Piljenje molekularnega modela je računalniški postopek s katerim se atomarne modele fita na difrakcijske podatke. Splošno uporabljena tarča pri piljenju makromolekularnih struktur je funkcija maksimalne verjetnosti (MV), ki temelji na oceni napak modela. Trenutne MV funkcije temeljijo na navzkrižni validaciji. Uporabljajo ocene faznih napak, ki se izračunajo iz majhnega dela difrakcijskih podatkov imenovanega testni set, ki se ga ne uporabi pri fitanju modela. Mi smo razvili postopek, ki uporablja za oceno faznih napak delovni set s simulacijo naključno razmeščenega modela. Imenovali smo ga MV prosto brcnjeno piljenje, ker uporablja MV formulacije tarčne funkcije in je osnovan na ideji osvobajanja modela od njegovega biasa, ki je posledice uporabe kemijskih parametrov med energijsko minimizacijo. Ta pristop za oceno napak modela je boljši od metode navzkrižne validacije: zmanjšuje fazno napako in povečuje točnost modela, je bolj robusten, nudi bolj jasne mape elektronske gostote in lahko uporablja manjše dele za testni del seta za izračun Rfree-ja. Lahko pa izpusti testni del v celoti.
COBISS.SI-ID: 1537009860
FK506 (takrolimus) je klinično pomemben imunosupresiv, ki se proizvaja z industrijskimi fermentacijskimi procesi z različnimi vrstami streptomicet. Donosi FK506 v teh procesih ostajajo relativno nizki, ekonomičnost procesov pa še dodatno znižuje prisotnost strukturno podobnih nečistoč. Na biosintezne procese za sekundarne metabolite pogosto vplivajo tudi regulatorni geni, ki se nahajajo znotraj genskih skupin za njihovo biosintezo. Objavljeni članek opisuje identifikacijo in karakterizacijo dveh regulatornih elementov v genski skupini za biosintezo FK506 fkbR in fkbN, ki se uvrščata v družino LysR oziroma LAL. Prekinitev teh dveh genov je povzročila drastičen upad biosinteze FK506, njuno čezmerno izražanje pa je bistveno povečalo donos te spojine. Rezultati kažejo na velik potencial pridobljenih gensko spremenjenih sevov za povečanje donosa FK506, prav tako pa tudi analogov FK506, ki jih v okviru tega projekta pridobivamo v S. tsukubaensis s kemobiosinteznim pristopom.
COBISS.SI-ID: 4146808