Poleg dobro poznane desnosučne B oblike dvojne vijačnice lahko DNA molekule tvorijo strukture višjega reda kot so npr. G-kvadrupleksi. Oligonukleotidna zaporedja bogata z gvaninskimi ostanki lahko tvorijo takšne nenavadne strukture v prisotnosti določenih kationi, kot so K+ ali Na+. Nastanek G-kvadrupleksov je tesno povezan s človeškimi boleznimi. Zaporedja bogata z gvanini, lahko v okolju v katerem ni prisotnih kationov, ki bi promovirali tvorbo G-kvadrupleksnih struktur, tvorijo dobro opredeljene strukture, ki lahko predstavljajo intermediate na poti zvijanja v G-kvadruplekse. Zanimivo je omeniti, da gvaninske baze niso med seboj povezane z Hoogsteen vodikovimi vezmi kot so v G-kvartetih, ampak z drugačnim baznim parjenjem.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 5922074V okviru vabljenega predavanja sem predstavil tudi določevanje struktur nukleinskih kislin bogatih z gvaninskimi ostanki s pomočjo NMR spektroskopije in komplementarnih metod. Z NMR spektroskopijo lahko spremljamo zvijanje takšnih struktur. V določenih primerih lahko takšno zvijanje ob dodatku kationov poteka iz že dobro definirane strukture.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 5930266Naredili smo patentno prijavo, kje smo razvili postopek za karakterizacija gvaninskih ostankov, ki so vključeni v baznih parih v predzvitih strukturah oligonukleotidov v raztopini, s pomočjo selektivne zamenjave posameznega gvanina z nebularinom. Omenjeni postopek temelji na selektivni uvedbi po enega nebularinskega namesto gvaninskega ostanka v oligonukleotidno zaporedje. Ker molekula nebularina na mestu C6 nima karbonilne skupine, kakor tudi ne amino NH2 skupine ter posledično NH imino protona, se ne more vključevati v GG N1-karbonil bazni par. Omenjen bazni par je ključen pri stabilizaciji predzvitih struktur. Metoda določanja udeleženosti gvaninskih ostankov v GG N1-karbonil baznih parih temelji na razliki v številu in kemijskih premikih aromatskih protonov nebularina in gvanina. Molekula nebularina ima tri aromatske protone, ki se nahajajo v 1H NMR spektru pri nižjem polju kot aromatski proton molekule gvanina. V primeru, da so v 1H NMR spektru prisotni več kot trije signali za aromatske protone nebularinskega ostanka, je bil gvaninski ostanek na tem mestu znotraj oligonukleotida, na katerem je sedaj nebularinski ostanek, ključen pri stabilizaciji predzvite strukture in lahko sklepamo, da je bil udeležen v baznem paru. V primeru da bi opazili samo tri signale za aromatske protone nebularinskega ostanka, gvaninski ostanek na tem mestu znotraj oligonukleotida ni ključen pri stabilizaciji predzvite strukture.
F.33 Patent v Sloveniji
COBISS.SI-ID: 6077210