Predstavili smo mrežno računalniško orodje STOCK za izvajanje grobozrnatih molekularnih simulacij. Nabor orodij vsebuje strukturni maper za preslikavo iz finih v grobozrnate molekularne modele in Boltzmannovo inverzno metodo za določanje efektivnih intermolekularnih interakcijskih potencialov med grobozrnatimi molekulami. STOCK je dosegljiv na http://stock.cmm.ki.si.
F.23 Razvoj novih sistemskih, normativnih, programskih in metodoloških rešitev
COBISS.SI-ID: 37695493Razvili smo program LiSiCA (angl., Ligand Similarity using Clique Algorithm) za virtualno rešetanje baz malih molekul, ki uporablja hiter algoritem za iskanje maksimalne klike, in omogoča iskanje dvo- in tridimenzionalne podobnosti med pari malih molekul. Program smo uporabili za odkrivanje novih močnih zaviralcev encima butirilholinesteraze, tarče pri Alzheimerjevi bolezni. LiSiCA, ki teče vzporedno na več procesorskih jedrih, je bila v članku najprej uspešno preizkušena na bazi podatkov DUD-E; test je pokazal izboljšan izplen aktivnih spojin med pomešanimi aktivnimi in neaktivnimi molekulami v primerjavi z drugimi široko uporabljanimi programi. Nato smo uporabili LiSiCo za odkrivanje novih inhibitorjev človeškega encima butirilholinesteraze, obetavne tarče pri Alzheimerjevi bolezni, pri čemer smo kot referenčno spojino uporabili znan inhibitor. Pokazali smo, da je LiSiCA sposobna najti močne - nanomolarne - zaviralce tega encima, katerih strukture so se bistveno razlikovale od strukture referenčne spojine, kar dokazuje sposobnost programa za t.i. skeletni preskok in uporabnost za odkrivanje novih zdravil.
F.23 Razvoj novih sistemskih, normativnih, programskih in metodoloških rešitev
COBISS.SI-ID: 3893361Dr. Bren je član uredniškega odbora revije Journal of Chemistry(Hindawi) (Print).
C.04 Uredništvo mednarodne revije