Oporečni vodni viri so v svetu pogosto povezani z izbruhi gastroenteritisov. Čeprav so v razvitem delu sveta vpeljani sanitarni ukrepi k izboljšanju stanja vodnih virov, so fekalna onesnaženja še vedno velika težava pri zagotavljanju neoporečnih vodnih virov. Namen predstavljene raziskave je bil določiti delež fekalno onesnaženih vodnih virov, vključujoč podtalnice in površinske vode po Sloveniji. Pregledali smo 152 vodnih vzorcev, od tega 72 vzorcev podtalne vode v individualnih zajetjih, 17 vzorcev pitne vode iz manjših javnih vodovodnih omrežij in 63 površinskih vodnih vzorcev, rek in potokov. Odvzeli smo dva litra vode in viruse koncentrirali z metodo vezave/spiranja s pozitivno nabitimi filtri ter naknadno z ultracentrifugiranjem. Rotaviruse skupine A, noroviruse genskih skupin I in II in astroviruse smo z metodo RT-PCR v realnem času dokazali v 69 od 152 testiranih vzorcev (45,4 %), od tega smo vsaj en virusni patogen dokazali v 31 od 89 (34,8 %) vzorcih pitnih vod in v 38 od 63 (60,3 %) vzorcih površinskih vod. V 30,3 % (27/89) pitnih vod smo dokazali rotavirus skupine A, noroviruse genske skupine I in astroviruse pa smo dokazali vsakega v 2 od 89 (2,2 %) vzorcih. Od 72 testiranih vzorcev podtalne pitne vode smo rotaviruse skupine A dokazali v 27 vzorcih (37,5 %), noroviruse genske skupine I v dveh (2,8 %) in astroviruse v enem (1,4 %) vzorcu. V vzorcih površinskih vod smo najpogosteje dokazali noroviruse genske skupine II (41,3 %; 26/63), po pogostosti sledijo norovirusi genske skupine I (33,3 %; 21/63), astrovirusi (27,0 %; 17/63) in rotavirusi skupine A (17,5 %; 11/63). V naši raziskavi smo dokazali velik delež kontaminiranih vzorcev podtalnih vod. Neobdelana podtalna voda je lahko vir okužb z enteritičnimi virusi.
COBISS.SI-ID: 28690905
Z uporabo standardnih pristopov pri raziskavi izbruhov je težko prepoznati norovirusne okužbe povezane s hrano, ki se razširjajo v več državah. Pri novem pristopu je omogočen postopen izborni kriterij identifikacije posameznih izbruhov, ki so povezani s skupnim izvorom v mednarodno distribuirani hrani. Retrospektivno smo z računalniško obdelavo epidemioloških podatkov, povezanih z vzporejenimi nukleotidnimi zaporedji virusov, ugotovili 14 mednarodno povezanih izbruhov, ki so jih v preteklosti poročali kot 100 ločenih izbruhov med 1999-2008. Po natančnejši analizi 1456 različnih nukleotidnih zaporedij gena za kapsidni protein smo ugotovili, da je okvirno 7 % izbruhov (2-9 %), ki so jih poročali v mednarodno podatkovno bazo »Foodborne Viruses in Europe«, del mednarodnih izbruhov. S standardnimi pristopi so jih ugotovili le 0,4 %. Naša raziskava izpostavlja pomembno vrzel v metodah pojasnjevanja norovirusnih izbruhov z mednarodno razsežnostjo, ki jo lahko z dobrim sodelovanjem zapolnimo. V prihodnje bo sprotna izmenjava epidemioloških in molekularnih podatkov lahko potrdila naše ugotovitve.
COBISS.SI-ID: 29115353
Rotavirusi so najpomembnejši povzročitelji gastroenteritisov pri otrocih in so razširjeni tudi v različnih vodnih virih. Infektivna doza je zelo nizka, saj že 10-100 zaužitih infektivnih virusnih delcev lahko povzroči bolezen, kar zahteva močno občutljivo detekcijsko metodo. V tej raziskavi smo validirali detekcijo rotavirusov s kombinacijo predhodno objavljene metode koncentriranja rotavirusov iz vodnih vzorcev z monolitskimi nosilci in molekularno kvantitativno metodo RT-PCR. Metodi smo uporabili za dokazovanje rotavirusov v vzorcih pitne vode in okoljskih vzorcih, ki smo jih pridobili v Sloveniji med leti 2007-2009. Nova metoda z monolitnimi nosilci je bila v primerjavi z ultrafiltracijsko metodo učinkovitejša, prav tako smo metodo uspešno preizkusili na terenu, saj smo celoten sistem prilagodili na delo na terenu in ga prenesli iz laboratorija na mesto vzorčenja. Občutljivost metode je bila zelo dobra tudi na terenu, saj smo uspeli dokazati le 30 virusnih delcev na mililiter vzorca.
COBISS.SI-ID: 2291791