Rezultat projekta strukturne genomike je na tisoče novih kristalnih struktur beljakovin od katerih večinoma ne poznamo njihove funkcije. Eden od razlogov za to pomanjkljivost je v sestavi njihovih edinstvenih aminokislinskih zaporedij. V tem članku podajamo pregled različnih algoritmov za napovedovanje neznane funkcije proteinov in njihovo uporabo v farmaciji, predvsem pri razvoju novih zdravil.
COBISS.SI-ID: 5395738
ProBiS-ligandi spletni strežnik je spletno orodje za napovedovanje ligandov na osnovi primerjave vezavnih mest na proteinih. Začetna struktura je proteinska struktura iz PDB baze proteinov ali pa vezavno mesto preiskovanega proteina. Spletno orodje najprej poišče vse proteine v bazi PDB, ki imajo podobno vezavno mesto kot začetna proteinska stuktura in vsa njihova vezavna mesta. Nato s prileganjem vseh tako poiskanih vezavnih mest strežnik poišče vse ligande, ki se nahajajo na teh mestih in, ki so potem identificirani kot potencialni ligandi na preiskovanem proteinu. Ta strežnik je razširitev spletnega strežnika ProBiS. Je prosto dostopen na naslovu http://probis.cmm.ki.si/ligands in http://probis.nih.gov/ligands.
COBISS.SI-ID: 5514010
Butyrylcholinesterasa (BChE) je ena od obetvanih ciljnih tarč pri razvoju novih zdravil za Alzheimerjevo bolzen. Nove BChE inhibitorje smo iskali s pomočjo hierarhičnega virtualnega rešetanja tako, da smo biloško evalvirali 40 najboljših zadetkov. Tri od tako poiskanih spojin so pokazale signifikantno inhibitorno aktivnost zoper BChE. Najbolj potentno spojino 1 (IC50 = 21.3 nM) smo ponovno sintetizirali in smo poiskali njene čiste enantiomere. Rešili smo tudi kristalno strukturo humanega BChE kompleksa in tako dobili podatke o načinu vezave ter namig za potencilano optimizacijo. Z nadaljno obravnavo smo ugotovili, da je spojina 1 obetaven kandidat za hit-to-lead spojino v procesu odkritja novih zdravil proti Alzheimerjevi bolezni.
COBISS.SI-ID: 3713393