1. HORVAT, Marjeta. Metilacija DNA in samomorilno vedenje : magistrsko delo. Ljubljana: [M. Horvat], 2018. 77 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 1537825219] 2. HOTKO, Anka. Izražanje in metilacija gena za RELN pri žrtvah samomora : master's thesis. Ljubljana: [A. Hotko], 2017. IX f., 78 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 1537581507] 3. VIDETIČ PASKA, Alja. Eksperimentalna epigenetika : študijsko gradivo za podiplomske študente biomedicine. Ljubljana: [s. n.], 2018. 22 str., Ilustr. [COBISS.SI-ID 33678041]
D.10 Pedagoško delo
COBISS.SI-ID: 1537825219Simpozij Taste of Genomics na Univerzi v Ljubljani, Medicinska fakulteta, 20. junij 2018, organizira Inštitut za biokemijo, Medicinski center za molekularno biologijo, UL MF ob praznovanju 70. obletnice prof. Radovana Komela. Program simpozija je osredotočen na raznolike raziskovalne vidike, ki prepletajo njegovo dolgoletno kariero. Njegovi nekdanji študenti bodo s predstavitvami raziskovalnih del, opravljenih pod njegovim mentorstvom, osvetlili njegovo znanstveno pot.
B.01 Organizator znanstvenega srečanja
COBISS.SI-ID: 295465728Uvod: Slovenija se v svetovnem merilu uvršča med trideset držav z najvišjim količnikom samomora. Samomor je kompleksna duševna motnja, definiran pa je kot dejanje namernega končanja lastnega življenja, do katerega privedejo tako okoljski kot genetski dejavniki in prepletanje med njimi. Molekularno-genetske študije so že pokazale povezavo številnih genov s samomorom, med drugimi tudi genov nevrotrofnega sistema. Član družine nevrotrofinov, možganski nevrotrofni dejavnik (BDNF), deluje preko vezave na receptorja NTRK2 in NGFR in ima pomembno vlogo pri razvoju in delovanju živčevja. Pretekle študije so pokazale povezavo BDNF in njegovih receptorjev s patogenezo številnih duševnih motenj, in sicer na ravneh polimorfizmov posameznih nukleotidov (SNP), metilacije ter izražanja na ravni mRNA in proteinov. Namen dela in metode: V možganskem tkivu in krvi smo med žrtvami samomora in kontrolnimi osebami iz slovenske populacije v genih nevrotrofnega sistema BDNF, NTRK2 in NGFR ovrednotili razlike na ravneh SNP, metiliranosti in izražanja mRNA. Pri tem smo uporabili molekularno-biološka pristopa kvantitativne verižne reakcije s polimerazo v realnem času (qPCR) in bisulfitnega sekvenciranja naslednje generacije (NGS). Rezultati: Z analizo porazdelitve frekvenc haplotipov smo v genu BDNF pri žrtvah samomora v primerjavi s kontrolnimi osebami pokazali višjo frekvenco haplotipa C-A-T-T-C (rs7124442–rs10767664–rs962369–rs12273363–rs908867), ki ga tvorijo v evropski populaciji redkeje zastopan alel SNP rs7124442 (C) in v evropski populaciji pogosteje zastopani aleli ostalih štirih SNP rs10767664–rs962369–rs12273363–rs908867 (A-T-T-C). Z analizo stopnje metiliranosti BDNF smo v krvi pri žrtvah samomora, glede na kontrolne osebe, ugotovili nižjo stopnjo metiliranosti v regiji BDNF I2 pred eksonom I. Z analizo izraženosti alternativnih prepisov mRNA BDNF smo v možganski regiji Brodmannovo področje 9 pri žrtvah samomora v primerjavi s kontrolnimi osebami ugotovili nekoliko višjo stopnjo izraženosti enega od alternativnih prepisov mRNA BDNF, NM_170731.4. Zaključek: Učinki sprememb v posameznih genih so pri kompleksnih fenotipih majhni, vendar pa kolektivno in v kombinaciji z dejavniki okolja lahko pripeljejo do pojava samomorilnega vedenja. Preučevanje genetskih dejavnikov samomorilnega vedenja dodatno oteži sopojavnost z duševnimi motnjami. Zato ni izključeno, da se določen delež genetskih dejavnikov med duševnimi motnjami in samomorilnim vedenjem tudi prekriva, zaradi česar je nujna dobra fenotipska opredelitev vzorcev. Kljub temu, da v naši študiji nismo pokazali povezave genov NTRK2 in NGFR s samomorom, smo uspeli potrditi ugotovitve drugih študij, da je BDNF sicer primeren kandidatni gen za nadaljnje raziskave povezave s samomorom, vendar pa menimo, da pristop preučevanja sprememb v posameznih genih ni najbolj ustrezen za študije kompleksnih fenotipov.
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 290564352B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci 1. KOUTER, Katarina, ZUPANC, Tomaž, VIDETIČ PASKA, Alja. Genome - wide DNA methylation analysis in Slovenian male suicide victims. V: 17th ESSSB : abstracts of posters, 17th European Symposium on Suicide and Suicidal behaviour, 5-8 Sept 2018, Ghent, Belgium. Gent: Universiteit. 2018. https://www.esssb17.org/site/assets/files/1072/abstracts_of_posters.pdf. [COBISS.SI-ID 34027225] 2. KOUTER, Katarina, ZUPANC, Tomaž, VIDETIČ PASKA, Alja. Methylation and expression of COMT in brain tissue and blood in suicide victims. V: 17th ESSSB : abstracts of posters, 17th European Symposium on Suicide and Suicidal behaviour, 5-8 Sept 2018, Ghent, Belgium. Gent: Universiteit. 2018. https://www.esssb17.org/site/assets/files/1072/abstracts_of_posters.pdf. [COBISS.SI-ID 34027481] 3. KOUTER, Katarina, ZUPANC, Tomaž, VIDETIČ PASKA, Alja. DNA methylation pattern analysis in suicide victims. V: Book of abstracts : FEBS advanced course. [S. l.: s. n.]. 2018, str. 96. [COBISS.SI-ID 33994201] 4. KOUTER, Katarina, ZUPANC, Tomaž, KOMEL, Radovan, VIDETIČ PASKA, Alja. Methylation and expression of COMT and RELN in suicide vistims : comparison of brain tissue and blood. V: GORIČAR, Katja (ur.), HUDLER, Petra (ur.). Book of abstracts = Zbornik povzetkov, 12th Meeting of the Slovenian Biochemical Society with International Participation = 12. srečanje Slovenskega biokemijskega društva z mednarodno udeležbo, Bled 20 - 23 september 2017. Ljubljana: Slovenian Biochemical Society. 2017, str. 62. [COBISS.SI-ID 33514713]
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 34027225V laboratoriju smo se v teku projekta naučili uporabljati najnovejšo tehnologijo za določanje nukleotidnega zaporedja, in sicer sekvenciranje naslednje generacije. Prve poskuse v toku projekta smo izvedli na aparaturi Roche Junior, zaključne poskuse pa na aparaturi Illumina Mini Seq, ki jo imamo v našem laboratoriju. To pomembno prispeva k naši konkurenčnosti, saj bomo lahko stopali v koraku s časom z najpomembnejšimi raziskovalci z našega področja, hkrati pa bomo lahko razširili naše področje delovanja.
F.03 Večja usposobljenost raziskovalno-razvojnega osebja