V tem vabljenem prispevku avtorica opisuje raziskave in razvoj na področju terapije okužb C. difficile, pri kateri je tarča ponovno vzpostavljanje ravotežja v črevesni mikrobioti.
COBISS.SI-ID: 512496184
Članek podaja pregled študij mikrobiote pri bolnikih z okužbo z bakterijo C. difficile, in opisuje spremembe,ki vključujejo manjšo diverziteto, povečan delež fakultativnih anaerobov in zmanjšan delež določenih skupin bakterij, npr. bifidobakterij in butirat producirajočih bakterij. Cilj tovrstnih študij je ugotoviti mikrobne biomarkerje za okužbo s C. difficile ali pa določiti kombinacijo bakterij z zaščitno funkcijo.
COBISS.SI-ID: 512431160
Pregledni članek v najvišje rangitrani reviji na področju mikrobiologije podaja pregled cliničnih značilnosti okužbe s C. difficile, opisuje nova dogajanja na področju epidemiologije in nova spoznanja na področju dejavnikov virulence in patogeneze. C. difficile je tipično povezan s porušeno mikrobioto in interakcije med obema so pomemben del raziskav v programu.
COBISS.SI-ID: 652319
V študiji smo z metodo visokotlačne kromatografije (DHPLC) analizirali mikrobioto v 208 vzorcih zdravih prostovoljcev in vzorcev poslanih na mikrobiološko testiranje za C. difficile. Ti so bili nadalje razdeljeni glede na konsistenco, prisotnost/odsotnost C. difficile in ribotip 027 ali drug ribotip. Bifidobacterium longum je bila vrsta, ki se je najbolje ujemala z odsotnostjo C. difficile. To je ena prvih objav, kjer so bili za analizo uporabljeni prostopi strojnega učenja in prva objava vzorcev v sestavi mikrobiote, ki so povezani s kolonizacijo s C. difficile. Ti vzorci so se tudi razlikovali pri ribotipu 027 in drugih ribotipih. Ta raziskava je tako prvič opisala pomen različnih kombinacij črevesnih mikroorganizmov pri kolonizacijski rezistenci ter razlike v mikrobioti povezani z različnimi C. difficile ribotipi.
COBISS.SI-ID: 16731158
Bakterijsko, arhejsko in glivno mikrobioto smo analizirali z metodo DHPLC v 143 vzorcih fecesa perutnine iz ene farme. Acidaminococcus intestine, ki smo ga tukaj opisali prvič v mikrobioti perutnine, je bil značilno povezan s C. difficile negativnimi vzorci, prisotnost nekaterih drugih skupin pa je bila blizu statistično značilnih vrednosti (Enterococcus cecorum, Lactobacillus galinarum, Moniliella sp. and Trichosporon asahii). Razlike v diverziteti so bile odvisne od starosti, ne pa od prisotnosti C. difficile. S pristopi strojnega učenja smo definirali kombinacije mikroorganizmov, ki so bile povezane s C. difficile kolonizacijo. Ti vzorci pri perutnini so bili drugačni kot določeni v naši prejšnji študiji pri ljudeh, vključevali pa so tako bakterije kot glive.
COBISS.SI-ID: 16908054
Poglavje opisuje koncept kontinurnega gojenja bakterij in namnoževanja bakteriofagov. Metodologijo smo razvili in je bomo uporabna za gojenje čistih bakterijskih kultur, mikribnih združb in namnoževanje bakteriofagov.
COBISS.SI-ID: 4505720
Prispevek opisuje sekvenciranje in analizo genomov dveh bakteriofagov in izkazuje ekspertizo članov programske skupine na področju analize fagnih sekvenc.
COBISS.SI-ID: 3866760
Razvidna je ekspertiza na področju sekvenciranja in analize kompleksnih mikrobnih združb, ki se uporablja tudi v delu na programu.
COBISS.SI-ID: 21936392
Poglavje v knjigi opisuje izboljšano metodo ribotipizacije, ki smo jo razvili in omogoča tipizacijo v nekaj urah in ne nekaj dneh kot klasična od culture odvisna ribotipizacija. Karakterizacija z ribotipizacijo je pomemben del v posameznih sklopih v projektu. Direktna PCR ribotipizacija omogoča tudi sledenje sevov C. difficile v poskusih interakcije z mikrobioto, ki so del raziskav tega programa.
COBISS.SI-ID: 512626744
V tem preglednem članku opisujemo pregled novosti in sprememb na področju toksinotipizacije bakterije C. difficile, metode za razlikovanje sevov znotraj vrste, ki smo jo razvili v našem laboratoriju.
COBISS.SI-ID: 512578872