Aprila 2008 smo razvili sistem klasifikacije rotavirusov skupine A na podlagi nukleotidnega zaporedja vseh 11 odsekov rotavirusnega genoma. Sistem klasifikacije omogoča dodelitev genotipa vsakemu genomskemu odseku glede na postavjlene mejne vrednosti nukleotidnih podobnosti med različnimi genotipi in s tem vsakemu sevu dodelimo nov genotipski opis v obliki Gx-P[x]-Ix-Rx-Cx-Mx-Ax-Nx-Tx-Ex-Hx. Mednarodna skupina za klasifikacijo rotavirusov (RCWG – iz angl. Rotavirus Classification Working Group) je sestavljena iz priznanih raziskovalcev s tega področja, ki bodo vzdrževali, obnavljali in nadgrajevali sistem z opredeljevanjem novih odkritih rotavirusnih genotipov. Od ustanovitve je skupina potrdila že kar 51 novih genotipov: za VP7 ( G20-G27), VP4 (P[28]-P[35]), VP6 (I12-I16), VP1 (R5-R9), VP2 (C6-C9), VP3 (M7-M8), NSP1 (A15-A16), NSP2 (N6-N9), NSP3 (T8-T12), NSP4 (E12-E14) in za NSP5/6 (H7-H11), dokazanih pri človeku, govedu, prašičih, konjih, miši, puranih, fazanih, netopirjih in drugih. Z naraščajočo bazo podatkov rotavirusnih genomov je potrebna tudi standardizirana nomenklatura. RCWG za vsak rotavirusni sev predlaga naslednjo nomenklaturno obliko: RV skupina/vrsta gostitelja/država izvora/ime seva/leto opisa/genotipa G- in P. V sodelovanju z National Center for Biotechnology Information (NCBI) razvijamo tudi specifičen protokol za vnos rotavirusnih nukleotidnih in aminokislinskih zaporedij v gensko banko. S tem bomo omogočili enovito objavo podatkov o rotavirusnih sevih, skupaj z genetskimi informacijami za posamezen odsek (neobvezno) in epidemiološkimi in kliničnimi podatki. Standardizirana nomenklatura in sodelovanje z NCBI bo omogočalo večjo uporabnost orodij za iskanje in analiziranje genomskih podatkov rotavirusov.
D.03 Članstvo v tujih/mednarodnih odborih/komitejih
COBISS.SI-ID: 28690649Rotavirusi so glavni povzročitelji akutnega gastroenteritisa pri otrocih do 5. leta starosti. V svetovnem merilu veljajo rotavirusne okužbe tudi za enega od najpogostejših vzrokov smrti otrok v tej skupini, saj je po ocenah Svetovne zdravstvene organizacije 453.000 smrti otrok iz tega vzroka. V preglednem predavanju smo predstavili zoonotski potencial rotavirusov, njihovo raznolikost pri ljudeh in živalih, dosedanja dognanja o medvrstnih prenosih in genetskih mehanizmih povezanih s pojavljanjem variabilnosti.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 29045465Zmožnost odkrivanje novih virusov je z vpeljavo in hitrim razvojem variant naslednje generacije sekvenciranja dobilo nov razmah. Kljub veliki količini podatkov, ki jih lahko dobimo s to molekularno metodo, je težava pri odkrivanju in označevanju virusov razmeroma nizka koncentracija tarčnih virusnih zaporedij med ogromno količino gostiteljske nukleinske kisline. Koncentriranje virusnih tarč in odstranjevanje gostiteljske nukleinske kisline je zato še vedno velik izziv za raziskovalce. Nosilci CIM monolitne kromatografije so že uspešno uporabili pri čiščenju in/ali koncentriranju različnih rastlinskih, človeških in živalskih virusov. V prispevku smo prikazali prednost uporabe CIM monolitne kromatografije pri obogatitvi reovirusov v različnih vzorcih (iztrebek in suspenzija celične kulture) pred sekvenciranjem na platformi Ion Torrent. Dokazali smo, da vpeljava CIM kromatografije z gradientnim spiranjem omogoča koncentriranje virusov in bistveno zmanjša delež neželenih nukleotidnih zaporedije, kar vpliva na boljšo analizo podatkov po sekvenciranju. Dokazali smo, da z vpeljavo CIM kromatografije usmerimo analizo naslednje generacije sekvenciranja v tarčne virusne podatke.
B.03 Referat na mednarodni znanstveni konferenci
COBISS.SI-ID: 31472601Gastroenteritis še vedno velja za glavni vzrok smrti otrok v državah v razvoju in glavni vzrok hospitalizacije v razvitih predelih sveta. Kljub velikim napredkom v diagnostični mikrobiologiji je po ocenah raziskovalcev okoli 30% vseh primerov napojasnjenih. V našem prispevku smo prikazali pomen uvedbe in uporabe naslednje generacije sekvenciranja (NGS), v diagnostiko gastroenteritisov z namenom zožanja diagnostične praznine. Vzorce iztrebkov obolelih in hospitaliziranih otrok smo testirali s specifičnimi testi na številne znane virusne, bakterijske in parazitske povzročitelje bolezni. V metagenomsko analizo smo vključili le tiste, pri katerih nismo uspeli dokazati povzročitelja. Od 292 testiranih vzorcev smo s specifičnimi testi povzročitelje uspeli dokazati pri 90,75%. Dodatno smo z metagenomskim pristopom pri 14 vzorcih (4,8%) dokazali morebitne virusne patogene. Odkrili smo predvsem genetske različice znanih enterovirusov, norovirusov, sapovirusov, astrovirusov in verjetni nov kandidat za vrsto pikobinavirusov. Za nov pikobirnavirus so potrebne še klinične in prevalenčne raziskave, s katero bomo ugotovili pomen virusa pri gastroenteritisih. Dokazali smo, da je NGS pomembno orodje pri odkrivanju in v prihodnje tudi v diagnostiki virusov, saj nam nudi zadostno občutljivost, specifičnost in širokospektralnost.
F.17 Prenos obstoječih tehnologij, znanj, metod in postopkov v prakso
COBISS.SI-ID: 31024089