V članku poročamo o vlogi ponovitev zaporedja GGGGCC (G4C2) za nastanek nevrotoksičnosti. Pokažemo, da le protein hnRNP-H vstopa v interakcijo s ponovitvami G4C2 in da kolokalizira s 70% ponovitev G4C2 v RNA gena C9ORF72. Prav tako pokažemo, da se s povečanjem števila ponovitev G4C2 poveča nevrotoksičnost ter vezava proteina hnRNP-H in drugih proteinov, ki vstopajo v interakcijo z RNA. V članku predlagamo, da toksičnost RNA in sekvestracija proteinov škodljivo vpliva na procesiranje RNA in tako prispeva k nevrotoksičnosti.
COBISS.SI-ID: 27328295
V članku poročamo o sistemu za strojno učenje in podatkovno rudarjenje Orange, ki omogoča tako skriptno kot tudi vizualno programiranje. Skriptni del omogoča interaktivno analizo podatkov ter tudi na gradnikih osnovano izgradnjo postopkov za podatkovno rudarjenje. Glavno vodilo gradnikov je fleksibilna, enostavna in večkratna uporaba. Orange je namenjen izkušenim uporabnikom in programerjem kot tudi študentom strojnega učenja. Sistem Orange je pomemben gradnik, ki ga uporabljamo za bolj napredne analize in modeliranje v tem raziskovalnem projektu.
COBISS.SI-ID: 10118740
V preglednem članku poročamo o uporabi metode iCLIP za preučevanje interakcij različnih proteinov z RNA (proteini RBP, RNA-binding proteins) in njihovega vpliva na post-transkripcijsko procesiranje mRNA v možganih. Predstavimo tehnične izzive in strategije za določanje vseh tarč RNA, ki jih specifični protein RBP regulira tako, da vstopi v interakcijo z RNA. V zaključku prikažemo, kako pomembno vlogo so odigrale CLIP in sorodne metode pri določanju vloge proteinov RBP v nevroloških boleznih.