V tem članku je podan opis enostavne in hitre metode za proteomsko profiliranje specifičnosti proteaz (fast profiling of protease specificity – FPPS), ki se lahko uporabi tudi na kompleksnih vzorcih. Identifikacija cepitvenih mest z označevanjem N-terminalnih peptidov temelji na tem, da se po tretmaju vzorca s testirano proteazo novonastale N-terminalne peptide označi z trideuteroacetilno skupino, kar omogoči njihovo ločitev od tripsinskih peptidov, ki nastanejo v kasnejši fazi priprave vzorca. Na ta način je z masno spektrometrijo mogoče natančno identificirati cepitveno mesto proteaze in tudi specifične preferenčne aminokisline, ki se v bližini cepitvenega mesta nahajajo. Metodo smo uspešno preverili na cisteinskih katepsinih K, L in S. dobljeni rezultati se tudi zelo dobro ujemajo z uveljavljeno metodo COFRADIC, kar potrjuje primernost metode.
COBISS.SI-ID: 28342823
V tem članku smo z uporabo proteomskih metod pokazali, da katepsina L in S delujeta kot t.i. šedaze in odcepljata zunajcelične domene adhezijskih proteinov iz družine CAM in transmembranskih receptorjev s površine rakavih celic. Pri miškah z izbitim genom za katepsin S z rakom pankreasa je bilo procesiranje nekaj od teh substratov bistveno zmanjšano, kar kaže na ključno vlogo katepsinov pri zunajceličnih cepitvah membransko vezanih proteinov. Poleg vpliva na migracijo in invazivnost tumorskih celic smo pokazali, da zunajcelični katepsini vplivajo tudi na znotrajcelično signalizacijo, kot smo pokazali za regulacijo Ras GTPase aktivnosti, s čimer smo pokazali na molekularni mehanizem povezav med aktivnostjo zunajceličnih katepsinov in napredovanjem raka.
COBISS.SI-ID: 28696103