V Sloveniji je rotavirusno cepivo v uporabi od leta 2007 na ravni prostovoljnega cepljenja in ni financirano s strani zavarovalnice. Delež cepljeni otrok je relativno nizek (pod 27%) in se ne zvišuje. V raziskavi smo predstavili razporeditev rotavirusnih genotipov pri hospitaliziranih otrocih z rotavirozo v Sloveniji. V molekularno analizo genov za VP4 (VP8*) in VP7 smo izmed najpogostejših genotipov vključili 113 rotavirusnih sevov iz osmih zaporednih sezon (2005/06 - 2012/13). Pogostost rotavirusnih genotipov se je močno spremenila v obobju po uvedbi cepiva (od 2007-2013). Pogostost genotipa G1P[8] se je znižala iz 74,1% v sezoni 2007/08 na 8,7% v sezoni 2010/11 in ga je nadomestil G4P[8] in G2P[4], ki sta dosegla 52,0% pogostost. V primerjavi molekularnih značilnosti genomskih odsekov VP4 (VP8*) in VP7 smo pri sevih genotipa G1P[8] opazili veliko spremembo. Sevi genotipa G1P[8] pred uvedbo cepiva so filogenetsko spadali v genetsko linijo skupaj s cepilnim sevom cepiva Rotarix. Po uvedbi cepiva se je večina sevov genotipa G1P[8] uvrščala v filogenetsko ločeno linijo, ki je s cepilnim sevom imela nizko nukleotidno (88,1-94,0% za VP7 in 86,6-91,1% za VP8*) in aminokislinsko (93,8-95,2% za VP7 in 85,3-94,6% za VP8*) podobnost. Razlika v teh genetskih linijah se je odražala tudi na različnosti aminoskislinskih zaporedij znotraj antigenskih epitopov proteinov VP7 in VP8*.
COBISS.SI-ID: 31479769
Pri pojasnjevanju etiologije gastroenteritisa pri hospitaliziranem otroku z drisko smo dokazali nov reovirus pri ljudeh, ki so ga v istem obdobju dokazali še pri netopirjih v Nemčiji in Italiji. V objavljenem raziskovalnem članku smo prikazali hiter in učinkovit pristop pri dokazovanju virusov v iztrebkih bolnikov z drisko neznane etiologije z uporabo klasičnih viroloških in moderne molekularne metode (naslednje generacije sekvenciranja, NGS). Opisali smo tudi nov princip predpriprave kliničnega vzorca, koncentriranje in čiščenje virusov s kromatografsko metodo, ki omogoča najboljši izplen tarčnih nukleotidnih zaporedij pri naslednji generaciji sekvenciranja.
COBISS.SI-ID: 2886735
V raziskavi primerov in kontrol smo hoteli pojasniti vlogo koronavirusov pri otrocih z gastroenteritisom. V preiskavo je bilo vključenih 260 primerov in 157 kontrol (zdravih otrok). Koronaviruse smo dokazovali v vzorcih brisa nosnega žrela in v iztrebkih otrok z molekularnimi metodami. Ugotovili smo, da se koronavirusi pojavljajo pogosteje pri otrocih z drisko kot pri zdravih kontrolah (23/260, 8.8% pri primerih in 4/151, 2.6% pri kontrolah; OR 3.3; 95% interval zaupanja, CI 1.3–10.0; P = 0.01). Zaradi višje pojavnost koronavirusov v vzorcih respiratornega trakta in hkratne detekcije dodatnih virusnih patogenov v iztrebkih skupaj s koronavirusi, sklepamo, da imajo koronavirusi le manjšo vlogo pri gastroenteritisih otrok do 6. leta starosti.
COBISS.SI-ID: 30419417
Rotavirusi skupine A lahko okužijo ljudi in živali in občasno prečkajo medvrstno prepreko ter s tem omogočijo vnos novega genotipa v populacijo. Pojavnost in vpliv zoonotskih prenosov nista popolnoma pojasnjena, saj predvsem pri živalskih vrstah ni vzpostavljeno spremljanje rotavirusnih sevov. V raziskavi poročamo o pojavnosti, genetski raznolikosti in molekularni epidemiologiji rotavirusov, dokazanih pri prašičih in govedu v 6 evropskih državah. Od 2003 do 2007 smo zbrali 1101 vzorcev prašičev in več kot 2000 vzorcev goveda. Vključene so bile zdrave živali in tiste z drisko, vzorce katerih smo analizirali na prisotnost rotavirusov. Opisali smo rotavirusne genotipe G in P in njihova nukleotidna zaporedja vključili v filogenetske analize. Rotaviruse smo dokazali v 43% vzorcev goveda in 14% vzorcev prašičev. Pri govedu smo dokazali 10 različnih kombinacij G-P genotipov, najpogostejša sta bila genotipa G6P[11] in G6P[5]. Pri prašičih smo dokazali bistveno več različnih kobinacij genotipov G-P (n=21), pri čemer ni bilo najpogostejšega, izstopajočega genotipa, ki bi bil prisoten po vsej Evropi. Opisali smo tudi nove genotipe P[27] in P[32]. V filogenetski analizi smo dokazali, da se prašičji in človeški rotavirusni sevi prepletajo, medtem ko geoveji rotavirusni sevi tvorijo ločeno filogenetsko vejo. v raziskavi smo ugotovili veliko variabilnost rotavirusov pri prašičih in govedu in velik zoonotski potencial rotavirusov pri omenjenih živalskih vrstah.
COBISS.SI-ID: 29078745
V raziskavi rotavirusnih genotipov v Sloveniji smo dokazali goveji rotavirusni sev G6P[11] pri 5-mesečnem otroku z gastroenteritisom. Sev smo vključili v analizo celotnega genoma in določili genomsko sestavo G6-P[11]-I2-R2-C2-M2-A13-N2-T6-E2-H3, ki odraža značilnosti govejih rotavirusnih sevov. Živalski izvor govejega rotavirusnega seva smo potrdili z natančno filogenetsko analizo vseh genomskih odsekov vsi so bili najbolj podobni govejim rotavirusnim sevom. Omenjena raziskava je prva, ki opisuje analizo celotnega genoma rotavirusnega seva z genotipsko kombinacijo G6P[11] in prvi opisan primer tega genotipa, dokazanega pri človeku.
COBISS.SI-ID: 30182617