Izvedli smo MD simulacijo s prilagodljivo ločljivostjo proteina G v vodi. Sklopili smo atomistični model vode okrog proteina z mezoskopskim modelom vode, v katerem so štiri molekule vode predstavljene kot en grobozrnat delec. Molekule vode spreminjajo resolucijo iz štirih molekul v en grobozrnat delec in nazaj adaptivno v letu. Iz 15ns dolgih izračunanih trajektorij znotraj naše napake nismo opazili razlik v strukturnih in dinamičnih lastnosti proteina med našim večskalnim pristopom in popolnoma atomistično simulacijo.
COBISS.SI-ID: 5421082
Predlagamo uporabo Navier-Stokesovih enačb z uporabo robnega pogoja z delnim zdrsom za simulacijo vodnih tokov v membranah ogljikovih nanocevk.
COBISS.SI-ID: 5529626
V članku predstavimo aplikacijo metode simulacije s prilagodljivo resolucijo AdResS za solne raztopine. Večskalna metoda AdResS omogoča dinamično spreminjanje molekularne ločljivosti preko sklopitve atomističnih in grobozrnatih modelov tekočin. V ta namen razvijemo grobozrnate modele soli za uporabo s klasičnimi polji sil in izpeljemo termodinamske sila, ki omogočajo termodinamično ravnovesje molekularnih vrst čez simulacijsko škatlo.
COBISS.SI-ID: 5301530
Študiramo kondenzacijo dolgih ograjenih nematskih polimerov znotraj sferične kapside, ki je dober model za kondenzacijo DNK znotraj virusne kapside.
COBISS.SI-ID: 2523492
Predstavimo simulacije prilagodljive ločljivosti polarnih in nopolarnih topil. Ustrezni grobozrnati modeli so kompatibilni s poljem sil MARTINI. Kot predstavnika obeh vrst topil smo izvrali tekočo vodo in butan pri sobni temperaturi. Molekule topila spreminjajo resolucijo med potekom simulacije glede na njihovo pozicijo v sistemu. Naš pristop pravilno reproducira strukturne in dinamične lastnosti ustrezne vseatomske simulacije.
COBISS.SI-ID: 5465114