Piljenje molekularnega modela je računalniški postopek s katerim se atomarne modele fita na difrakcijske podatke. Splošno uporabljena tarča pri piljenju makromolekularnih struktur je funkcija maksimalne verjetnosti (MV), ki temelji na oceni napak modela. Trenutna MV funkcija temelji na navzkrižni validaciji. Uporabljajo se ocene faznih napak, ki se izračunajo iz majhnega dela difrakcijskih podatkov imenovanega testni set, ki se ga ne uporabi pri fitanju modela. Mi smo razvili postopek, ki uporablja za oceno faznih napak delovni set s simulacijo naključno razmeščenega modela. Imenovali smo ga MV prosto brcnjeno piljenje, ker uporablja MV formulacije tarčne funkcije in je osnovan na ideji osvobajanja modela od njegovega biasa, ki je posledica uporabe kemijskih parametrov med energijsko minimizacijo. Ta pristop za oceno napak modela je boljši od metode navzkrižne validacije: zmanjšuje fazno napako in povečuje točnost modela, je bolj robusten, nudi bolj jasne mape elektronske gostote in lahko uporablja manjše dele za testni del set za izračun Rfree-ja. Lahko pa izpusti testni del v celoti.
COBISS.SI-ID: 1537009860
Danes je določevanje struktur iz podvojenih kristalov že rutina, vendar se z naraščanjem števila struktur razkrivajo nove oblike nereda kristalne mreže. Tukaj opisujemo dosedaj še neopažen delni rotacijski red-nered v kristalih stefina B. Difrakcijske slike so pokazale običajno sliko urejene kristalne mreže. Podatke je bilo mogoče procesirati v prostorskih skupinah I4 in I422, vendar je bil pri enem kristalu opažen bistveno večji delež zavračanja podatkov med procesiranjem skupine z višjo simetrijo. Ko smo strukture rešili, delno izpilili in pregledali elektronsko gostoto, smo ta pojav lahko pojasnili. Kristalna mreža stefina B je sestavljena iz petih plasti tetramer: štirim urejenim plastem sledi ena plast z alternativno pozicioniranimi tetramerami. Prisotnost alternativnih pozicij je bila razkrita z uporabo »score« maps elektronske gostote. Urejene plasti ustrezajo simetriji skupine I422. Alternativna plast je urejena z dvoštevno rotacijsko simetrijo, ki sicer ustreza I422 simetriji, vendar ustreza ta plast dvoštevni osi samo statistično. V primeru, ko je zasedenost alternativnih prekrivajočih se pozicij enaka, takrat kristali zares ustrezajo I422 simetriji. Kadar pa zasedenost ni enaka, takrat kristali izpolnjujejo zgolj kriterij I4 simetrije.
COBISS.SI-ID: 27622183
Pred kratkim identificirana inhibitorja proteaz knipsin iz Clitocybe nebularis in kospin iz Coprinopsis cinerea sta oba beta-triperesna proteina z visoko specifičnostjo za tripsin. Reaktivni preostanek kospina, Arg27, je umeščem na beta2-3 zanko, medtem ko je reaktivni preostanek knipsina, Lys127 umeščen na beta11-12 zanko. Knipsin je substrat posnemajoči inhibitor, beta 11-12 zanka na beta-triperesnem zvitju pa je še ena zanka rekrutirana za inhibicijo serinskih porteaz. S točkovnimi mutacijami reaktivnih preostankov na obeh reaktivnih zankah obeh inhibitorjev smo spremenili specifičnost iz tripsinske v kimotripsinsko. Na tej osnovi smo uspeli pripraviti dvoglave inhibitorje, ki so inhibirali par tripsinskih molekul ali pa tripsin in kimotripsin in s tem pokazali, da triperesni proteazni inhibitorji iz gob lahko dajejo možnosti za izkoriščanje zank pri inhibiciji proteaz.
COBISS.SI-ID: 27828775
Sesalski katepsin C je primarno odgovoren za odstranjevanje N-terminalnih dipeptidov in aktivacijo serinskih proteaz pri vnetnih in imunskh celicah, medtem ko ortolog dipetidil peptidaze I iz parazita malarije igra ključno vlogo pri razgradnji hemoglobina iz gostitelja. V tem poročilu opisujemo sistematično analizo susbtratne specifičnosti treh katepsinov C (iz človeka, goveda, in Plasmodija falciparum – povzročitelja malarije). Tukaj smo predstavili nov pristop s prirejenimi fluorogenimi substrati z naravnim in širokim naborom nenaravnih aminokislinskih preostankov s katerimi smo preizkusili S1 in S2 vezavni mesti teh encimov. Med njimi smo identificirali bistveno bolj učinkovite substrate od dosedaj poznanih, ki vsebujejo nenaravne aminokislinske preostanke. Pomembne razlike v specifičnosti med človeškimi in malarijskim so lahko pomembne iz terapevtskih namenov, saj se lahko te podatke uporabi pri načrtovanju specifičnih inhibitorjev encima iz malarije.
COBISS.SI-ID: 27410471