Član programske skupine B. Stres je soavtor pri tem delu, ki je bilo do 4.3.2018 citirano kar 6189-krat (WoS). Delo opisuje uvajanje programskega orodja mothur, namenjenega analizam nukleotidnih zaporedij. Temelji na prejšnjih orodjih za zagotavljanje prilagodljivega in močnega programskega paketa za analizo podatkov o zaporedju. Kot primer so avtorji uporabili Mothur za obdelavo zaporedij, računanje razdalj, pripisovanje zaporedij operativnim taksonomskim enotam ter opisovanje ? in ß diverzitete osmih morskih vzorcev, ki so bili predhodno analizirani s pirosekvenciranjem 16S rRNA genskih odsekov.
COBISS.SI-ID: 2517640
Preučevali smo anaerobno razgradnjo pivovarskih tropin v bioplin. Te so večinoma sestavljene iz celuloze, hemiceluloze in lignina, ki so težko anaerobno razgradljivi. Zato je bil za proces uporabljen inovativen dvostopenjski sistem. Proizvodnja bioplina je bila fazno ločena v stopnjo z razgradnjo trdnega substrata, kjer potekata mikrobna hidroliza in acidogeneza ter v stopnjo z granulirano mikrobno biomaso, kjer večinoma poteka metanogeneza. Razgradljivost suhe snovi je bila med 75,9 in 83,0%. Povprečna proizvodnja biometana 224 ± 34 L / kg suhe snovi. Granulirana biomasa je po adaptaciji pokazala stabilno delovanje pri C/N substrata v območju 0,16 - 4,68 in koncentraciji p-krezola 45 mg/l. Odlična prilagodljivost granulirane biomase je bila potrjena s 68,2% spremembo v bakterijski združbi in 31,8% spremembo v arhejski združbi granulirane biomase. Postopek je stabilno deloval 198 dni, kar kaže, da pivovarske tropine kot monosubstrat lahko uspešno uporabimo za proizvodnjo bioplina.
COBISS.SI-ID: 4876283
Lesna substrati so zelo razširjeni, vendar njihova uporaba uporablja v proizvodnji bioplina ni enostavna zaradi počasne anaerobne razgradnje. S standardnim testom metanskega potenciala smo ugotavljali učinek bioaugmentacije z anaerobnimi hidrolitskimi bakterijami na proizvodnjo bioplina. Vir aktivnih mikroorganizmov je bila mikrobna biomasa iz anaerobnega bioreaktorja za obdelavo odpadnih vod v pivovarni, pivovarske tropine pa smo uporabili kot modelni lignoceluluzni substrat. Čiste in mešane kulture z Ruminococcus flavefaciens 007C, Pseudobutyrivibrio xylanivorans Mz5T, Fibrobacter succinogenes S85 in Clostridium cellulovorans smo uporabili za pospešitev razgradnje lignoceluloze in povečanje proizvodnje bioplina. Najuspešneje je povečal proizvodnjo metana P. xylanivorans Mz5T (+17.8%), sledile so mešane kulture P. xylanivorans Mz5T in F. succinogenes S85 (+6.9%) ter C. cellulovorans in F. succinogenes S85 (+4.9%). Spremembe v strukturi mikrobnih skupnosti smo ugotavljali s tehnikami »fingerprinting«.
COBISS.SI-ID: 3534728
Cilj te raziskave je bil razviti in validirati spletne infrastrukture in vire za podatke o izplenu metana in spremljajoče metapodatke, zbranih iz objavljene literature. Skupno smo zajeli 1.164 vnosov, opisanih s 15.749 podatkovnimi točkami. Analiza zbirke podatkov je pokazala malo ujemanja pri poročanju o metodološkem pristopu. Največji prepoznavni vir variacije v donosu metana je predstavljalo avtorstvo (tj. serije substratov v določenem razredu substratov), pri čemer so tudi obseg fermentacije ( (0,02-5 l), inkubacijska temperatura (34-40 ° C) in VS (%) substratov igrali pomembno vlogo (p (0,05, npermutations = 999). Največji del variabilnosti pa je ostal nepojasnjen () 63%). Taki izsledki zahtevajo ponovno preučitev sprejetih pristopov prikazovanja podatkov v trenutno objavljeni literaturi, tako da da bodo bolj koristni za industrijo pri sprejemanju odločitev.
