Rezultate našega projekta, študije primerov in kontrol za pojasnjevanje gastroetneritisov pri otrocih smo predstavili na kongresu Slovenskega biokemijskega društva z mednarodno udeležbo. Prikazali smo uporabo in vpeljavo novih molekularnih metod (naslednja generacija sekveniranja), v diagnostično prakso. Metode se še ne uporabljajo za vsakodnevno diagnostiko, lahko pa služijo kot dodana vrednost in nadgradnja v diagnostiki za primere, pri katerih etiologije ni mogoče pojasniti z obstoječimi metodami.
F.18 Posredovanje novih znanj neposrednim uporabnikom (seminarji, forumi, konference)
COBISS.SI-ID: 31024089Z razvojem in izboljšavami različnih pristopov naslednje generacije sekveniranja (NGS, iz angl: Next Generation Sequencing) so se hitro razširile možnosti uporabe pri odkrivanju novih virusov in pri študijah virusnih populacij. Čeprav metode NGS generirajo velike količine nukleotidnih zaporedij v analiziranih vzorcih, so virusna tarčna zaporedja v veliki manjšini v primerjavi z nukleotidnimi zaporedji okoljskih in gostiteljskih nukleinskih kislin. Predstavili smo alternativni pristop v predpripravi vzorcev za uporabo v NGS, saj smo vpeljali CIM kromatografsko metodo, ki zaradi svoje sestave in fizikalnih lastnosti omogoča vezavo, koncentriranje in čiščenje virusov iz kompleksnih vzorcev. S tem smo odstranili večino neželenih nukleotidnih zaporedij in hkrati povečali koncentracijo virusov v preiskovanem vzorcu, kar olajša analizo podatkov pridobljenih z NGS. CIM kromatografska metoda omogoča obogatitev virusov v predpripravi vzorcev za NGS in ima široko potencialno uporabo pri uvajanju NGS za namene raziskav virusnih populacij. Razvito metodo smo prikazali na kongresu Slovenskega biokemijskega društva z mednarodno udeležbo.
F.10 Izboljšanje obstoječega tehnološkega procesa oz. tehnologije
COBISS.SI-ID: 30826969Na letnem srečanju Evropskega združenja za klinično virologijo smo predstavili rezultate študije primerov in control za etiološko pojasnjevanje drisk pri otrocih. Z raziskavo smo zožali nabor etiološko nepojasnjenih primerov z uporabo (RT-)PCR v realnem času, ciljan na številne tarče širokega nabora mikrobnih povzročiteljev bolezni (bakterij, virusov, parazitov). Vsaj enega patogena smo dokazali v 90,8% primerov in 20,2% control. Najpogosteje smo dokazali viruse (rotaviruse v 55,5%, adenoviruse v 19,5% in noroviruse genske skupine II 13,7%). Bakterisje smo dokazali redkeje (E. coli 7,9%, Salmonella sp. 5,8% and Campylobacter spp. 5,1%). V relativno visokem odstotku (8,6%, 25/292) smo dokazali še C. difficile, a v večini primerov v koinfekciji z rotavirusi, adenovirusi in norovirusi. Na podlagi rezultatov študije smo predlagali, da se v prvo fazo testiranja vključijo rotavirusi, adenovirusi in norovirusi genske skupine II, skupaj z bakterijskmi patogeni Campylobacter spp., Salmonella sp., in patogene E. coli. Za številne druge mikrobne patogene nismo dokazali značilnih razlik med primeri in kontrolami in najverjetneje povzročajo le majhen del klinično izraženih okužb.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 31025881