Predstavljamo metodo, ki modificira 2mFobs DFmodel A-uteženo mapo tako, da nastala mapa vsebuje ojačan šibek signal, kadar je le ta prisoten, in lahko zmanjša model bias in šum. Ta metoda najprej randomizira začetno map in vključi manjkajoče difrakcijske podatke ob uporabi vrste metod. Temu koraku sledi razmejitev mape na regije s prepričljivo gostoto in tiste ki so namenjene ostrenju. Končna mapa je potem narejena s kombinacijo izenačujočega histograma vmesnih map. V prikazanih testnih primerih so tovrstne mape izkazale povečano interpretabilnost in zmanjšan model bias v primerjavi s standardnimi 2mFobs DFmodel A-uteženimi mapami.
COBISS.SI-ID: 28442919
Katepsin K je poglavitna tarča pri razvoju novih zdravil za zdravljenje osteoporoze in z njo povezanih bolezni kosti. Z uporabo različnih pristopov (virtualne kombinatorne kemije, modeliranja QSAR in prileganja molekul (angl. molecular docking studies) smo razvili različne inhibitorje z N-(funkcionaliziranim benzoil)-homoleucil-glicinonitrilnim ogrodjem. Da bi se izognili stranskim učinkom (lizosomotropne lastnosti) osnovne molekule (ogrodja), smo na P3 pozicijo dodali šibko oz. ne bazično skupino. Molekule 5, 6 in 9 delujejo selektivno na katepsin K v primerjavi s katepsinoma L in S s Ki vrednostmi v 10-30 nM območju. Kinetične študije so pokazale reverzibilno tesno vezavo na katepsin K, medtem ko je kristalna struktura kompleksov pokazala kovaletne in nekovalentne povezave med nitrilno skupino inhibitorja in katalitskim C25 preostankom katepsina K.
COBISS.SI-ID: 5755162
Pernizin je ekstracelularna serinska proteaza iz hiper termofilne bakterije Archaeon Aeropyrum pernix K1. Potencialna uporaba pernizina v industrijske namene je bila omejena z nizkim izražanjem v izvirnem in v heterolognih gostiteljih. Optimizacija kodonov je ključna za izražanje pernizina v E. coli. Predlagan katalitski S355 aminokislinski preostanek je ključen za njegovo aktivnost, ne pa za njegovo aktivacijo. Pernizin se samoaktivira z odcepitvijo proregije na N-terminalu. Pokazali smo, da ima rekombinanten pernizin, ki je termostabilna s kalcijem uravnavana serinska proteaza, enake lastnosti kot protein iz naravnega vira.
COBISS.SI-ID: 4530040
Kaspaze so družina od cisteina odvisnih proteaz, za katere je znano, da so vključene v proces programirane celične smrti pri večceličarjih. Nedavno so odkrili prisotnost kaspazi podobnih proteinov pri cianobakterijah, vendar so njihov obstoj zaznali le in silico. V članku predstavljamo prvi eksperimentalni opis prokariontskega homologa kaspaz. V bakteriji Escherichia coli smo izrazili gen za predvideni kaspazi podobni protein MaOC1 iz cianobakterije, ki povzroča cvetenje voda, Microcystis aeruginosa PCC 7806. Kinetična karakterizacija je pokazala, da je MaOC1 endopeptidaza, ki preferenčno cepi substrate z argininom na mestu P1, njegov pH optimum pa je 7,5. MaOC1 je bil katalitično zelo zmogljiv encim, saj je na substrat Z-RR-AMC deloval s kcat/KM reda velikosti 10E6 M-1s-1. V nasprotju s kaspazi podobnimi proteini rastlin in večceličnih živali, katerih aktivnost je odvisna od kalcija ali pa se morajo ob aktivaciji dimerizirati, se MaOC1 aktivira z avtokatalitskim procesiranjem za ostankom Arg219, s čimer se ločita katalitična domena in preostala podenota z velikostjo 55 kDa. Mutant Arg219Ala je bil odporen na avtoprocesiranje in ni bil proteolitično aktiven, kar potrjuje, da je procesiranje MaOC1 predpogoj za njegovo aktivnost. Zaradi strukturnih in funkcijskih razlik v primerjavi z drugimi znanimi proteini, podobnimi kaspazi, predlagamo, da te evolucijsko primitivne proteine imenujemo ortokaspaze.
COBISS.SI-ID: 1536383427