Kristalna mreža stefina B (kristaliziral pri pH 10) sestojiiz 5 slojev tetramer: štirje sloji so dobro urejeni, čemur sledi sloj drugače postavljene tetramere.
COBISS.SI-ID: 27622183
V tem članku smo pokazali, da celice z agregati nekaterih EPM1 mutant (G50E in G4R pa tudi Q71P) hitreje odmirajo. Našli smo korelacijo, ne z množino ali velikostjo agregatov, ampak z njihovo zmožnostjo povečati ROS (Taki mutanti sta G4R in G50E). To se sklada z ugotovitvijo, da so bolj toksični manjši, topni oligomeri. Razlike v toksičnosti so odvisne od tega ali so agregati prefibrilarni – oligomerni ali fibrilarni. To pa je odvisno od 3D strukture, kjer so odvite mutante manj toksične. Zanimivo je, da wt stefin B, ki ob prekomerni ekspresiji tudi tvori razpršene aggregate v citoplazmi, pravtako poveča oksidativni stres, medtem ko ne zmanjša znatno preživetje celic (gre za kompenzacijski mehanizem med protektivno funkcijo tega proteina in toksičnostjo agregatov v stresnih razmerah za celico v odgovoru na napačno zvite in agregirane proteine – naslednji clanek v PLOS One)
COBISS.SI-ID: 27799335
Že nekaj časa se nakazujejo alternativne funkcije stefina B razen inhibicije katepsinov. Izolirani astrociti iz miši z izbitim genom za stefin B (KO) vsebujejo več razpršenih proteinskih agregatov kot wt astrociti. Če smo dodali stefin B monomere ali nižje oligomere v celični medij, se je ta fenotip popravil, agregatov je bilo manj, kar smo dokazali s konfokalno mikroskopijo. Analiza avtofagije je pokazala, da je ta process nefunkcionalen v KO astrocitih. To pa nadalje vodi do nalaganja proteinskih agregatov v KO celicah, saj je avtofagija ključen proces, ki očisti celice agregatov. Da bi določili proteine, ki obkrožajo agregate v wt in KO celicah, smo analizirali netopne celične frakcije (po ustreznem procesiranju) z masno spektrometrijo.
COBISS.SI-ID: 27852327
V članku smo predstavili izboljšan model za mehanizem fibrilacije stefina B. Tega smo dobili s simulacijo podatkov kinetike merjene s CD in ThT fluorescenco kot funkcijo koncentracije proteina in temperature. Gre za tipično polimerizacijo, ki se začenja z lag fazo, kjer se kopičijo oligomeri. Ko pride do kritične mase (cca 60-meri) in konformacijske spremembe (skoraj popolnega odvitja, Ea= 55 kcal/mol) zrastejo protofibrili in nazadnje v plato fazi fibrili (verjetno igrajo vlogo prolini Ea = 25 kcal/mol).
COBISS.SI-ID: 26998567
Predlagamo, da je okvarjena avtofagija skupna nevrodegenerativnim boleznim NDs in progresivnim mioklonskim epilepsijam –PMEs. V nekaterih PMEs, kot na primer Lafora bolezen, obstaja jasna evidenca za takšno okvaro. Po drugi strani pa so objave, kjer so pokazali, da je avtofagija prizadeta tudi v AD, tudi zaradi povečanja proteinskih agregatov, ki jih mora odstraniti. Take ugotovitve nakazujejo možnost novih terapij, ki bi bazirale na pospeševanju avtofagije.
COBISS.SI-ID: 24607527