V tej študiji smo preučevali cepitve CXC ELR (CXCL1, -2, -3, -5, and -8) kemokinov in CXC kemokinov brez ELR motiva (CXCL9-12) s cisteinskimi katepsini B, K, L in S pri nevtralnem pH spomočjo Tris-Tricine SDS-PAGE metode in MALDI TOF masne spektrometrije. Ugotovili smo, da je katepsin B cepil vse kemokine pretežno v C-terminalni regiji, medtem ko so jih katepsini K, L in S cepili pretežno v N-terminalnem delu. Nadalje smo ugotovili, da so glikozaminoglikani kot. Npr. kondroitin sulfat, pomembno vplivali na procesiranje kemokinov. S pomočjo mobilizacijskega testa na osnovi Ca(2+) in kemotaktičnega testa smo naredili tudi funkcionalno analizo teh cepitev na nivoju celic. Ugotovili smo, da katepsini inaktivirajo in v nekaterih primerih celo razgradijo CXC kemokine brez ELR motiva CXCL9-12. Nasprotno pa smo ugotovili, da jatepsini specifično procesirajo ELR CXC kemokine CXCL1, -2, -3, -5, in -8 N-terminalno od ELR motiva in na ta način ustvarijo agonistične oblike. Na osnovi te študije lahko zaključimo, da cisteinski katepsini regulirajo aktivnost kemokinov in na ta način tudi rekrutiranje levkocitov pri vnetnih procesih.
COBISS.SI-ID: 28474151
V tej študiji smo proučevali biokemijske lastnosti proteaze avtofagina-2 iz parazita T. cruzi (TcAtg4.2). V genomu parazita sta kodirana dva avtofagina, vendar je avtofagin-2 tisti, ki je dogovoren za procesiranje Atg-8 proteinov pri avtofagiji, ki ima ključno vlogo pri diferenciaciji parazita, zaradi česar je ta avtofagin potencialna tarča za zdravljenje Chagasovega obolenja. Ugotovili smo, da je mehanizem hidrolize substratov z Atg4 proteazami izredno dobro evolucijsko ohranjen, tako kot avtofagija nasploh. S pomočjo knjižnice substratov (positional scanning-substrate combinatorial library; PS-SCL), pa smo ugotovili da tako TcAtg4.2 in humani avtofagin-1 (HsAtg4B) cepita samo substrate z aromatskimi preostanki na P2 mestu in tiste z glicinom na P1 poziciji, ki je popolnoma ohranjeno tudi pri vseh naravnih substratih iz družine Atg8. Nadalje smo z uporabo nenaravnih aminokislin ugotovili, da TcAtg4.2 za razliko od HsAtg4B specifično prepozna substrate z nenaravno aminokislino cikloheksilalaninom (derivat Phe) na P2 mestu in sintetizirali več visoko selektivnih tetrapeptidnih substratov vključno z acetil-Lys-Lys-Cha-Gly-AFC (Ac-KKChaG-AFC) in acetil-Lys-Thr-Cha-Gly-AFC (Ac-KTChaG-AFC). Ti substrati bi tako lahko služili kot osnova za rešetanje pri iskanju inhibitorjev TcAtg4.2 kot potencialne tarče za zdravljenje Chagasovega obolenja
COBISS.SI-ID: 28942631
V tem članku smo z uporabo proteomskih metod pokazali, da katepsina L in S delujeta kot t.i. šedaze in odcepljata zunajceličnie domene adhezijskih proteinov iz družine CAM in transmembranskih receptorjev s površine rakavih celic. Pri miškah z izbitim genom za katepsin S z rakom pankreasa je bilo procesiranje nekaj od teh substratov bistveno zmanjšano, kar kaže na ključno vlogo katepsinov pri zunajceličnih cepitvah membransko vezanih proteinov. Poleg vpliva na migracijo in invazivnost tumorskih celic smo pokazali, da zunajcelični katepsini vplivajo tudi na znotrajcelično signalizacijo, kot smo pokazali za regulacijo Ras GTPase aktivnosti, s čimer smo pokazali na molekularni mehanizem povezav med aktivnostjo zunajceličnih katepsinov in napredovanjem raka.
COBISS.SI-ID: 28696103
V tej študiji smo preučili protitumorske lastnosti nitroxolina , inhibitorja katepsina B, v in vitro in in vivo modelih tumorjev . Za funkcionalno analizo nitroxolina in vitro smo izbrali tumorske in endotelijske celične linije z visoko stopnjo aktivnega katepsina B. Dodatek Nitroxolina je bistveno zmanjšal razgradnjo zunajceličnega DQ - kolagena IV v vseh uporabljenih celičnih linijah, kar smo ugotovili s pomočjo spektrofluorometrije. Nadalje je Nitroxolin tudi pomembno znižal invazijo tumorskih celic, ki smo jo spremljali v realnem času in zmanjšal invazivno rast večceličnih tumorskih sferoid , ki smo ga uporabili kot 3D in vitro model tumorske invazije . Poleg tega je nitroxoline bistveno zmanjšal tvorbo endotelijskih cevčic v in vitro testu angiogeneze. Kar je najpomembnejše, pa je to, da je nitroxoline bistveno zmanjšal rast tumorjev, angiogenezo in nastanek metastaz in vivo v LPB fibrosarkoma in MMTV - PyMT mišjih modelih raka dojke. Naši rezultati tako kažejo na to, da je nitroxoline obetaven kandidat za zdravilo za zdravljenje raka.
COBISS.SI-ID: 3834225
Trop2 je transmembranski protein, njegovo izražanje pa je visoko predvsem v zarodnih in karcinomskih celicah, kjer preko citosolnega dela vpliva na izražanje genov, povezanih s celično proliferacijo. Protein do sedaj pa še ni bil podrobneje raziskan s strukturnega vidika. V članku smo predstavili strukturo njegovega citosolnega dela v dveh oblikah (nefosforilirani in fosforilirani) ter s tem pokazali, da fosforilacija, opažena tudi in vivo, bistveno vpliva na njegovo strukturo in s tem lahko posredno vpliva na interakcije s signalnimi proteini, sam citosolni del pa zaradi spremembe oblike zaradi fosforilacije deluje kot strukturno stikalo. Rezultati so pomembni za razumevanje signalnih procesov in za načrtovanje morebitnih terapij v smislu inhibiranja nastanka s celično proliferacijio povezanih kompleksov Trop2.
COBISS.SI-ID: 1536305091