Predstavljena raziskava je osredotočena na razvoj metode za inkrementalni razvoj bioloških omrežij. Inkrementalni pristop smo preizkusili na dveh praktičnih primerih. V prvem primeru smo v dveh inkrementalnih korakih razširili manjše ročno ustvarjeno omrežje obrambnega mehanizma rastlin v končni model s 183 relacijami. V drugem primeru pa smo z informacijami iz nedavno objavljenih znanstvenih člankov inkrementalno razširili kompleksno omrežje obrambnega mehanizma rastlin s 104 novimi relacijami. Rezultati kažejo, da je z uporabo metode inkrementalnega razvoja mogoče samodejno prepoznati novo znanje o izbranih bioloških relacijah v nedavno objavljeni znanstveni literaturi.
COBISS.SI-ID: 28591655
Klasičen način za ročno izgradnjo dinamičnega modela lahko dopolnijo dodatni koraki, ki pospešijo in izboljšajo gradnjo modelov. Razvili smo novo metodologijo za gradnjo bioloških modelov, ki temeljijo na ekspertnem znanju in literaturi. To metodologijo smo uspešno uporabili za gradnjo modela obrambnega mehanizma rastlin, saj zaradi kompleksnosti obrambnega sistema uporaba izključno ročnih metod ni bila primerna. Tako se je težavno delo ročnega oblikovanja modela dopolnilo z dodatnimi avtomatiziranimi in pol-avtomatskimi koraki, ki obravnavajo strukturo modela z dodatno pomočjo tehnik procesiranja naravnega jezika, kot tudi dinamiko modela, kjer je optimizacija parametrov vodena z omejitvami, ki so jih določili domenski strokovnjaki.
COBISS.SI-ID: 28827175
Članek opisuje prototipni sistem za semantično podatkovno rudarjenje g-SEGS. Pristop uporablja ontologije kot predznanje v učnem procesu in je posplošitev obstoječega sistem SEGS, ki pa je uporaben zgolj na področju genomike. g-SEGS je implementiran v obliki spletnega servisa in je tudi na voljo v platformi za podatkovno rudarjenje Orange4WS. Članek opiše tudi novo formulacijo problema semantičnega podatkovnega rudarjenja na način, ki omogoči reševanje tega problema s sistemom Aleph za induktivno logično programiranje. Oba pristopa sta bila eksperimentalno ovrednotena na dveh bioloških domenah.
COBISS.SI-ID: 28293671