Da bi raziskali dinamiko kompatibilne interakcije krompir - krompirjev virus Y (PVY), v zvezi z nadzorovanimi potmi salicilne kisline, smo izvedli poskuse z uporabo ne-transgenih krompirjev sorte Desiree, transgene sorte NahG-Desiree, sorte Igor in PVYNTN, najbolj agresiven sev PVY. Pomen salicilne kisline za virusno namnoževanje in razvoj simptomov je bil potrjen z razvojem izrazitih simptomov pri NahG-Desiree in preko povratnega učinka po škropljenju z 2,6-dikloroisonikotinsko kislino (analog salicilne kisline). Za spremljanje virusnega namnoževanja, kot tudi rastlinskega odgovora s pomočjo izražanja izbranih genov (markerjev za fotosintetsko aktivnost in metabolizem ogljikovih hidratov in obrambni ), smo uporabili kvantitativen PCR. Virusno namnoževanje je bilo najpočasnejše v inokuliranem krompirju sorte Desiree, edinem asimptomatskem genotipu v študiji. Intenzivnost izražanja obrambnih genov je veliko močnejša v obeh občutljivih genotipih (NahG-Desiree in Igor) na mestu inokulacije, kot pri asimptomatskih rastlinah (Desiree). Simptomatska in asimptomatska fenotipa sta se razlikovala v izražanju genov za fotosintezi in genih metabolizma ogljikovih hidratov. Vzorec različnega izražanja genov dveh občutljivih genotipov kaže, da se interakcija ne opira zgolj na eno regulativno komponento, da pa so lahko podobne fenotipske lastnosti posledica različnih odzivov na molekularnem nivoju.
COBISS.SI-ID: 2492751
V članku predlagamo, da protein BzpF opravlja funkcijo vezavnega proteina za odzivni element za cAMP (ang., CREB-like). BzpF je pomemben za signalizacijo od cAMP odvisne protein-kinaze A (PKA) in tako igra ključno vlogo v poznejših fazah razvoja organizma Dictyostelium. Mutanti z izbitim genom bzpF proizvajajo zelo okrnjene in nestabilne spore ter ne izrazijo vsaj 205 genov, ki kodirajo proteine za vezavo celuloze in sladkorja. Na osnovi obsežnih računskih analiz promotorskih regij in podatkov mikromrež o preferenčni vezavi proteinov na DNA (PBM) smo napovedali možne tarče proteina BzpF. Eksperimentalno smo potrdili, da je BzpF potreben za aktivacijo transkripcije vsaj 15 genov povezanih s PKA, katerih promotorske regije vsebujejo vezavna zaporedja proteina BzpF in so pomembni za poznejše faze razvoja.
COBISS.SI-ID: 8548180
Endosomski TLRji igrajo pomembno vlogo pri prirojenem imunskem odzivu, kot tudi v avtoimunskih procesih. Pri zdravljenju sistemskega lupusa, se antimalarijska zdravila klorokin, hidroksiklorokin in kinakrin uporabljajo za dolgo časa. Njihovo zaviranje endosomske aktivacije TLR je bilo pripisano zaviranju endosomskega zakisanja, ki je pogoj za aktiviranje teh receptorjev. Ugotovili smo, da klorokin zavira samo aktivacijo endosomskih TLRjev s strani nukleinskih kislin, medtem ko se povečuje aktivacija TLR8 z majhno sintetična spojina, R848. S spektroskopskimi poskusi smo zaznali neposredno vezavo antimalarikov na nukleinske kisline in določi njihovo celično lokalizacijo. Nadaljnje analize so pokazale, da druge spojine, ki vežejo nukleinske kisline, kot so propidijev jodid, prav tako zavirajo aktivacijo endosomskih TLRjev in se kolokalizirajo z endosomi nukleinskih kislin. Ugotovili smo, da imidazokinilini, ki so TLR7 / 8 agonisti, zavirajo TLR9 in TLR3 tudi v odsotnosti TLR7 ali TLR8 in da je njihov mehanizem inhibicije podoben antimalarikom. V nasprotju z bafilomicinom, nobeden od testiranih antimalarikov in imidazokinolinov ni inhibiral endosomske proteolize ali povečal endosomskega pH, kar potrjuje, da inhibiranje zakisanja pH ni osnovni vzrok za inhibicijo. Sklepamo, da je neposredna vezava inhibitorjev na nukleinske kisline prikrije njihov TLR-vezavni epitop, kar pojasnjuje učinkovitost teh spojin pri zdravljenju avtoimunskih bolezni.
COBISS.SI-ID: 2971761