Preučevali smo vpliv proteina Rbfox2 na alternativno spajanje eksonov med diferenciacijo mišičnih celic. Uporabili smo podatke iCLIP o interakcijah protein-RNA ter podatke o genski ekspresiji RNA-seq in tako pokazali, da protein Rbfox2 uravnava 30% sprememb alternativnega spajanja tekom diferenciacije mišičnega tkiva. Pokazali smo tudi, da se protein Rbfox2 veže s tarčami RNA in uravnava alternativno spajanjaje dveh pomembnih tarč: gena Mef2d, ki modulira transkripcijo ter gena Rock2, ki uravnava celično signaliziranje. Oba procesa imata ključen pomen pri uravnavanju pomembnih funkcij tekom razvojnih sprememb.
COBISS.SI-ID: 1536022723
V članku smo predstavili metodo za iskanje gruč ponavljajočih motivov v okolici diferencialno izraženih eksonov. Metodo smo uporabili za določitev motivov RNA vezavnih mest vrste proteinov (hnRNP C, PTBP1, TDP-43, TIA1, TIAL1). Ugotovili smo, da so vezavna mesta podobno oddaljene od mej eksonov, vendar z drugačnim vplivom na vključitev ali izključitev posameznih eksonov. Na podlagi primerjav alternativnega spajanja v možganih in srcu smo potrdili znane motive ter odkrili nove motive, ki so povezani z RNA vezalnimi proteini, ki uravnavajo alternativno spajanje eksonov.
COBISS.SI-ID: 31140057
S strani ugledne revije Brain smo bili povabljeni, da izrazimo znanstveni komentar k objavljenemu prispevku z naslovom »Serumska mikroRNA pri bolnikih z gensko amiotrofično lateralno sklerozo pri presimptomatskih nosilcih mutacij«, katerega avtorji so Freischmidt in sodelavci. Napakam pri procesiranju RNA so pripisovali osrednjo vlogo pri patogenezi amiotrofične lateralne skleroze (ALS) vse od tedaj, ko so bili identificirani vključki proteina TARDBP (znan tudi pod imenom TDP-43) pri 95% bolnikov. Poleg tega so odkrili tudi patogene mutacije v genih, ki sodelujejo pri procesiranju RNA, kot so na primer TARDBP, FUS in MATR3 (Sreedharan et al., 2008; Vance et al., 2009; Johnson et al., 2014). FUS in TARDBP imata vlogo pri regulaciji transkripcije mRNA ter pri njenem izrezovanju, hkrati pa vplivata tudi na stabilnost in transport mRNA (Tollervey et al., 2011; Rogelj et al., 2012). FUS in TARDBP predstavljata tudi sestavni del večjega kompleksa, imenovanega Drosha, ki regulira biogenezo mikroRNA (miRNA) (Gregory et al., 2004). Napake v regulaciji izražanja miRNA se pojavljajo pri številnih oblikah raka, pred kratkim pa so jih opisali tudi pri Alzheimerjevi bolezni, kjer naj bi imele vlogo pri bolezenskem mehanizmu in/ali naj bi predstavljale indirektni biomarker pri omenjeni bolezni. Freischmidt in sodelavci (2014) poročajo, da je v serumu bolnikov z družinsko in sporadično obliko ALS zaznati zmanjšano vsebnost specifične podskupine miRNA. Hkrati so zaznali zmanjšano vsebnost miRNA tudi v serumu presimptomatičnih nosilcev patogenih mutacij, značilnih za ALS. Če bi omenjene rezultate lahko ponovili na večjih kohortah, bi študija veliko pridobila na pomenu.
COBISS.SI-ID: 28055335