Da bi raziskali dinamiko kompatibilne interakcije krompir - krompirjev virus Y (PVY), v zvezi z nadzorovanimi potmi salicilne kisline, smo izvedli poskuse z uporabo ne-transgenih krompirjev sorte Desiree, transgene sorte NahG-Desiree, sorte Igor in PVYNTN, najbolj agresiven sev PVY. Pomen salicilne kisline za virusno namnoževanje in razvoj simptomov je bil potrjen z razvojem izrazitih simptomov pri NahG-Desiree in preko povratnega učinka po škropljenju z 2,6-dikloroisonikotinsko kislino (analog salicilne kisline). Za spremljanje virusnega namnoževanja, kot tudi rastlinskega odgovora s pomočjo izražanja izbranih genov (markerjev za fotosintetsko aktivnost in metabolizem ogljikovih hidratov in obrambni ), smo uporabili kvantitativen PCR. Virusno namnoževanje je bilo najpočasnejše v inokuliranem krompirju sorte Desiree, edinem asimptomatskem genotipu v študiji. Intenzivnost izražanja obrambnih genov je veliko močnejša v obeh občutljivih genotipih (NahG-Desiree in Igor) na mestu inokulacije, kot pri asimptomatskih rastlinah (Desiree). Simptomatska in asimptomatska fenotipa sta se razlikovala v izražanju genov za fotosintezi in genih metabolizma ogljikovih hidratov. Vzorec različnega izražanja genov dveh občutljivih genotipov kaže, da se interakcija ne opira zgolj na eno regulativno komponento, da pa so lahko podobne fenotipske lastnosti posledica različnih odzivov na molekularnem nivoju.
COBISS.SI-ID: 2492751
V naši raziskavi smo ocenili vlogo gena za beta-1 ,3 -glukanazo razreda III (Glu-III) v interakciji krompir-krompirjev virus YNTN (PVYNTN) in ugotovitve prenesli na področje rastlinske biotehnologije. Krompirja sorte Desiree, ki sje toleranten in in Sante, ki je izredno odporen na PVYNTN, sta bila transformirana z Agrobacterium tumefaciens s konstruktom za povečano izražanje Glu-III . Lokalizacija proteina Glu-III točkovno na območju celične stene je bila določena posredno preko proteina Glu-III označenega z zelenim fluorescentnim proteinom. Razlike v širjenju virusa smo opazili med transgenimi linijami s povečanim izražanjem Glu-III in netransgenimi linijami, pri čemer smo opazili hitrejše in močnejše širjenje virusa v transgenem Desiree in nekaj namnoževanja v transgenem Sante. Dodatno smo preverili sposobnost, da Glu-III izboljša proizvodnjo proteinov v rastlinah po agroinfiltraciji. Rezultati so pokazali, da povečano izražanje Glu-III omogoči hitrejše širjenje vektorjev med celicami in boljšo proizvodnjo proteinov, kar bi lahko pomembno izboljšalo sistem za proizvodnjo proteinov v rastlinah z uporabo virusnih vektorjev.
COBISS.SI-ID: 2897999
Preučevali smo MAPK signalno mrežo, vpleteno v imunski odgovor krompirja na krompirjev virus Y (PVY). Najprej smo izvedli sekvenčno analizo družine MAPK kinaz (MKK) v krompirju, da smo identificirali tiste, ki so regulirane v preobčutljivostni reakciji. Med temi je bila StMKK6 najmočneje regulirana v odzivu na PVY. Tretiranje s salicilno kislino je razkrilo, da je StMKK6 močno regulirana s tem hormonom, kar je v skladu z domenami, ki so prisotni v StMKK6 promotorju. Vpletenost StMKK6 v odziv krompirja smo potrdili tudi z lokalizacijskimi študijami, kjer se je StMKK6 močno akumulirala v okuženih rastlinah, predvsem v jedru. Z metodo Y2H smo identificirali tarče StMKK6 v signalni kaskadi, in sicer StMAPK4_2, StMAPK6 in StMAPK13. Rezultati so pripomogli k boljšemu razumevanju StMKK6 signalnega modula in vpletenosti v obrambo krompirja.
COBISS.SI-ID: 3184719
S pomočjo konfokalne mikroskopije smo sledili lokalizacijo proteina MARCKS v odvisnosti od stimulacije z LPS. Ugotovili smo, da se po stimulaciji LPS se MARCKS preseli iz celične membrane na endosome kjer kolokalizira skupaj z LPS. Na ta način MARCKS lahko nevtralizira sposobnost aktivacije TLR4 z LPS, ker se TLR4 nahaja v istih veziklih kot MARCKS, ki je sicer citosolni protein.
COBISS.SI-ID: 4930586
Primerjali smo sposobnost metod CLIP in iCLIP za določanje mest na RNA, ki so v interakciji z opazovanim proteinom. Primerjavo smo izvedli na podlagi podatkov iz šestih objavljenih študij in dveh novih eksperimentov, ter pokazali vpliv posamezne metode na zmožnost določanja mest interakcij. Preko 80% začetkov odčitkov iCLIP sovpada z mestom interakcije protein-RNA, medtem ko le 10% odčitkov CLIP vsebuje delecijo, s katero se lahko določi mesto interakcije. Metoda iCLIP se je tako izkazala za bistveno bolj natančno, tako v določanju mesta interakcije kakor tudi v številu odkritih mest interakcije, kar pomembno vpliva na nadaljnje analize mest interakcij in interpretacije celičnih mehanizmov opazovanega proteina.
COBISS.SI-ID: 9319764