V članku je predstavljena simulacija z molekularno dinamiko in adaptivno resolucijo vode in apolarnega topila z uporabo grobo-zrnatih modelov, ki so kompatibilni s potencialnim poljem MARTINI. Kot predstavnika obeh razredov smo izbrali vodo in butan pri temperaturi okolja. Molekule topila spreminjajo resolucijo med atomistično in grobo-zrnato reprezentacijo glede na položaj v sistemu. Težave, ki nastanejo pri sklopitvi grobo-zrnatega in atomističnega modela, n.pr. preslikava 4-v-1 v primeru vodnega modela SPC in MARTINI, smo uspešno rešili z uporabo sklopljene vode. Pokazali smo, da naš večskalni pristop verno reproducira strukturne in dinamične lastnosti, izračunane z referenčno povsem atomistično molekulano dinamično simulacijo. Naš pristop je splošen in se lahko uporablja z vsakim atomističnim poljem sil, ki se lahko poveže s potencialnim poljem MARTINI.
COBISS.SI-ID: 5465114
Povečana rezistenca bakterij na dostopne antibiotike stimulira odkrivanje novih učinkovitih protibakterijskih učinkovin. Biosinteza bakterijskega peptidoglikana, kjer je encim MurD vpleten v intracelularno fazo tvorbe pentapeptida UDP-MurNAc, predstavlja več selektivnih tarč za načrtovanje nvoih protimikrobnih učinkovin. V naših prejšnjih študijah smo obravnavali premik C-terminalne domene z uporabo metode TMD in OPS. V tej študiji predstavljamo načrtovanje novih učinkovin z uporabo večih struktur proteina. Naš glavni cilj je bilo ATP vezavno mesto encima MurD. V prvem koraku smo izbrali tri konformacije MurD na osnovi OPS/TMD. Nato smo uporabili virtualno rešetanje z uporabo farmakofor na osnovi strukture in sidranja. Izbrane spojine smo nato ovrednotili s testi vezave na encim, in spojina 3 iz razreda aminotiazolov je je delovala kot dualni zaviralec MurC/MurD v mikromolarnem območju. Kinetična študija je pokazala na mehanistični aspekt delovanja. Na koncu smo vse konformacije kompleksa MurD in spojine 3 simulirali z molekulsko dinamiko. V tej študiji smo raziskovali fleksibilno tarčo bakterijskega encima MurD in pokazali, kako lahko uporabimo računske pristope v vseh fazah načrtovanja novih učinkovin
COBISS.SI-ID: 5462810
V članku je predstavljeno spletno orodje za napoved vezave ligandov na proteine. ProBiS-ligands začne s strukturo proteina ali vezavnega mesta un identificira proteine v Protein Data Bank, ki imajo podobna vezavna mesta. S superpozicijo preiskovanega proteina in podobnih vezavnih mest server transponira strukture ligandov iz vezavnih mest na preiskovani protein. Taka napoved omogoča aktivnosti kot je n.pr. ponovna uporaba zdravilnih učinkovin. Spletno orodje ProBiS-ligands je nadgradnja ProBiS -a in je v prosti uporabi za vse uporabnike na http://probis.cmm.ki.si/ligands.
COBISS.SI-ID: 5514010