Strukturna validacija je bila ob odsotnosti uporabe rigoroznih geometrijskih veznih parametrov v začetku 90-ih vpeljana v recipročnem prostoru z uporabo R-free-ja. Danes pa je možno kontrolirati prekomerno fitanje model tudi v realnem prostoru z ustrezno uporabo geometrijskih parametrov in validacijskih orodij. V refinementu se je zato uveljavila praksa, da se odklon od idealnih geometrijskih parametrov definira kot cilj skaliranja kristalografskega energijskega izraza. Rezulta tega je, da prekomerno fitanje modelov, ki vodi do velikih odklonov od idealnih geometrijskih parametrov, ni več možno. Z roko v roki z napredkom orodij, ki so dostavljala izboljšane modele se je postopno zmanjševala tudi količina podatkov v TEST setu od začetnih 10% in več do 5% in manj. Delež testnega seta je danes praktično omejen z zahtevo po statistični zanesljivosti parametrov funkcije maksimalne verjetnosti in navzkrižne validacije. Uporaba TEST/nega seta ima svoje pomanjkljivosti: ne dovoljuje uporabe vseh merjenih podatkov v refinementu in računih map, prisotnost NCS onemogoča razdvojiti neodvisnost testnega seta refleksov od preostanka podatkov, in zamenjava testnega lahko vodi do opazno različnih razlik med Rwork in Rfree. Da bi presegli omejitve R-free koncepta smo razvili pristop, ki uporablja za delovni set za izračin pfaznih napak v ML refinementu z simulacijo modelnih napak z naključnim odmikom koordinat atomov. Poimenovali smo ML Free Kick refinement, ker uporablja ML formulacijo tarčne funkcije in je zasnovano na ideji, da se model osvobodi modelnega »biasa«, ki ga vnašajo kemijski geometrijski parametri v refinement. Ta pristop k izračunu ocen napak je superioren pristopu navzkrižne validacije: zmanjčije fazno napako, je bolj robusten, nudi bolj pregledne mape in lahko uporablja manjše dele podatkov za test set pri računih R/free-ja oziroma dopušča, da se testnega seta ne uporablja več. Praznikar, J. & Turk, D. (2014) Free kick instead of cross-validation in maximum-likelihood refinement of macromolecular crystal structures. Acta Cryst. D70, 3124-3134.
B.04 Vabljeno predavanje
Vabljeno predavanje v slovenskem parlamentu: CIPKeBiP načrtuje in izvaja svoje raziskave v postgenomskem obdobju, ki predstavlja novo obdobje ved o življenju. Naraščajoče število dostopnih genomov iz vrst različnih organizmov na novo oblikuje koncepte raziskav. Dostopnost celotnih seznamov genov je predočila, da razumevanje bioloških procesov na molekularnem nivoju ne more biti izpeljano zgolj iz poznavanja aminokislinskih zaporedij zapisanih v genih. Sodobne raziskave so zato usmerjene v naraščajoče nivoje kompleksnosti bioloških procesov pri katerih pa igrajo proteini ključne vloge. V okviru Centra akademski in industrijski partnerji sodelujejo pri raziskavah na naslednjih področjih: mehanizmi imunskega odziva, mehanizmi znotraj in med celične komunikacije in molekularne osnove za adaptacijo eukariontskih organizmov na ektremna (halofilna) okolja.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 24648487Pobudnik prireditve, vodja pripravljalnega odbora in urednik zbornika povzetkov. Gre za prvo poljudnoznanstveno prireditev s področja molekularnih ved o življenju, ki je bila namenjena predvsem srednješolcem in študentom ter laični javnosti. O dogodku smo poročali tudi v občasniku Evropske zveze biokemijskih društev (FEBS) in na 3. programu Radia Slovenija. Srečanje smo nato ponovno organizirali leta 2014 in 2016, vsakič sem bil član organizacijskega odbora in sourednik zbornika.
B.01 Organizator znanstvenega srečanja
COBISS.SI-ID: 263420928