Na podlagi analize podatkov sekvenciranja smo pokazali, da se geni, ki so aktivni v možganih, izražajo v daljših izoformah kot v drugih tkivih. Pokazali smo tudi, da odstranjevanje intronov poteka v dveh korakih, s tako imenovanim, rekurzivnim izrezovanjem, kar je bilo poznano le v vinski mušici. S pomočjo analize zaporedij smo odkrili, da je za uspešno delovanje rekurzivnega izrezovanja potrebna prisotnost signala za rekurzivno izrezovalnego mesto (RS). Ugotovili smo tudi, da je s signalom RS prisoten tudi kriptični ekson, ki je navadno odstranjen iz transkripta. V primeru prisotnosti dveh tovrstnih kriptičnih eksonov, pa se učinkovitost rekurzivnega izrezovanja zmanjša, kar vodi do razgradnje transkripta. Domnevamo, da so kriptični eksoni pomembni za kontrolo kvalitete in evolucijo novih izoform. Poročamo tudi o povezavi odkritih genov in avtizmom in ostalimi nevrološkimi motnjami.
COBISS.SI-ID: 1536358339
Metoda iCLIP uporablja svetlobo UV za tvorjenje kovalentnih vezi med RNA-vezavnimi proteini in RNA. Pred sekvenciranjem, fragmente najprej prepišemo z reverzno transkriptazo, ki se navadno zaključi na mestu kovalentne vezi s proteinom. Prav to omogoča detekcijo mesta kovalentnega povezovanja do nukleotida natančno. Za detektirana mesta tako pričakujemo, da se nahajo v relativno majhnem območju nekaj nukleotidov. V članku poročamo, da se pri analizi podatkov določenih RNA-vezavnih proteinov pokaže odvisnost med položajem detektiranega mesta interakcije in dolžino fragmentov, pri čemer so detektirana mesta navadno zamaknjena navzgor od pričakovanega mesta vezave na RNA. Razvili smo programsko orodje (http://biolab.si/iCLIPro), s katerim je možno detektirati omenjene zamike in tako izboljšati določanje pravih mest vezave RNA-vezavnih proteinov.
COBISS.SI-ID: 1536523459
V prispevku predstavljamo proteomsko študijo, s katero smo analizirali vpliv izgube TDP-43 na proteom. Podatki masne spektrometrije z identifikatorjem PXD001668 so dostopni preko ProteomeXchange. Naši rezultati nakazujejo, da je TDP-43 pomemben regulator metabolizma RNA in znotrajceličnega transporta. Pokazali smo, da se po utišanju TDP-43 zmanjša nivo Ran-vezavnega proteina 1 (RanBP1), DNA-metiltransferaze 3 alfa (Dnmt3a) in kromogranina B. Kot rezultat pomanjkanja RanBP1, se poveča nivo transportina 1. Neustrezna regulacija teh proteinov in posledično celičnih procesov lahko igra vlogo pri patogenezi ALS in FTLD, ki jih zaznamuje proteinopatija TDP-43.
COBISS.SI-ID: 28427047