Predmet izuma je postopek določitve in ovrednotenje kristalne strukture avtolizina E iz bakterije Staphylococcus aureus (S. aureus) in kristalizabilnega fragmenta avtolizina E. Prav tako je predmet te patentne prijave postopek kristalizacije omenjenega proteina, kar vključuje metodo kristalizacije in pogoje pri katerih pride do kristalizacije proteina ter uporabo le-teh pri postopku iskanja inhibitorjev N-acetilglukozaminidazne aktivnosti avtolizina E za namen strukturnega vpogleda v kompleks na atomskem nivoju in identifikacijo spojin, ki se vežejo v aktivno mesto proteina, npr. z in silico metodo.
F.05 Sposobnost za začetek novega tehnološkega razvoja
Strukturna validacija je bila ob odsotnosti uporabe rigoroznih geometrijskih veznih parametrov v začetku 90-ih vpeljana v recipročnem prostoru z uporabo R-free-ja. Danes pa je možno kontrolirati prekomerno fitanje model tudi v realnem prostoru z ustrezno uporabo geometrijskih parametrov in validacijskih orodij. V refinementu se je zato uveljavila praksa, da se odklon od idealnih geometrijskih parametrov definira kot cilj skaliranja kristalografskega energijskega izraza. Rezulta tega je, da prekomerno fitanje modelov, ki vodi do velikih odklonov od idealnih geometrijskih parametrov, ni več možno. Z roko v roki z napredkom orodij, ki so dostavljala izboljšane modele se je postopno zmanjševala tudi količina podatkov v TEST setu od začetnih 10% in več do 5% in manj. Delež testnega seta je danes praktično omejen z zahtevo po statistični zanesljivosti parametrov funkcije maksimalne verjetnosti in navzkrižne validacije. Uporaba TEST/nega seta ima svoje pomanjkljivosti: ne dovoljuje uporabe vseh merjenih podatkov v refinementu in računih map, prisotnost NCS onemogoča razdvojiti neodvisnost testnega seta refleksov od preostanka podatkov, in zamenjava testnega lahko vodi do opazno različnih razlik med Rwork in Rfree. Da bi presegli omejitve R-free koncepta smo razvili pristop, ki uporablja za delovni set za izračin pfaznih napak v ML refinementu z simulacijo modelnih napak z naključnim odmikom koordinat atomov. Poimenovali smo ML Free Kick refinement, ker uporablja ML formulacijo tarčne funkcije in je zasnovano na ideji, da se model osvobodi modelnega »biasa«, ki ga vnašajo kemijski geometrijski parametri v refinement. Ta pristop k izračunu ocen napak je superioren pristopu navzkrižne validacije: zmanjčije fazno napako, je bolj robusten, nudi bolj pregledne mape in lahko uporablja manjše dele podatkov za test set pri računih R/free-ja oziroma dopušča, da se testnega seta ne uporablja več. Praznikar, J. & Turk, D. (2014) Free kick instead of cross-validation in maximum-likelihood refinement of macromolecular crystal structures. Acta Cryst. D70, 3124-3134.
B.04 Vabljeno predavanje