RNA-vezavni proteini (RBPs) regulirajo izrezovanje po pozicijsko-odvisnih principih, kar lahko izrabimo za analizo regulatornih motivov. Tu predstavljamo RNAmotifs - metodo, ki ovrednoti sekvence okrog različno reguliranih alternativnih eksonov, da bi indentificirala gruče kratkih, degeneriranih sekvenc, ki jim pravimo multivalentni RNA motivi. Pokažemo še, da si različni RBPs delijo osnovne pozicijske principe, razlikujejo pa se v svoji sposobnosti, da ojačijo ali ošibijo inkluzijo eksonov, kar predstavlja pomemben proces pri karcinogenezi. Nenazadnje ovrednotimo eksone, ki so različno izrezani v srcu in v možganih, identificiramo poznane in nove regulatorne motive ter napovemo ekspresijske vzorce RBPs, ki se na te motive vežejo. RNAmotifs je brezplačno dostopen na https://bitbucket.org/rogrro/rna_motifs.
COBISS.SI-ID: 31140057
Akrilonitril (AN) je široko uporabljan v proizvodnji smol, plastike in polimerov, kjer so mu delavci izpostavljeni med samo proizvodnjo, transportom ter uprorabo. Po vnosu se del AN s pomočjo citokroma P450 2E1 presnovi v cianoetilen oksid (CO). Tako AN kot CEO predstavljata potencialna kemijska karcinogena, ki vodita do poškodbe DNA predvsem v obliki glavnega 7-(2-oksoetil)deoksigvanozin adukta. Za njegovo tvorbo smo razvili kinetični model ter z njegovo pomočjo iz eksperimentalnih podatkov za reakcijo s CEO določili odgovarjajočo konstanto reakcijske hirosti drugega reda. Nato smo izvedli serijo ab initio, DFT ter semiempiričnih izračunov aktivacijskih prostih energij za alkilacijo nukeobaz tako s CEO kot z AN. Kombinacija Hartree-Fockovega nivoja teorije s fleksibilnim 6-311++G(d,p) baznim setom ter Langevinovih dipolov kot implicitnega solvatacijskega modela je nudila najboljše ujemanje z eksperimentalno aktivacijsko pregrado. Predvidela je še relativne reaktivnosti vseh štirih nukleobaz, ki se ujemajo z eksperimentalno določenimi izkoristki tvorbe aduktov. Nadalje je ta kombinacija napovedala višjo reaktivnost CEO kot AN z vsemi štirimi nukleobazami, kar potrjuje eksperimentalno hipotezo, da je prav SN2 substitucija s CEO in ne direktna Michaelova adicija AN odgovorna za genotoksične lastnosti AN. V širšem kontekstu pa članek potrjuje uporabnost metod kvantne kemije za študijo karcinogeneze.
COBISS.SI-ID: 21101590
Odkrivanje potencialno škodljivih sekvenčnih variant je pomembno in ima dolgosežne implikacije za raziskave ter za postavljanje novih hipotez tako v veterini kot pri razvoju zdravil. Spletni strežnik GenProBiS mapira sekvenčne variante na proteinske strukture iz proteinske podatkovne banke (PDB) ter dalje na njihova protein-protein, protein-nukleinska kislina, protein-spojina ter protein-kovinski ion vezavna mesta. Koncept proteinskega vezavnega mesta je razumljen zelo na široko ter vključuje glikozilacijo in druge posttranslacijske modifikacije. Vezavna mesta so definirana z lokalno strukturno primerjavo celotnih proteinskih struktur z uporabo Protein Binding Sites (ProBiS) algoritma ter s transpozicijo ligandov iz podobnih vezavnih mest na proučevani protein s ProBiS-ligands pristopom z dodatnimi izboljšavami, vključenimi v GenProBiS. Površine vezavnih mest so bile generirane kot tri-dimenzionalne mreže, ki so vključevale prostor, zaseden z napovedanimi ligandi. Server omogoča intuitivno vizualno raziskavo mapiranih variant, kakršne predstavljajo človeške somatske mis-sense mutacije, povezane z rakom, ter nesinonimni polimorfizmi enega nukleotida za 21 drugih organizmov, znotraj predvidenih vezavnih mest za približno 80 000 PDB proteinskih struktur s pomočjo hitre WebGL grafike. Spletni strežnik GenProBiS je brezplačen in odprt za vse uporabnike na http://genprobis.insilab.org.
COBISS.SI-ID: 3897736
Povišano izražanje imuno proteosoma je povezano z avtoimunimi boleznimi, vnetnimi stanji ter različnimi tipi raka. Selektivni inhibitorji imunoproteosoma so zelo redki in omejeni izključno na peptidne spojine. Tu pa opišemo nepeptidne reverzibilne inhibitorje, ki selektivno inhibirajo ß5i podenoto človeškega imutoproteosoma v nizkem mikromolarnem koncentacijskem območju. Najbolj potentne reverzibilne ligande smo nato spremenili v kovalentne, ireverzibilne nepeptidne inhibitorje, ki so ostali selektivni za ß5i podenoto. Nadalje ti inhibitorji razlikujejo med imunoproteosomom ter konstitutivnim proteosomom v celičnih testih. Skupaj z odsotnostjo citotoksičnosti ti podatki kažejo na nepeptidne spojine, ki bi se lahko uporabile kot selektivne probe za (ne)rakave bolezni povezane z imunoproteosomom.
COBISS.SI-ID: 4050545
Miši brez jedrnega hormonskega receptorja OR[gamma]t izkazujejo defekten razvoj timocitov, limfatičnih organov, Th17 celic ter limfoidnih celic tipa 3. ROR[gamma]t se veže na oksisterole, ki izvirajo iz katabolizma holesterola, a ni jasno, če ti predstavljajo njegove naravne ligande. Mi pokažemo, da so sterolni lipidi neobhodni in zadostni, da vodijo ROR[gamma]t-odvisno transkripcijo, ki je pomembna pri razvoju limfomov. Združili smo previsoko ekspresijo RNAi ter genetsko delecijo matabolnih encimov, da bi proučevali ROR[gamma]t-odvisno transkripcijo. Naši rezultati kažejo, da ligandi ROR[gamma]t predstavljajo holesterolne biosintezne intermediate (CBI) navzdol od lanosterola in navzgor od zimosterola. Analiza lipidov vezanih na ROR[gamma] je resnično identificirala spojine z molskimi masami, ki odgovajajo CBI. Nadalje, so CBI stabilizirali ROR[gamma] ligand-vezavno domeno ter inducirali rekrutacijo koaktivatorjev. Genetska delecija metabolnih encimov nad ROR[gamma]t-ligandi pa je vplivala na razvoj bezgavk in Th17 celic. Naši podatki tako razkrivajo, da CBI igrajo pomembno vlogo pri razvoju limfocitov - verjetno prav preko regulacije ROR[gamma].
COBISS.SI-ID: 3506824