Namen te študije je oceniti vlogo sprememb aminokislin v naravno misenzivnih mutacijah hCYP51A1 proteina. V podatkovnih bazah SNP smo iskali obstoječe polimorfizme CYP51A1 in ocenili njihov učinek na funkcijo proteinov. Našli smo redke različice, ki povzročajo škodljive misenzivne mutacije CYP51A1.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 6312730Organski katodni materiali so zaradi delovanja v različnih akumulatorskih sistemih kot so litijevi, natrijevi in magnezijevi akumulatorji ter možnosti priprave iz cenovno in okoljsko dostopnih surovin, eden izmed možnih okolju prijaznejših akumulatorskih sistemov prihodnosti. V dosedanjih raziskavah teh materialov, je bila ena izmed težav pomanjkanje karakterizacijskih tehnik, ki bi nam omogočale spremljanje sprememb med elektrokemijskim delovanjem. S kombinacijo znanja različnih odsekov Kemijskega Inštituta smo razvili novo tehniko spremljanja sprememb v katodnih materialih s pomočjo infrardeče spektroskopije. Metodo smo razvili za razlago mehanizma delovanja poli(antrakinonil) sulfida v Li in Mg akumulatorjih. V obeh sistemih smo s pomočjo IR spektroskopije opazili redukcijo karbonilne vezi med praznjenjem akumulatorja. Rezultate IR spektroskopije so potrdili s pomočjo izračunov teoretičnih spektrov in sintezo modelnih spojin. Nova metoda ponuja močno orodje za raziskavo novih organskih materialov ter tudi študijo degradacijskih procesov v katodnih materialih. Potrjen mehanizem delovanja organske katode v Mg akumulatorju dodatno odpira polje raziskav Mg‒organskih akumulatorjev.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 6189082Opazovanje strukturnih sprememb med hidratacijo proteinskih filmov konkanavalina A, kimotriosinogena A, pepsina in stefina B je razkrilo, da hidratacija v vseh primerih inicira nastanek β-struktur. Kljub temu, da opazovane strukturne spremembe niso velike, jih lahko z metodami vibracijske spektroskopije uspešno detektiramo. Vpeljali smo metodo za določitev debeline proteinskih filmov na podlagi AK sestave posameznih modelnih proteinov in umeritvene krivulje pripravljene na primeru različno debelih filmov BSA. Določili smo število vezanih molekul vode na eno molekulo polipeptidne verige v odvisnosti od relativne vlažnosti hidratirajoče atmosfere (10 % - 90 %). Z zavedanjem, da lahko s pomočjo vibracijske spektroskopije detektiramo tudi majhne strukturne spremembe, ki nastopijo med procesom hidratacije proteinskih filmov, smo želeli slediti konformacijskim spremembam, ki nastanejo med agregacijo konkanavalina A in stefina B. Konkanavalin A v bazičnem okolju tvori amiloidne agregate, medtem ko v kislem okolju tvori amorfne agregate. Pri obeh tipih termodinamsko gnanih procesov smo sledili strukturnim spremembam in določili spektralne markerje, ki razlikujejo med obema morfološko si različnima tipoma agregatov. Opazovali smo tudi časovno odvisno tvorbo amiloidnih struktur konkanavalina A. Vse strukturne spremembe smo ovrednotili z metodo dekompozicije spektralnih trakov. Agregacijo stefina B smo spremljali pri pH vrednostih 3, 5, 7,5 in 9. Pri vseh pH vrednostih stefin B tvori amiloidne agregate. Temperatura prehoda narašča s pH vrednostjo. Na podlagi naših rezultatov smo predstavili nov model, ki bi lahko opisal proces tvorbe amiloidnih fibril stefina B. Ta model v procesu agregacije ne predvideva popolnega razvitja polipeptidne verige, temveč le delno prestrukturiranje α-vijačnice in β-traku na način, da je omogočena tvorba prečnih β-ravnin, značilnega strukturnega elementa amiloidnih fibril.
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 289386752Pri razvoju zdravil je pomembno imeti primerno kristalno obliko aktivne snovi. Snovi, ki so stabilne le v omejenem pH območju, so izziv za razvijanje formulacije. Molekula omeprazola spada v skupino prazolov; zdravil, ki v človeškem telesu zavirajo delovanje protonske črpalke. Njihova glavna značilnost je močno in dolgotrajno zmanjšanje nastajanja želodčne kisline. Za prazole je znano, da so občutljiv na degradacijo v kislem okolju. Formulacijo moramo zato stabilizirati z alkalnimi dodatki ali jo uporabiti v obliki soli. Slednje pa zahteva njihovo karakterizacijo. Zato smo si za študij izbrali soli omeprazola. Sintetizirali smo soli z alkalijskimi (Li, Na, K) in zemeljsko-alkalijskimi (Mg, Ca) kovinami. Za študij fizikalno-kemijskih lastnosti petih soli smo uporabili Fourier-transform infrardečo in ramansko spektroskopijo, ramansko mikroskopijo, »hot stage«, dinamično parno sorpcijo, jedrsko magnetno resonanco, termogravimetrijo, diferencialno kalorimetrijo in teoretične izračune vibracijskih frekvenc. Ugotovljeno je bilo, da vibracijska spektroskopija ustrezno spektroskopsko orodje, ki na natančen, hiter in nedestruktiven način loči med posameznimi solmi in enovito določa fizikalno-kemijske lastnosti čistega omeprazola in njegovih soli.
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 6315034Znano je, da imajo molekularni topljenci močan vpliv na strukturne in dinamične lastnosti vode, ki jih obdaja. Odvisno od motnje, ki jo povzroča topljenec, se lahko mreža vodikovih vezi lokalno sprosti v konfiguracije z optimalnimi intermolekularnih koti ali pa se lokalno poruši pri čemer molekule izstopijo iz omrežja. Pri naših raziskavah smo uporabili simulacije ab-initio molekularne dinamike in ugotovili povezanost med prisotnostjo ojačenih vodikovih vezi med molekulami vode blizu hidrofobnih topljencev in spremembami v strukturi in dinamiki molekul vode, kar smo ovrednotili s primernimi ureditvenimi parametri.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 6343450