FEMS kongres je najpomembnejši kongres mikrobiologije na področju Evrope, na katerem je velika čast sodelovati kot vabljeni predavatelj in organizator sekcije na področju metagenomike tal. Ta dosežek kaže, da so raziskave vodje projekta cenjene in prinašajo nova in pomembna dognanja, ki so za mikrobiologe zanimiva tudi širše. Delo, ki je bilo predstavljeno na kongresu, vključuje odkritje prve acidobakterijske lakaze v kislih šotnih tleh z uporabo metagenomike. Poleg tega je bila predstavljena bioinformacijska raziskava, s katero smo identificirali 1200 domnevnih lakaznih genov v 2200 sekvenciranih genomih s pomočjo skritih Markovih modelov. 76 % teh kodira signalne peptide in 6 % jih je zapisanih na plazmidih, kar kaže, da se lakazni geni bakterij prenašajo horizontalno. Heterologna ekspresija in čiščenje dveh od omenjenih kandidatnih lakaz je pokazala, da so te aktivne pri alkalnem pH in višjih temperaturah, kar je biotehnološko zanimivo. Raziskovalni dosežki na področju bakterijskih lakaz so bili publicirani v A” in A’ revijah.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 4298616Projekt je prispeval k nastanku doktorata in treh visoko kvalitetnih magistrskih nalog. Doktorat L. Ausca, ki je bil financiran skozi projektno delo in vključuje tri objavljene članke ter dve še neobjavljeni poglavji. Pričujoče delo prinaša vpogled v pojavnost in raznolikost lakaznih genov v genomih in metagenomih prokariontov ter v mikrobno združbo v tleh Ljubljanskega barja ( 3 članki). V drugem delu je opisana heterologna ekspresija lakaze ThioLacc v E. coli, čiščenje in karakterizacija encima. Ta alkalifilna lakaza izhaja iz bakterije Thioalkalivibrio sp. in lahko oksidira fenolne snovi v bazičnem pH in je temperaturno stabilna pri 50oC, kar je zanimiva lastnost za potencialno uporabo v biotehnologiji. Dve magistrski nalogi prinašata vpogled o vplivu lignina in ferulične kisline na mikrobno združbo in sestavo proteobakterijskih lakaz v šotnih tleh (Mahnič in sod., 2014, [COBISS.SI-ID 4418936]) in na vpliv farmacevtika diazepama na mikrobno združbo v laboratorijskih bioeraktorjih (Žalig, 2013; [COBISS.SI-ID 4284792 v sodelavi z IJS), ki so bili izpostavljeni temu farmacevtiku. Tretja magistrska naloga je bila namnjena heterolgnemu izražanju, čiščenju in karakterizaciji encima iz anaerobne bakterije Geobacter metalireducens in je prvi tovrstni encim izoliran iz anaeroba (Verce, 2013 COBISS.SI-ID 7721337). V pripravi je še četrta magistrska naloga, ki vključuje presejanje metagenomske knjižnice Ljubljanskega barja z orodji, ki jih je razvil L. Ausec, identifikacijo lakaze iz debla Acidobacteria in začetno karakterizacijo encima ( Mesojednik, v pripravi). Dosežek dokazuje pozitiven dopirinos projekta k univerzitetnemu izobraževanju v Sloveniji.
D.09 Mentorstvo doktorandom
Vodja projekta Prof. dr. Ines Mandić Mulec je predsedovala znanstvenemu odboru in tudi organizacijskemu odboru 12. mednarodnega kongresa BAGECO -12Bacterial genetics and Ecology) junija, 2013, ki je potekal v Ljubljan. Kongres je privabil 300 udeležencev iz 50 držav sevta in je napomembnejši evropski kongres s področja mikrobne ekologije in genetike, ki poteka vsaki dve leti. Je kongres, ki odpira nove koncepte na področju ekologije mikroorganizmov in povabilo k organizaciji in predsedovanju tega kongresa je izredna čast, ki kaže na uveljavljenost vodje projekta na področju mikrobne ekologije.. Kongres je bil izredno uspešen in je domačim raziskovalcem odprl vrata za številne sodelave s svetovno priznanimi raziskovalnimi skupinami. Na kongtresu je Ausec L predstavil svoje raziskavovalno delo na bakterijskih lakazah, poleg tega so bili rezultati tega projekta predstavljeni še v obliki 3 postrov.
B.02 Predsedovanje programskemu odboru konference
COBISS.SI-ID: 4259448Vodja tega projekta je bila tudi partner v šest miljonskem FP7 projektu Metaexplore (2009-2014),ki je povezal 17 raziskovalnih inštitucij iz Evrope in eno iz Argentine. Znotraj projekta smo preučevali lakaze bakterij. Povezava tega in EU projekta je bila izjemno pomembna za postavitev področja bakterijskih lakaz, saj smo eni redkih skupin, ki se ukvarja s to problematiko. Vpetost v Metaexplore je omogočila naši projektni skupini, da doprinese tudi na drugih področjih, ki niso bila naša osnovna zadolžitev partnerja in tako so se spletle mreže sodelovanj s ključnimi skupinami na področju mikrobne metagenomike (Univerza v Groningenu, Univerza v Copenhagnu, Univerza v Lyonu, Univerza v Bilefeldu) in encimatike lakaz ( VTT- Finska, Univeza v Insubriji), ki bodo povečale končni izkupiček publikacij in uspeh tega projekta ter so osnova za nadaljnje skupne prijave projektov na nivoju EU. Poleg sodelovanja znotraj FP7 Metaexplore, kjer smo zelo veliko prispevali h končnemu poročilu, ki je dobilo pozitivno ocenjeno, in vodenja ARRS projekta Metagenomika lakaz je IMM vodila še ARRS projekt “Ekologija socialnih interakcij pri bakteriji Bacillus subtilis” in več manjših industrijskih projektov s čimer je iskazala kontinuiran in pomemben družbeni doprinos.
D.01 Vodenje/koordiniranje (mednarodnih in domačih) projektov
COBISS.SI-ID: 4299896