Članek je bil objavljen v priznani reviji in je bil citiran že več kot 15-krat. Raziskovali smo bakterijske gene za lakaze in njim podobne encime v 2200 delnih in dokončanih bakterijskih genomih ter štirih metagenomih. V okviru te raziskave smo razvili skrite modele Markova za iskanje tako dvo kot trodomenskih lakaz bakterij. Našli smo preko 1200 genov, ki domnevno kodirajo te encime, od katerih je 76 % kodiralo signalni peptid – to pomeni, da se ti encimi v naravi izločajo iz citoplazme. Poleg tega smo opisali nekaj pokazateljev horizontalnega prenosa genov med bakterijami. Številni zadetki v metagenomih niso pokazali filogenetske pripadnosti k določeni skupini bakterij, kar nakazuje še večjo raznolikost teh encimov, kot je vidna v sekvenciranih genomih, ki so predvsem znani za organizme, ki jih uspešno gojimo v laboratoriju. Gene za lakaze smo našli tudi v anaerobnih bakterijah, avtotrofnih in alkalifilnih organizmih, kar odpira nove hipoteze o ekoloških vlogah teh encimov.
COBISS.SI-ID: 3993720
Študija ocenjuje učinkovitost dveh različnih bioloških postopkov, postopek s suspendiranim aktivnim blatom ter s pritrjeno biomaso. Za oceno delovanja smo uporabili pretočne reaktorje na laboratorijskem nivoju, katerim smo dodajali mešanico izbranih zdravilnih učinkovin z znano koncentracijo posameznih učinkovin (1 µg L-1). Učinkovitost postopka s pritrjeno biomaso smo preučevali z dvema različnima nosilcema: Kaldnes K1 ter Mutag BioChipTM. Postopek s suspendiranim aktivnim blatom je pokazal slabo in nekonsistentno odstranjevanje klofibrinske kisline (9 % ± 28 %), karbamazepina (21 % ± 25 %) in diklofenaka (48 % ± 19 %), medtem ko je bila odstranitev ibuprofena (86 %), naproksena (74 %) ter ketoprofena (78 %) višja in konsistentna z deviacijo nižjo od 10 %. Ti rezultati so v skladu z objavljeno literaturo ter potrjujejo slabo odstranjevanje klofibrinske kisline, karbamazepina in diklofenaka s konvencionalnim biološkim čiščenjem. S postopkom s suspendiranim aktivnim blatom smo v primeru ibuprofena dosegli višjo odstranitev kot s postopkom s pritrjeno biomaso, in sicer za oba tipa nosilcev (94 % ± 8 % za Kaldness K1 ter 94 % ± 4 % za Mutag BioChipTM nosilce), medtem ko je bila odstranitev ketoprofena in karbamazepina nižja s postopkom pritrjene biomase. Za klofibrinsko kislino ter naproksen ni bilo opažene razlike v odstranitvi med obema postopkoma. V primeru diklofenaka smo dosegli višjo odstranitev s postopkom s pritrjeno biomaso, in sicer 85 % ± 10 % z nosilci Mutag BioChipTM ter 74 % ± 22 % s Kaldnes K1 nosilci. Za povečano odstranitev izbranih zdravilnih učinkovin smo preučili hidrodinamsko kavitacijo z ali brez dodatkom peroksida . Optimalni pogoji so vodili do njihove odstranitve v različnem obsegu (3-70%), vendar so rezultati nakazali možnost povečane odstranitve izbranih spojin z optimizacijo kavitacijske naprave. Sekvenčno čiščenje odpadnih vod s pritrjeno biomaso, kavitacijo in UV je vodilo do uspešne odstranitve izbranih učinkovin ()90%). Ti rezultati so pokazali, da je mogoče doseči visoko ter konsistentno odstranitev izbranih učinkovin s kombinacijo postopkov s pritrjeno biomaso in AOP, kar je zelo pomembno za razvoj novih strategij za čiščenje odpadnih vod.
COBISS.SI-ID: 27217959
V tej raziskavi smo mešanico oligonuklotidnih sond hibridizirali na najlonsko visokozmoglivostne membrane na katerih so že bili nanšeni vzorci DNA knjižnice 400.000 fozmidnih klonov. Sonde smo radioaktivno označili in mešanico sond nanesli na membrane za detekcijo različnih encimskih genov, kot so glikozid hidrolaze, dehalogenase , bakterijske lakaze in različni mobilni elementi. Pozitivne točke hibridizacije smo povezali s posameznimi kloni ki smo jih imeli spravljene v metagenomski knjižnici. Identificirane klone (inserte v fosmidih) smo sekvencirali . Po sestavljanju in anotoaciji genov smo odkrili povsem nove različice genov iskanih encimov, med katerimi sta bila dva zanimiva gena za bakterijski lakazi. To delo je prvo, ki pokaže potencial metagenomskega pristopa vezanega na DNA/DNA hibridizacijo za iskanje genov bakterijskih lakaz ali/in drugih encimov. Ta štduija tudi pokaže, da so nekateri od katabolnih genov venešeni v celice s horizontalnim genskim prenosom
COBISS.SI-ID: 4379512
V Evropi je sistematično osuševanje šotišč pomembno vplivalo na kroženje snovi v teh tleh. V povzetnem članki smo predstavili objavljene rezultate raziskav kroženja hranil v tleh Ljubljanskega barja ter sestave in aktivnosti mikrobnih združb tega občutljivega ekosistema, ki se nahaja blizu Ljubljane. V povzetnem članku smo izpostavili tudi naše raziskave pestrosti genov, ki kodirajo bakterijske lakaze v šotnih tleh in tudi povzeli eksperimentalne rezultate z ligninom bremenjenh mikrokozmov tal , v katerih smo preverjali vpliv tega polimera na sestavo lakaznih genov. Lakaze , ki so pomembni industrijski encimi, a pri bakterijah zelo slabo poznani, so v barjanskih tleh zelo pestre. Kljub visoki pestrosti se niso odzvale na dodani lignin, kar kaže, da barjanske lakaze nimajo vloge pri razgradnji lignina
COBISS.SI-ID: 4389496