COBISS.SI-ID: 7022945
Avtorji te raziskave so ugotavljali genotoksičnost delcev TiO2 pri mikroorganizmu Tetrahymena thermophila s kometnim testom, ki je zelo pogosta in sodobna metoda za dokazovanje poškodb jedrne DNA. Celice so dvema različnima koncentracijama nanodelcev TiO2 in delcev TiO2 večjih od 100 nm izpostavili na tri različne načine: a) celice v suspenziji, b) celice vklopljene v gel c) jedra vklopljena v gel. Pri vseh treh izpostavitvah so s kometnim testom dokazali genototoksičnost, niso pa dokazali drugih kazalcev citotoksičnosti, kot so: lipidna peroksidacija, koncentracija reaktivnih kisikovih zvrsti, spremembe v profilih dolgoverižnih maščobnih kislin. Znanstvena poročila navajajo, da je v primeru odsotnosti citotoksičnosti, genotoksičnost posredna. Možna razlaga za pozitivne rezultate genotoksičnosti je lažno pozitivni rezultat kometnega testa zaradi interakcij med delci TiO2 in DNA po opravljeni izpostavitvi T. thermophila. S tem delom so prvič dokazali, da je rezultate kometnega testa pri nanodelcih potrebno previdno interpretirati.
COBISS.SI-ID: 2573903
Nukleotidno zaporedje Shine-Dalgarno je bistven element iniciacije translacije pri bakterijah. Bioinformacijska analiza več kot štiridesetih genomov velikega bakterijskega debla Bacteroidetes pa je razkrila, da te sekvence v njih ne najdemo in da so 5' neporevedene regije mRNA zelo revne z GC in zato tam ne nastajajo močne sekundarne strukture mRNK. Poskusi s Prevotella bryantii TC1-1, ki sodi med Bacteroidetes so potrdili, da med iniciacijo translacije po vsej verjetnosti ne pride do nastanka SD interakcije med mRNK in malo ribosomsko podenoto, kar verjetno drži tudi za druge predstavnike Bacteroidetes. Predlagamo, da torej v iniciaciji ključno vlogo igra ribosomski protein S1, ki se veliko bolje veže pred start kodonom, kot znotraj gena zaradi močnejših sekundatnih struktur v njem.
COBISS.SI-ID: 2912136
Namen te raziskave je bil ugotoviti razlike v sestavi mikrobiote blata posameznikov, ki so se dolgoročno prehranjevali z mešano ali vegansko / laktovegetarijansko prehrano. Poleg tega smo raziskali morebitne povezave med demografskimi značilnostmi, prehranjevalnimi navadami in fekalno mikrobioto. Študija je bila izvedena na slovenski populaciji, ki je zajemala 31 vegetarijancev (11 lakto-vegetarijancev in 20 veganov) in 29 vsejedov. Rezultati analiz fekalnega microbioma so pokazale, da je vegetarijanska prehrana povezana z večjim deležem Bacteroides-Prevotella, Bacteroides thetaiotaomicron, Clostridium clostridioforme in Faecalibacterium prausnitzii, ter z manjšim deležem grozda Clostridium XIVa. PCR v realnem času je tudi pokazala višjo koncentracijo in delež Enterobacteriaceae (št. kopij 16S rDNA / g in %) v blatu žensk (p (0,05 in p (0,01) in zmanjšanje Bifidobacterium s starostjo (p (0,01). DGGE analiza regije V3 16S rRNA je pokazala, da je relativna količina DGGE pasov od nekaterih bakterijskih skupin pri vegetarijancih nižja (Bifidobacterium, Streptococus, Collinsella in Lachnospiraceae) ali višja (Subdoligranulum), kar kaže na povezavo med prehranskim tipom in sestavo bakterijske združbe blata. Sekvenciranje izbranih pasov DGGE je pokazalo prisotnost običajnih predstavnikov fekalne mikrobiote: Bacteroides, Eubacterium, Faecalibacterium, Ruminococcaceae, Bifidobacterium in Lachnospiraceae. Do 4% variance v mikrobne združbe, analizirane z DGGE, je bilo mogoče razložiti z vegetarijanskim tipom prehrane. Dolgoročna vegetarijanska prehrana je vplivala na sestavo fekalne mikrobiote. Uživanje živil živalskega izvora (jajca, rdeče meso, belo meso, mleko, jogurt, drugi mlečni izdelki, ribe in morski sadeži) in vegetarijanski tip prehrane sta pojasnila največji delež variance v sestavi mikrobne združbe blata. Sestava fekalne mikrobiote je bila povezana tudi s starostjo, spolom in telesno maso udeležencev.
