Na podlagi analize podatkov sekvenciranja smo pokazali, da tudi pri nekaterih človeških genih, ki so aktivni predvsem v možganih, poteka odstranjevanje intronov v dveh korakih, s tako imenovanim rekurzivnim izrezovanjem. S pomočjo analize zaporedij smo odkrili, da je za uspešno delovanje rekurzivnega izrezovanja potreben signal za rekurzivno izrezovalno mesto (RS). S signalom RS je večinoma prisoten tudi kriptični ekson, ki je navadno odstranjen iz transkripta. V primeru dveh kriptičnih eksonov se učinkovitost rekurzivnega izrezovanja zmanjša, kar vodi do razgradnje transkripta. Domnevamo, da so kriptični eksoni pomembni za kontrolo kvalitete in evolucijo novih izoform, predvsem genov, ki so povezani z avtizmom in ostalimi nevrološkimi motnjami.
COBISS.SI-ID: 1536358339
Zasnovali, teoretično utemeljili in implementirali smo izvirno metodo vizualizacije aproksimacijskih množic, ki jih dobimo kot rešitve večkriterijskih optimizacijskih problemov. Metoda zmanjša dimenzionalnost množice rešitev in jo pregledno prikaže v obliki t.i. prosekcijske matrike. Je tudi osnova za vizualizacijo razlik med različnimi množicami rešitev danega problema. Odločevalcu, ki mora izbrati končno rešitev, to daje boljši vpogled v kakovost rešitev in lastnosti optimizacijskega problema.
COBISS.SI-ID: 27961383
V strojno učenje smo uvedli novo paradigmo generatorjev delno umetnih podatkovnih množic. Pristop temelji na RBF mrežah. Kot osnovo vzame del učne množice, na njej nauči generativni RBF model in ga spremeni v generator podatkov. Ta izvirni pristop lahko bistveno izboljša uspešnost strojnega učenja za nekatere probleme, tudi visoko dimenzionalne kot so tekstovni. Generirane podatke lahko uporabimo za nastavitve parametrov, v simulacijah, pri razvoju novih algoritmov, na neuravnoteženih učnih množicah itd.
COBISS.SI-ID: 1536875203
Kvalitativno modeliranje se tradicionalno ukvarja z abstrakcijo numeričnih podatkov. Relacije med odvisno in neodvisnimi spremenljivkami v numeričnih domenah opisujejo kvalitativni parcialni odvodi; kvalitativno opisujejo trende odvisnih spremenljivk. Pričujoči članek se ukvarja s problemom iskanja kvalitativnih povezav v kategoričnih domenah. V članku posplošimo pojem parcialnega odvoda in definiramo »verjetnostni diskretni kvalitativni parcialni odvod« (PDQ PD). Le-ta opisuje kvalitativno relacijo med ciljnim razredom in diskretnim atributom; odvod ustreza urejenosti atributnih vrednosti a_i glede na P(c|a_i) v lokalni okolici referenčne točke, pri čemer spoštuje princip ceteris paribus.
COBISS.SI-ID: 1537020611
Odkrivanje vzorcev interakcij med proteini in RNA je osnova za razumevanje vloge, ki jo RNA-vezalni proteini imajo v post-transkripcijski regulaciji genske ekspresije. Razvili smo metodo za integrativno analizo, ki temelji na ortogonalni nenegativni faktorizaciji matrik, poimenovani iONMF. Z njo je možno odkriti bolj specifične in manj pogoste vzorce v podatkih. Analizirali smo do sedaj največjo zbirko podatkov iz 31 eksperimentov in pokazali, da naš model uspešno napoveduje mesta interakcije z RNA devetnajstih proteinov. Ovrednotili in določili smo najbolj pomembne faktorje, ki so povezani z mesti interakcije med proteini in RNA: struktura RNA, prisotnost specifičnih krajših zaporedij v RNA ter hkratna vezava nekaterih ostalih RNA-vezalnih proteinov.
COBISS.SI-ID: 1537001923