S CD, UV in NMR spektroskopijo v raztopini smo preučevali 25 nukleotidov dolg z gvanini bogat aptamer, ki se veže na žilni endotelijski rastni faktor. Medtem ko se nemodificiran aptamer v prisotnosti kalijevih ionov zvije v več kvadrupleksnih struktur, vstavljanje zaklenjenih in odklenjenih nukleotidov na izbrana mesta v oligonukleotidu vodi v stabilizacijo le ene paralelne strukture s tremi G-kvarteti. Posebnost opisane strukture je pet zaporednih gvaninskih preostankov, ki tvorijo sosednji stranici v jedru G-kvadrupleksa s pomočjo breznukleotidne propelerske zanke, ter nov tip zanke v obliki črke D, ki omogoča vstavitev izoliranega gvaninskega ostanka v G-kvartet. Sledita robna in propelerska zanka, ki povezujeta preostali vzporedni DNA verigi v jedru G-kvadrupleksa. 5' in 3' konec sta dobro strukturirana in pomembno prispevata k nastanku preorganiziranih intermediatov in stabilizaciji opisane strukture.
COBISS.SI-ID: 5373466
Okužba s človeškimi papiloma virusi (HPV) je ena izmed najpogostejših spolno prenosljivih bolezni in lahko vodi do razvoja različnih rakavih obolenj, vključno z rakom materničnega vratu, ki predstavlja enega izmed najbolj pomembnih zdravstvenih problemov v svetu. V okviru te študije smo analizirali z gvanini bogata področja znotraj vseh znanih genomov človeškega papiloma virusa z namenom, da bi ocenili njihov potencial tvorbe G-kvadrupleksnih struktur. Področja bogata z gvanini se nahajajo v LCR, L2 E1 in E4 regijah HPV genoma. Ugotovili smo, da nekatera preiskovana oligonukleotidna zaporedja v prisotnosti kalijevih ionov tvorijo G-kvadrupleksne strukture s samo eno topologijo, medtem ko je v določenih primerih prišlo do tvorbe agregatov. Pokazali smo tudi, da pri nekaterih zaporedjih, ki so vsebovala najmanj štiri gvaninske trakte prekinjene s tremi nukleotidi ni prišlo do tvorbe G-kvadrupleksov. V teh primerih so zaporedja vsebovala večje število citozinskih preostankov, kar je vodilo do alternativnega Watson-Crick baznega parjenja.
COBISS.SI-ID: 5352218
G-žičke sestavljene iz neprekinjenih G-kvadrupleksnih struktur predstavljajo obetaven element za uporabo v nanotehnologiji, še zlasti v molekularni elektroniki. Predhodna raziskava je pokazala, da nekateri z gvaninom bogati oligonukleotidi z GC-konci s povezovanjem preko G:C:G:C-kvartetov tvorijo dolge G-kvadruplekse. Z namenom ovrednotenja vpliva GC-koncev na tvorbo G-žic v raztopini, smo z UV, CD, NMR in DLS primerjali štiri analogne oligonukleotide, ki se med seboj razlikujejo po številu in položaju GC-koncev, vsi pa se zvijejo v G-kvadruplekse s paralelno topologijo. Jedro zaporedij je bilo v vseh štirih primerih enako d(GGTG4TGG). Ugotovili smo, da je povezovanje G-kvadrupleksov preko G:C:G:C-kvartetov mogoče le na 5'-koncu oligonukleotidov, medtem ko tvorba G:C:G:C-kvartetov na 3'-GC-koncih ni mogoča. Če končni G-kvartet v kvadrupleksu ni oviran z GC-konci, je omogočeno nalaganje kvadrupleksov. Če sta prosta oba končna G-kvarteta, z nalaganjem baz nastanejo dolgi G-kvadrupleksi, katerih dolžino smo ocenili na približno 20 nm.
COBISS.SI-ID: 2606436