Ker je število GSO naraslo, standardne analize, ki temeljijo na posamezni kvantitativni verižni reakciji s polimerazo, niso več cenovno učinkovite, čeprav so taki testi v splošni uporabi. Na osnovi tehnologije kapljičnega digitalnega PCR (ddPCR) smo razvili multipleksne teste za kvantifikacijo vseh 12 GS-linij koruze, ki so bile avtorizirane do 1. 4. 2015. Ker so si sekvence 12 GS-tarč zelo podobne, smo morali razviti dva multipleksna testa. Z obema dobimo specifične rezultate; parametri njihovega delovanja, kot so limita kvantifikacije, ponovljivost in resničnost, ustrezajo mednarodnim priporočilom za kvantifikacijske metode za GSO. V primerjavi s qPCR sta bili zmogljivost in cenovna učinkovitost značilno boljši pri vzorcih, ki so vsebovali GSO. Tako smo zaključili, da lahko nove teste uporabimo za rutinsko kvantifikacijo avtoriziranih linij koruze. Prav tako se obstoječim testom enostavno lahko dodajo novi, v primeru novih odobritev GS linij. Predstavljeni princip za kvantitativno multipleksiranje je uporaben tudi na drugih področjih.
COBISS.SI-ID: 3540559
Z uporabo ultra globokega sekvenciranja Illumina smo proučili raznolikost dveh naborov sekvenc krompirjevega virusa Y, ki sta sočasno prisotna v gostitelju: RNA, ki smo jih izolirali iz virusnih delcev in male virusne interfirajoče RNA, ki so derivati utiševalnih mehanizov rastlinskih RNA. Med obema populacijama so bile mutacije zelo podobne, pri čemer nismo zaznali opaznih vročih mutacisjkih točk v virusnem genomu. V obeh naborih so se polimorfizmi posameznih nukleotidov (SNPs) pojavljali s frekvenco višjo od 1,6%. SNPs z zelo nizko frekvenco pojavljanja so bili v obeh naborih, a so bili pogostejši med malimi RNA. Verjetno so nastali z genskim driftom v lokaliziranih populacijah virusov v rastlini, pri čemer naj bi do napak prišlo med pomnoževanjem signala utišanja. Sekvenciranje nabora virusnih delcev je povečalo učinkovitost konsenza pri rekonstrukciji genomske sekvence. Nehomologne rekombinacije smo pogosto detektirali v naboru virusnih delcev, z vročimi točkami v genomu na neprepisani 3’ regiji in v regiji plaščnega proteina. To naj bi bil pomemben, čeprav prezrt vidik v raznolikosti virusne populacije.
COBISS.SI-ID: 3333711
Izolat PVY N605 smo označili z zelenim fluorescenčnim proteinom (GFP), določili njegove lastnosti in uporabili za slednje in vivo. Označeni izolat je bil v sorti tobaka Nicotiana tabacum cv. Xanthi biološko primerljiv neoznačenemu sevu, ostal stabilen med tremi penosi z rastline na rastlino in se obdržal v okuženih rastlinah štiri mesece. Pri sledenju gibanja na dolge razdalje in vivo smo lahko ocenili hitrost gibanja med celicami (7,1 ± 1.5 celica/h). Podobno stabilen je bil označen izolat tudi v sortah krompirja Désirée in NahG-Désirée. Okužil je sorte krompirja Bintje in Bea, Nicotiana benthamiana ter divje sorodnike krompirja. Iz tega sledi, da je označeni izolat učinkovito orodje za nadaljnje študije interakcij virusa PVY in gostiteljske rastline, kot so funkcionalne analize virusnih in rastlinskih genov, vključenih v virusno premikanje.
COBISS.SI-ID: 3518031
Test LAMP za detekcijo fitoplazme FDp s cenovno ugodno napravo smo validirali po standardih EPPO in priporočilih MIQE. Test je specifičen in izjemno občutljiv, saj smo z njim FDp določili v vseh vzorcih listov, v katerih smo FDp določili tudi s qPCR. Celoten postopek priprave vzorca ter testiranje smo dizajnirali in optimizirali za detekcijo na terenu. Postopek je zaključen v eni uri. Postopek homogenizacije vzorcev vinske trte (listne žile, cvet, jagoda) smo optimizirali tako, da lahko s testom LAMP neposredno testiramo surove homogenate, brez predhodne ekstrakcije DNA.
COBISS.SI-ID: 3175247
Izvedli smo celovito študijo analize dinamičnih sprememb primarnega metabolizma krompirja po okužbi z virusom PVY, ki je vključevala analizo celotnega transkriptoma, netarčne analize proteoma ter meritve fotosintetske aktivnost v rastlinah sorte Désirée ter transgenih linijah NahG-Désirée. Pokazali smo, da je odziv rastlin na transkripcijski ravni obširen in bimodalen, vendar se le delno manifestiara v spremembah na ravni proteoma, ter končnih spremembah na nivoju fotosintetske aktivnosti.
COBISS.SI-ID: 3614031