Expanding the boundaries of knowledge
C.02 Uredništvo nacionalne monografije
COBISS.SI-ID: 287348224Uporaba atomističnih simulacij skupaj z nevtronskim sipanjem je zelo pomemben pristop v molekularni biofiziki, ker zagotavlja komplementarne informacije o strukturi in dinamiki biomolekularnih sistemov. V predavanju navedemo nekaj primerov uporabe klasične in ab-initio molekularne dinamike za razlago eksperimentalnih podatkov nevtronskega sipanja in preučimo možne povezave med splošnimi karakteristikami molekularnih gibanj ter njihovo biološko funkcijo. Kot primer predstavimo razlago učinka mehčanja proteinske dinamike ob vezavi z ligandom. Nato s pomočjo obsežnih izračunov mrežnih nihanj DNA ter primerjavo z neelastičnim nevtronskim sipanjem pojasnimo prožnostne lastnosti DNA in njeno strukturno celovitost na različnih dolžinskih skalah. Prikažemo tudi analizo konformacijskih preferenc pri majhnih peptidih v vodni raztopini s kombinirano uporabo ab-initio MD simulacij, IR-spektroskopije in nevtronske difrakcije.
B.04 Vabljeno predavanje
V treh sklopih predavanj na "Poletni šoli iz mehke snovi" so bile zajete naslednje teme: Uvod v računalniške simulacije, Kvantno mehanski in klasični nivo opisa molekulskih sistemov, Lokalne lastnosti kompleksnih sistemov, Napredne metode molekularne dinamike in grobo-zrnat pristop, Prosta energija in fazno ravnotežje, Statistična mehanika tekočin, Voda in hidratacijski učinki, Biološke makromolekule.
B.05 Gostujoči profesor na inštitutu/univerzi
Vibracijski spektri vsebujejo vso informacijo o strukturi in dinamiki preiskovane molekule. Veliko gostota vibracijski stanj močno otežuje zanesljivo spektralno analizo. V primeru majhnih molekul si lahko pomagamo z računskimi pristopi. V večjih sistemih pa imamo dostop le do delnih informacij. Na primerih iz našega raziskovalnega laboratorija smo predstaviti metodologije, kako lahko tudi z delnimi informacijami določamo strukturo kompleksnih molekul. Prikazali smo primere s področja infrardeče spektroskopije, ramanske spektroskopije in vibracijskega cirkularnega dikroizma.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 6003738