Gre za največjo asociacijsko študijo celotnega genoma na področju ALS, v katero je bilo vključenih 15.000 bolnikov z ALS in 27.000 zdravih kontrol. S primerjavo genetskih zapisov bolnikov z zdravimi kontrolami smo identificirali 6 genomskih regij, v katerih genetske variacije povečajo tveganje za ALS. Z inovativnim pristopom smo identificirali nov lokus na kromosomu 21, kjer se nahaja do sedaj še neodkrit gen C21orf2 in ga povezali z visokim tveganjem za nastanek ALS. Dodatno smo identificirali še lokusa MOBP in SCFD1 in ju prav tako povezali z visokim tveganjem za nastanek ALS. S tem smo dokazali, da je ALS kompleksna genetska bolezen za katero je odgovornih več genov. Ta študija je odskočna deska za nadaljnje raziskave, ki bodo dale dodatne tarče in vpogled v nastanek bolezni.
COBISS.SI-ID: 3106220
TDP-43 je jedrni RNA-vezavni protein, ki tvori inkluzijska telesca pri forntotemporalni lobarni degradaciji (FTLD) in amiotorofični lateralni sklerozi (ALS). Človeške možganske RNA tarče proteina TDP-43 in njegova vloga pri procesiranju RNA niso poznane. Z uporabo metode iCLIP (‘individual nucleotide-resolution ultraviolet cross-linking and immunoprecipitation’ – ultravijolično povezovanje in imunoprecipitacija z ločljivostjo posameznega nukleotida) smo ugotovili, da se TDP-43 in vivo preferenčno veže na skupke dolgih UG-bogatih zaporedij. Analiza vezave TDP-43 na RNA iz možgan pacientov s FTLD je pokazala, da je pri tej bolezni največja sprememba v vezavi na nekodirajoči RNA MALAT1 in NEAT1. Ugotovili smo tudi, da vezava TDP-43 na pre-mRNA vpliva na alternativno povezovanje RNA, podobno kot je že ugotovljeno za Nova proteine. Velik pomen TDP-43 pri regulaciji RNA povezovanja v možganih nakazuje precejšnje število alternativnih mRNA izooblik, ki jih regulira TDP-43. Te namreč kodirajo proteine, ki uravnavajo razvoj živčevja ali pa so povezani z nevrološkimi boleznimi.Objava je bila izbrana kot izjemen dosežek Slovenske zananosti za leto 2011. Boris Rogelj ima deljeno prvo avtorstvo pri tej objavi.
COBISS.SI-ID: 8278100
Amiotrofična lateralna skleroza (ALS) je neozdravljiva bolezen motoričnih nevronov, ki je pri 10% bolnikov dedna. V britanski družini, povezani z ALS6, smo odkrili kodirajočo mutacijo v genu 'fused in sarcoma' (FUS). Pri pregledu 197 primerov dedne ALS smo odkrili še dve novi mutaciji v osmih družinah. Postmortem analiza treh primerov posameznikov s FUS mutacijami je pokazala FUS imunoreaktivne citoplazemske inkluzije ter degeneracijo predvsem nižjih motoričnih nevronov. Analiza izražanja v celicah pa je prikazala spremembe v lokalizaciji mutiranih FUS proteinov. FUS je vključen v regulacijo transkripcije, procesiranja in transporta RNA, zato je funkcionalni homolog TDP-43. TDP-43 je tudi eden od genov odgovornih za ALS, zato funkcionalna podobnost med TDP-43 in FUS lahko pomeni, da obstaja enoten mehanizem degeneracije motoričnih nevronov. Dr. Rogelj ima deljeno prvo avtorstvo pri tej objavi, ki ima 1255 citatov, ki jo uvršča med 1 % najbolj citiranih objav iste starosti na področju medicine (Scopus). Objava je na četrtem mestu najbolj citiranih objav na področju nevroznanosti v reviji Science.
COBISS.SI-ID: 22877479
Članek opisuje nenavadne lastnosti in vloge cisteinske karboksipeptidaze katepsina X v malignih procesih. Predstavljene so naravne molekularne tarče, ki jih razgrajuje ta proteaza in razloženi mehanizmi, ki vodijo do napredovanja bolezni. Za razliko od podobnih lizosomskih proteaz katepsin X ne razgrajuje zunajceličnega matriksa, ampak omogoča napredovanje raka z regulacijo delovanja integrinskih receptorjev, gama enolaze, kemokina CXCL-12, bradikinina, huntingtina in profilina-1. Njegova vloga pri napredovanju raka je še posebej pomembna v primeru, da v tumorjih utišamo prekomerno delovanje drugih proteoliznih encimov, predvsem katepsina B. V tem primeru se izražanje katepsina X poveča, kar omogoči rezervno pot tumorske proteolize. To spoznanje pa je pomembno pri uporabi proteaznih inhibitorjev v protitumorski terapiji. Članek je bil izbran za predstavitev ARRS Odlični v znanosti.
