti genetske determinante občutljivosti na klinične zlome vretenc, kar je pomemben zaplet osteoporoze. Naredili smo vsegenomsko asociacijsko študijo pri 1553 ženskah po menopavzi s kliničnimi zlomi vretenc in 4340 kontrolami, z dvostopenjsko replikacijo, ki vključuje 1028 primerov in 3762 kontrol. Ugotovili smo, da je lokus, rs10190845, ki leži na kromosomu 2q13, značilno povezan s kliničnim zlomom vretenc (P = 1,04 x 10-9) in sicer z velikim učinkom (1,77, 95% CI od 1,06 do 2,6). Bioinformatična analiza tega mesta je opredelila več potencialno funkcionalnih SNP-jev, ki so povezani z ekspresijo genov TTL (»tubulin tyrosine ligase”) in SLC20A1 (»solute carrier family 20 member 1”). Poleg genetskega lokusa 2q13 z najmočnejšo povezavo, so bili odkriti še lokusi1p31, 11q12 and 15q11. Nobeden dosedaj še ni bil povezani s kostnimi fenotipi. Našli smo novo genetsko varianto, ki je neodvisno od mineralne kostne gostote signifikantno povezana s kliničnimi zlomi vretenc. Trenutno potekajo nadaljnje študije za funkcijsko vrednotenje osnovnega mehanizma.
COBISS.SI-ID: 4456049
Povzetek: Težka travma še vedno predstavlja problem svetovnega javnega zdravja, umrljivost in obolevnost pri travmi pa ostaja precejšnja. Številne pobude so imele namen zagotoviti smernice za obvladovanje travmatičnih bolnikov. Ta dokument se osredotoča na obvladovanje velikih krvavitev in koagulopatije po travmi ter spodbuja prilagajanje l vsakemu lokalnemu okolju in izvajanju v vsaki instituciji. Metode: Leta 2004 je bila ustanovljena vseevropska multidisciplinarna delovna skupina za napredno zdravljenje krvavitev v travmi, ki je vključevala predstavnike šestih ustreznih evropskih strokovnih združenj. Skupina je uporabila strukturiran, na dokazih temelječ pristop soglasja za obravnavo znanstvenih vprašanj, ki so služila kot podlaga za smernice in podporno utemeljitev. Obravnavana so bila tudi strokovna mnenja in trenutna klinična praksa, zlasti na področjih, kjer randomizirana klinična preskušanja niso bila izvedena ali jih ni mogoče izvesti. Obstoječa priporočila so bila ponovno preučena in revidirana na podlagi novih znanstvenih dokazov in opaženih premikov v klinični praksi; oblikovana so bila nova priporočila, ki odražajo trenutna klinična vprašanja in področja, na katerih so bili pridobljeni novi podatki o raziskavah. Ta smernica predstavlja četrto izdajo dokumenta, ki je bil prvič objavljen leta 2007 in posodobljen leta 2010 in 2013.
COBISS.SI-ID: 757667