V predavanju na najpomembnejši konferenci s področja G-kvadrupleksov na svetu z izjemno mednarodno zasedbo smo predstavili naša najnovejša dognanja in rezultate o interakcijah in vplivu anorganskih soli na strukturo in dinamične lastnosti G-kvadrupleksov.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 4882714V Laškem smo med 13. in 16. novembrom 2012 organizirali simpozij z elitno mednarodno udeležbo z naslovom "3. letno srečanje East-NMR uporabnikov". V okviru mednarodnega simpozija smo predstavili in kritično ocenili nedavna odkritja na področju študij strukture in dinamike bioloških makromolekul z uporabo NMR. Udeleženci simpozija so predstavili rezultate svojih najnovejših raziskav s področij proteinov, oligonukleotidov in malih molekul, kakor tudi njihove strukturne študije in uporabnost. Simpozij je na enem mestu zbral vodilne znanstvenike, ki v svoje raziskovalno delo vključujejo študije z NMR spektroskopijo. Del programa simpozija s 100 udeleženci je potekal v okviru projekta EAST-NMR, ki je bil financiran v okviru 7. okvirnega programa Evropske komisije. Domača stran simpozija je dosegljiva na http://www.nmr.ki.si/eastNMR2012.
B.01 Organizator znanstvenega srečanja
COBISS.SI-ID: 263871488V vabljenem predavanju na najpomembnejši konferenci s področja NMR spektroskopije na bioloških sistemih na svetu (International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems, ICMRBS2012), ki je potekala med 19. in 24. avgustom 2012 v Lyonu v Franciji smo izjemni mednarodni zasedbi s preko 800 udeleženci predstavili naša najnovejša dognanja in rezultate o strukturah in dinamične lastnosti G-kvadrupleksov iz intronske regije onkogena N-myc. Predavanje je doživelo izreden odziv.
B.04 Vabljeno predavanje
COBISS.SI-ID: 5049882V svojem doktorskem delu je M. Trajkovski preučeval zvijanje, strukturne lastnosti in interakcije s kationi z gvanini bogatih oligonukleotidov DNA. Oligonukleotid DNA d[G2T2G2TGTG2T2G2], imenovan tudi "DNA aptamer trombina" oziroma ang. "thrombin binding aptamer" (TBA), se v prisotnosti K+ in Na+ ionov zvije v G-kvadrupleks. Z uporabo NMR, UV in CD spektroskopskih metod je preučeval strukturne lastnosti TBA in njegove interakcije s kationi v prisotnosti 15NH4+, K+ in Na+ ionov. Študiral je tudi soodvisnost interakcij 15NH4+ ionov in strukturnih lastnosti v d[TG8T]4, ki je doslej najdaljši štirimolekularen G-kvadrupleks, preučevan z metodami NMR v raztopini, ki omogočajo atomsko ločljivost. V študiji je uporabil d[TG8T]4 kot model za ovrednotenje vloge kationov v sistemih z večjim številom zaporedno naloženih G-kvartetov. Z uporabo heteronuklearnih NMR eksperimentov je ugotovil, da v prisotnosti 15NH4+ ionov nastaneta dve zvrsti štirimolekularnega G-kvadrupleksa, v katerih je sedem vezavnih mest za katione, ki se nahajajo med osmimi G-kvarteti, popolnoma zasedenih. Pravila, ki določajo samoorganizacijo G-kvadrupleksov so v veliki meri še neznana. Le-to omejuje razvoj sistemov, za katere je ključna kontrola topologije zvitja G-kvadrupleksov. Z namenom načrtno ustvariti enomolekularen G-kvadrupleks, s še nikoli prej opaženo topologijo zvitja, je konstruiral oligonukleotid DNA d[G3TG3T4G3T3G3]. S pomočjo NMR spektroskopije je dokazal njegovo topologijo zvitja. Z uporabo NMR spektroskopije in drugih komplementarnih biofizikalnih metod je ugotovil, da se oligonukleotid, katerega zaporedje izvira iz z gvanini bogatega predela prvega introna N-myc onkogena, v prisotnosti K+, 15NH4+ in Na+ ionov zvije v G-kvadruplekse. V primeru prisotnosti K+ ionov v raztopini se vzpostavi ravnotežje med enomolekularnim in dvomolekularnim G-kvadrupleksom.
D.09 Mentorstvo doktorandom
COBISS.SI-ID: 266538752