COBISS.SI-ID: 3650929
Cistatin F je bil predlagan kot regulator celične citotoksičnosti NK celic, saj inhibira glavni konvertazi grancimov, to je katepsina C in H. Za preverjanje te hipoteze smo pripravili variante cistatina F in analizirali njihov vnos, subcelični transport, inhibicijo peptidaz in vpliv na citotoksičnost NK-92 in primarnih NK celic. Ugotovili smo, da je glikozilacijski profil odgovoren za izločanje, vnos in znotrajcelično razvrščanje cistatina F. Aktivni, N-končno cepljeni monomerni cistatin F se tudi lahko privzame s citotoksičnimi celicami. Prenese se v endosome/lizosome in deluje tudi v celicah, ki ne izražajo aktivacijske peptidaze. Mutante cistatina F, ki so sposobne internalizacije in transporta po endo/lizosomski poti, značilno znižajo aktivnost katepsinov C in H, tako in situ po transfekciji celic, ali pa in trans, s prevzemom iz gojišča. Inkubacija stimuliranih NK-92 celic in primarnih NK celic z mutantama intaktnega in N-končno cepljenega cistatina F značilno zavre od granul pogojeno celično citotoksičnost.
COBISS.SI-ID: 30930471
Gama enolaza je nevrotrofični dejavnik, ki vspodbuja rast, diferenciacijo, preživetje in regeneracijo nevronov. Nevrotrofično aktivnost regulira cisteinska proteaza katepsin X, ki cepi C konec molekule. Preiskovali smo izražanje in kolokalizacijo gama enolaze in katepsina X v možganih Tg2576 mišjega modela Alzheimerjeve bolezni, ki povišano izraža amiloidni prekurzorski protein. Intaktna oblika gama enolaze, ki izraža nevrotrofično aktivnost, je prisotna v celicah mikroglie v bližini senilnih plakov. Dokazali smo njeno nevroprotektivno delovanje proti Aß toksičnosti.
COBISS.SI-ID: 3441265
Katepsin B je udeležen v mehanizmih napredovanja raka. Poročali smo, da je antibiotik nitroksolin močan in selektiven inhibitor katepsina B, njegove protitumorske učinke smo določili in vitro in in vivo. Nitroksolin značilno zmanjša rast tumorjev, angiogenezo in metastaziranje, kot smo prikazali v mišjih modelih LPB fibrosarkoma in MMTV-PyMT raka dojke. Naši rezultati opredeljujejo nitroksolin kot pomembno protitumorsko zdravilo in tudi kot premostitveno zdravilo, primerno za registracijo za drugo indikacijo.
COBISS.SI-ID: 3834225
Vezavna ogrodja ne-imunoglobulinskega tipa so, za razliko od protiteles, majhni, enodomenski proteini, ki niso podvrženi post-translacijskim modifikacijam, pogosto ne vsebujejo disulfidnih vezi in jih lahko brez večjih težav medsebojno povezujemo. Med več kot 20 različnimi tipi vezavnih ogrodij ne-imunoglobulinskega tipa, so v zadnjih štirih letih predstavili naslednje: Adhiron, Alphabody, Centyrin, Pronectin, Repebody, Affimer in Obody. V članku smo pripravili pregled 139 različnih ogrodij ne-imunoglobulinskega tipa, usmerjenih proti 102 različnima proteinoma. Ogrodja ne-imunoglobulinskega tipa se najpogosteje uporabljajo pri zdravljenju ali diagnostiki raka in različnih vnetnih bolezni. Dosežek je bil objavljen v reviji Trends in Biotechnology, ki je v zgornjih 5% revij na področju Biotehnologije in uporabne mikrobiologije.
COBISS.SI-ID: 3851377
Identifikacija alergenskih epitopov je ključna za razumevanje patogeneze alergij tipa I, za razumevanje navskrižne reaktivnosti in za razvoj imunoterapije z mimotopi. Fagni delci so si pridobili veljavo v alergologiji ne samo zaradi uspešnega presejavanja peptidnih knjižnjic, ampak tudi kot nosilci mimotopov alergenov. Vključujejo tehnologijo raziskav epitopov in imunizacijo v enotno platformo.Članek podaja pregled alergenih mimotopov, pridobljenih s fagnim prikazom, prikaže posamezna področja uporabe in diskutira prednosti in slabosti metodologij, ki se uporabljajo za identifikacijo in validacijo mimotopov.
COBISS.SI-ID: 4144497
Za študij vloge katepsina X v migraciji limfocitov smo Jurkat celice stabilno transfecirali s pcDNA3 vektorjem, ki je vseboval cDNA za katepsin X. Limfociti T s povečanim izražanjem katepsina X so kazali polarizirano migracijsko morfologijo, povečano migracijo na 2D in 3D modelih in povečano homotipsko agregacijo. Predlagamo da katepsin X povzroči citoskeletne spremembe in stimulira migracijo limfocitov T s spreminjanjem aktivnosti beta2 integrinskega receptorja LFA-1.
COBISS.SI-ID: 2370417