Matjaž Kuntner je bil dobitnik nagrade Miroslava Zeia za izjemne znanstveno-raziskovalne dosežke v zadnjih petih letih na področju dejavnosti Nacionalnega Inštituta za Biologijo.
E.01 Domače nagrade
Matjaž Kuntner je bil urednik pri revijah PLoS ONE, Frontiers in Ecology and Evolution, ZooKeys, ter Hacquetia.
C.04 Uredništvo mednarodne revije