S pomočjo konfokalne mikroskopije smo sledili lokalizacijo proteina MARCKS v odvisnosti od stimulacije z LPS. Ugotovili smo, da se po stimulaciji LPS se MARCKS preseli iz celične membrane na endosome kjer kolokalizira skupaj z LPS. Na ta način MARCKS lahko nevtralizira sposobnost aktivacije TLR4 z LPS, ker se TLR4 nahaja v istih veziklih kot MARCKS, ki je sicer citosolni protein.
COBISS.SI-ID: 4930586
Primerjali smo sposobnost metod CLIP in iCLIP za določanje mest na RNA, ki so v interakciji z opazovanim proteinom. Primerjavo smo izvedli na podlagi podatkov iz šestih objavljenih študij in dveh novih eksperimentov, ter pokazali vpliv posamezne metode na zmožnost določanja mest interakcij. Preko 80% začetkov odčitkov iCLIP sovpada z mestom interakcije protein-RNA, medtem ko le 10% odčitkov CLIP vsebuje delecijo, s katero se lahko določi mesto interakcije. Metoda iCLIP se je tako izkazala za bistveno bolj natančno, tako v določanju mesta interakcije kakor tudi v številu odkritih mest interakcije, kar pomembno vpliva na nadaljnje analize mest interakcij in interpretacije celičnih mehanizmov opazovanega proteina.
COBISS.SI-ID: 9319764