COBISS.SI-ID: 3303048
Ustrezna zgodnja poselitev prebavil z mikrobi je pomembna za zgodnje programiranje metabolizma in zdrav razvoj novorojenčka. Variabilnost v zastopanosti predstavnikov mikrobiote je v zgodnjih vzorcih blata 60 slovenskih dojenih novorojenčkov izstopala s predstavniki razreda Bacilli. Sčasoma se je zmanjšala in prevladale so bifidobakterije. Delež enterokokov je bil v prvem mesecu povezan z lokacijami porodnišnic in dodajanjem otroških formul tekom dojenja, le pri vrsti Enterococcus faecalis je bil povezan z načinom poroda. Fenotip dojenčkov ob prvem mesecu je bil povezan z deležem mikrobne skupine Bacteroides-Prevotella. Kombinirano dojenje s formulami in zdravstvene težave novorojenčkov v prvem mesecu so se odrazile tudi v precejšnjih časovno zakasnjenih motnjah deležev izbranih skupin črevesnih mikrobov. Rezultati naše raziskave opozarjajo, da ima zgodnje dodajanje formul omejeno zmožnost posnemanja in podpiranja črevesne mikrobiote podobne izključno dojenim novorojenčkom.
COBISS.SI-ID: 3954568
V študiji smo preoučevali mehanizme delovanja nanodelcev CuO na ubikvitarni vodni mikroorganizme Tetrahymena thermophila. Ob izpostavitvi testnega mikroorganizma nCuO smo analizirali spremembe v maščobnokislinskem profilu, peroksidacijo lipidov in generiranje reaktivnih kisikovih zvrsti (ROS). Kot kontroli velikosti in topnosti smo uporabili mikrometrske delce CuO in kot vir bakrovih ionov CuSO4, kot kontrolo z znanim vplivom na membrane pa 3,5 DCP. Izpostavitev vsem bakrovim spojinam je inducirala proizvodnjo ROS, vendar so bili učinki pri nCuO največji. Po 24h izpostavitvi praživali 80 mg/L nCuO smo ugotovili statistično značilno znižanje deleža dveh pomembnejših nenasičenih maščobnih kislin v membranah testne praživali (C18:3 cis-6,9,12, C18:2 cis-9,12) in sočasno povečanje deleža dveh nasičenih maščobnih kislin (C18:0, C16:0). Analognih učinkov nismo zaznali pri izpostavitvi nobeni od kontrol. Glede na to, da analognih učinkov nismo ugotovili ob krajši izpostavitvi (2h), poleg tega pa sočasno nismo zaznali lipidne peroksidacije sklepamo, da je eden od mehanizmov prilagajanja T. termophila zmanjšanje membranske fluidnosti preko inhibicije de novo sinteze maščobnokislinskih desaturaz.
COBISS.SI-ID: 2902920
Preiskovali smo sestavo črevesne mikrobiote pri zdravih moških preiskovancih v navzkrižno zasnovanem poskusu s 5 dnevnim prilagajanjem na kontrolirano okolje in tremi 21-dnevnimi izvedbami: (i) horizontalnega mirovanja v normoksičnih pogojih (NBR), (ii) horizontalnega mirovanja v hipoksičnih pogojih (HBR) in (iii) gibanja v hipoksičnih pogojih (HAmb), v strogo nadzorovanem laboratorijskem okolju. Preiskovali smo črevesno mikrobioto s sekvenciranjem celokupne mikrobne DNA, celokupne črevesne metabolite in elemente v sledovih. Telesna neaktivnost je povzročila zaprtje črevesja in v kombinaciji s hipoksijo še poslabšala vnetje v črevesju. Po drugi strani je mikrobiota oz. njen odziv zaostajal za spremembami v človeški fiziologiji in v črevesnem okolju, saj so se bistvene spremembe v bakterijski mikrobioti zgodile v zadnjem tednu poskusa v fiziološko najbolj prizadeti skupini (HBR), kjer je prišlo do obogatitve bakterij rodu Bacteroides in genov vključenih v privzem železa, ter genov za celično steno, kapsulo, virulentnost in razgradnjo mukoznega sloja gostiteljevega črevesja. Z uporabo Bayesove analize omrežja smo izpeljali prvi biološki hierarhični model odzivov človeške fiziologije na fizično neaktivnost. Ponovna telesna fizična aktivnost, je privedla do takojšnjega izboljšanja negativnih fizioloških simptomov.
COBISS.SI-ID: 31228455