Analiza epistaze je osnovno orodje klasične genetike. V članku predlagamo nov verjetnostni pristop k odkrivanju genskih mrež iz kvantitativnih podatkov o interakcijah. Pristop temelji na skupni obravnavi podatkov o mutantih s pomočjo faktorizacije in verjetnosti za povezave med geni, ki jih izpeljemo iz latentnih podatkov o genih. Rezultati so pokazali, da predlagani pristop uspešno rekonstruira znane genske poti in po točnosti preseže trenutne pristope.
COBISS.SI-ID: 10624852
Razvili smo nov algoritem za preštevanje frekvenc grafkov (graphlets) in njihovih orbit v velikih redkih grafih. Algoritem ima številne aplikacije predvsem na področju bioinformatike. Algoritem je za velikostni razred hitrejši od obstoječih algoritmov; v praksi to pomeni približno stokrat hitrejše izvajanje na tipičnih grafih, s kakršnimi se srečujemo v bioinformatiki.
COBISS.SI-ID: 10322516
Ogromna razsežnost prostora možnih učinkovin in zelo majhno pokritje tega prostora z eksperimentalnimi podatki narekuje potrebo po uporabi metod, ki napovedi obnašanja teh učinkovin opremijo z oceno zanesljivosti. V članku predlagamo, da morajo te mere biti odvisne od učinkovine, in ne, kot v dosedanji literaturi, od podobnosti nabora učinkovin, za katere napovedujemo obnašanje z učinkovinami, na katerem smo se napovednega modela učili.
COBISS.SI-ID: 10466388