Epigenetski mehanizmi kot so metilacija in hidroksimetilacija DNA, posttranslacijske modifikacije histonskih proteinov, ki vplivajo na remodeliranje nukleosomov, in uravnavanje z malimi in velikimi nekodirajočimi RNA, delujejo v sozvočju s cis- in trans-delujočimi elementi pri pravilnem usmerjanju izražanja genov. Napredek v razvoju detekcijskih metod in platform ter metilacijskih mikromrež je povzročil eksplozijo informacij o poškodovanih metiliranih zaporedjih DNA, ki je povezala spoznanja o odklonih v epigenetski pokrajini s spoznanji o izvoru in poteku kompleksnih bolezni. Metilacijske spremembe DNA lahko uporabimo kot biooznačevalce za detekcijo maligne bolezni v lahko dostopnih tkivih. V članku podrobno opisujemo, na kakšne načine bi spremembe v metilaciji DNA pri specifičnih oblikah raka (rak dojk, pankreasa, debelega črevesa, želodca) lahko uporabili v diagnostiki. Dokazano je namreč že, da so vzorci metilacije pomembni označevalci pri določanju občutljivosti za zdravila. Določanje vzorcev metilacije promotorjev nekaterih genov kot so MGMT, SHOX2 in SEPT9, so celo že prenesli v praktično izdelavo komercialno dostopnih testov za pomoč pri ocenjevanju oz. diagnostiko bolezenskega stanja. Vzorci spremembe v metilaciji DNA v tumorskih celicah tako kot obetavni biooznačevalci vedno bolj vstopajo v rutinsko klinično diagnostično prakso in tudi kot potencialne tarče za nove terapevtske pristope.
COBISS.SI-ID: 32016857
V večini razvitih držav je rak želodca v upadanju, vendar ima kljub temu v svetovnem okviru še vedno pomemben delež pri umrljivosti zaradi raka. Naš pogled na to bolezen in razumevanje njenih molekulskih osnov se hitro spreminjata po zaslugi velikega napredka visokozmogljivostnih raziskovalnih metod. V tem trenutku se zavedamo, da sta molekulska zapletenost in heterogenost gastričnega adenokarcinoma, tako v okolju kot tudi v samem tumorju, veliki oviri pri odkrivanju biooznačevalcev za zgodnje odkrivanje bolezni. Res je, da so določanje nukleotidnega zaporedja celotnih genomov in študije izražanja genov razkrili zapleteno naravo molekulskih spremeb, ki se dogajajo v tumorskim pokrajini, vendar so zbrani podatki in rezultati raziskav zapleteni in večkrat tudi kontradiktorni. V kliničnih preizkusih so že testirali kar nekaj okrnjenih molekul, vendar njihova diagnostična in prognostična vrednost ni bila potrjena. Zlati standard za detekcijo sporadičnega raka želodca tako še vedno ostaja endoskopija, ki pa spada med invazivne metode. Medtem so vsegenomske asociacijske študije potrdile, da genetske variacije pomembno prispevajo k povečanju tveganja za rakom in verjetno sodelujejo v iniciaciji maligne transformacije. Ta hipoteza bi lahko vsaj delno tudi pojasnila kasnejši nastop sporadičnih rakov želodca. Dovršeno preigravanje med geni nizke penetrance, načinom življenja in dejavniki tveganja iz okolja postaja predmet novih raziskav, ki so namenjene razkrivanju pomena omenjenih dejavnikov v razvoju raka. Namen našega članka je predstaviti trenutna spoznanja in podrobnosti o molekulski heterogenosti pri sporadičnih rakih želodca, in sicer na ravneh DNA, RNA in proteoma, ter razpravljati o stvareh, ki so relevantne za prenos podatkov iz temeljnih raziskav v klinično uporabna orodja in prakse. Poudarek smo dali relevantnim molekulskim spremembam, ki bi jih lahko ugotavljali z neinvazivnimi pristopi.
COBISS.SI-ID: 32232921
Nove metode proteomike razkrivajo zapletenost epigenetske pokrajine, kar ima vpliv na uravnavanje delovanja genov in prispeva k našemu znanju o patogenezi kompleksnih bolezni. Čeprav razpolagamo z ogromno količino podatkov o epigenetskih spremembah v DNA in histonih, je razkrivanje njihovega biološkega pomena v okviru zdravja in bolezni proces, ki še traja. V članku obravnavamo odnos med epigenetskimi raziskavami tumorigeneze in pričakovanimi prenosi znanja v klinično uporabo. Pri tem pozornost usmerjamo predvsem na epigenetiko posttranslacijskih sprememb histonov, ki bi jih lahko upoštevali kot biooznačevalce. Velik poudarek dajemo tudi uporabi različnih proteomskih tehnik v raziskovalnem delu in ocenjujemo njihovo uporabnost pri vzpostavljanju kliničnih diagnostičnih praks.
COBISS.SI-ID: 31865305