V raziskavi rotavirusnih genotipov v Sloveniji smo dokazali goveji rotavirusni sev G6P[11] pri 5-mesečnem otroku z gastroenteritisom. Sev smo vključili v analizo celotnega genoma in določili genomsko sestavo G6-P[11]-I2-R2-C2-M2-A13-N2-T6-E2-H3, ki odraža značilnosti govejih rotavirusnih sevov. Živalski izvor govejega rotavirusnega seva smo potrdili z natančno filogenetsko analizo vseh genomskih odsekov - vsi so bili najbolj podobni govejim rotavirusnim sevom. Omenjena raziskava je prva, ki opisuje analizo celotnega genoma rotavirusnega seva z genotipsko kombinacijo G6P[11] in prvi opisan primer tega genotipa, dokazanega pri človeku.
COBISS.SI-ID: 30182617
Med raziskavo rotavirusnih sevov in genotipov v Bolgariji smo izmed 2200 analiziranih vzorcev dokazali neobičajni rotavirusni sev RVA/Human/BG/BG620/2008/G5P[6] z genomskim sestavom G5-P[6]-I1-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1. V filogenetski analizi genomskih odsekov smo ugotovili, da je virus najverjetneje rezultat prerazporejanja genoma med prašičjim in človeškim rotavirusnim sevom. Pri tem so genomski odseki za VP1, VP6 in NSP2 sorodnejši tistim pri človeških rotavirusnih sevih, ostali pa prašičjim sevom ali prerazporejenim sevom med prašičjimi in človeškimi virusi. Z objavljeno raziskavo smo prvič v Evropi poročali o zoonotskem rotavirusnem sevu G5P[6]. Zaradi pomanjkanja podatkov o podobnih sevih iz prašiča in človeka nismo uspeli ugotoviti, ali je prerazporejanje genoma sledilo zoonotskemu prenosu ali se je prerazporejanje genoma že vršilo pri prašičih. Poudarili smo pomen spremljanju teh in podobnih sevov pri ljudeh, saj noben od nevtralizirajočih antigenov ni vključen v rotavirusno cepivo. Prav tako opozarjamo na pomen podobnih rotavirusnih raziskav pri živalih, da bi z dodatnimi podatki laže interpretirali zoonotske prenose.
COBISS.SI-ID: 30180825
Rotavirusi skupine A lahko okužijo ljudi in živali in občasno prečkajo medvrstno prepreko ter s tem omogočijo vnos novega genotipa v populacijo. Pojavnost in vpliv zoonotskih prenosov nista popolnoma pojasnjena, saj predvsem pri živalskih vrstah ni vzpostavljeno spremljanje rotavirusnih sevov. V raziskavi poročamo o pojavnosti, genetski raznolikosti in molekularni epidemiologiji rotavirusov, dokazanih pri prašičih in govedu v 6 evropskih državah. Od 2003 do 2007 smo zbrali 1101 vzorcev prašičev in več kot 2000 vzorcev goveda. Vključene so bile zdrave živali in tiste z drisko, vzorce katerih smo analizirali na prisotnost rotavirusov. Opisali smo rotavirusne genotipe G in P in njihova nukleotidna zaporedja vključili v filogenetske analize. Rotaviruse smo dokazali v 43% vzorcev goveda in 14% vzorcev prašičev. Pri govedu smo dokazali 10 različnih kombinacij G-P genotipov, najpogostejša sta bila genotipa G6P[11] in G6P[5]. Pri prašičih smo dokazali bistveno več različnih kobinacij genotipov G-P (n=21), pri čemer ni bilo najpogostejšega, izstopajočega genotipa, ki bi bil prisoten po vsej Evropi. Opisali smo tudi nove genotipe P[27] in P[32]. V filogenetski analizi smo dokazali, da se prašičji in človeški rotavirusni sevi prepletajo, medtem ko geoveji rotavirusni sevi tvorijo ločeno filogenetsko vejo. v raziskavi smo ugotovili veliko variabilnost rotavirusov pri prašičih in govedu in velik zoonotski potencial rotavirusov pri omenjenih živalskih vrstah.
COBISS.SI-ID: 29078745